陈水扁、马英九与连战都曾因“首长特别费”而被调查有否违法。
台湾最高法院检察署的特侦组将台湾政坛的首长特别费案全部签结，被签结者包括了连战及马英九等人。
签结意谓着司法将不再调查其是否犯罪，这是因为台湾立法院在5月通过修法，将首长特别费予以除罪，即使有涉及刑事责任者也因法律修改而不必处罚。
现任总统马英九虽然在台北市长任内的特别费曾被起诉，但其此前在法务部长任内，尚未经司法处理的特别费案，也被列入特侦组签结的范围。
特侦组因法律除罪而签结的100多名官员中，还包括了担任过副总统与行政院长的连战，以及将同马英九搭档下届总统选举的吴敦义。
被签结不起诉案件，也包括了前总统陈水扁在台北市长任内的特别费，但陈水扁的国务机要费案已被判有罪。
特遇不同
特侦组因“特别费除罪化”而须结束有关案件的调查。
在首长特别费除罪化后，此前已被起诉的前副总统吕秀莲等大批民进党执政时期政府官员，其审判也随之终止。
由执政的国民党主导的这项除罪化的法律修改，排除了陈水扁的国务机要费，这使得陈水扁成为唯一因为首长特别费而被判刑的首长。
在国民党重新执政下对于首长特别费案的处理，由于仅针对民进党起诉，而在修法除罪前迟不处理国民党要人部份，使司法公正性受到了质疑。
特侦组虽对此提出了一些技术理由，但这种在政治上打着反贪旗号进行的起诉，全部针对执政者的敌对政党，使其究竟是反贪还是政治斗争存在争议。
而特侦组此前被指出在对陈水扁的一系列指控中，教唆证人作伪证指控陈水扁收贿贪污的办案手法，也引起了争议。
来源:BBC
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