四月十六比金汗召集各贝勒，嘉奖踊跃道命之贝勒，训斥怠缓之人。皇太极谕：“朕以察哈尔不道，整旅往征，先期谕令尔等率本部兵来会。今尔等所领之兵，多寡不齐，迟速亦异，惟科尔沁部土谢图额驸奥巴率来军士甚多，又不惜所蓄马匹，散给部众，疾驰来会”，“足见立心诚悫，忧乐相同，联甚嘉之”。至于舅舅吴克善的行动，则使“朕心不甚欢乐”。扎鲁特部诸贝勒，“尚属实心效力”，敖汉、奈曼诸贝勒，亦“较优，然也未为尽善”。巴林诸贝勒似尚畏惧察哈尔，且“吝惜马匹，怠缓不前”，阿禄诸贝勒“深受林丹汗之欺凌，乃此次并不思仗朕之力以复仇，而不多发兵马”，“仅以一旅之师勉强应命”，“应俟班师日议罪”。各贝勒皆叩首受命。这次训谕，对激励和鞭策蒙古踊跃从征，起了很大作用。
皇太极下令，日夜兼程，直取林丹汗住地，一举荡平察哈尔。四月二十二日，大军过兴安岭，行军已达一千三百多里（从沈阳算起）。但是，连一个察哈尔人也未看到，原来镶黄旗团山额真达尔哈家的两名旧蒙古人，于十八日夜间潜盗良马六匹，飞奔察哈尔，通知金兵大举来攻。“林丹汗问之大惧，遍谕部众，弃本土而奔，遣人赴归化城（今内蒙呼和浩特），驱富民及牲畜尽渡黄河。察哈尔国人仓卒逃遁，一切辎重，皆委之而去。”
皇太极知悉此情，谕领兵诸贝勒大臣：“察哈尔知我整旅而来，必不敢交锋，追愈急，则彼遁愈远，我军马疲粮竭，不如且赴归化城暂住”。于是大军向归化城前进。五月二十三日，至木鲁哈喇克沁，分兵两翼，左翼以贝勒阿济格为帅，率科尔沁土谢国额驸奥巴及巴林、扎鲁特、喀喇沁、土默特、阿禄等部兵一万，往掠大同、宣府边外一带察哈尔部民；右翼命济尔哈朗、岳托、德格类、萨哈廉、多尔衮、多锋、豪格等贝勒领兵二万，往掠归化城黄河一带部民；汗与大贝勒代善、贝勒莽古尔泰统大军继进。二十七日获悉，林丹汗闻金兵入境，惊慌失措，“尽携部民、牲畜、财物，渡黄河以遁，所遗止穷民耳”。这一天，大军行驰七百里，西至黄河木纳汉山，东至宣府，自归化城南及明国边境，“所在居民逃匿者，悉俘之，归附者，编为户口”。
一些蒙古人逃入明境沙河堡，皇太极致书堡中明将，索取选人，称：“我北征察哈尔，穷追四十一日，擒其哨卒讯之，云已星夜逃去”，“我欲收其部民，因还兵克归化城”，“近闻察哈尔所造人畜财物，为尔等收留，当－一归还于我。否则，自取祸患。”明将大惊，立即送还逃入蒙古及欲赏与林丹汗之财物，计有男妇三百二十名、牲畜一千余及所赏纳缎布帛六千余匹。宣府守将亦将犒赏察哈尔汗所财物存在张家口者，全部献出，计级布及虎豹狐徽等应共一万二千五百匹（张）。明宣府巡抚、总兵又遵金汗谕旨，议和通市，赠献黄金、白银、蟒缎、布匹、茶叶数千（匹、两、包）。六月二十四日，大军扎营于张家口外喀喇把尔噶孙，“列三十营，联络四十里”。分略各路大兵，“所至村堡，悉焚其庐舍，弃其粮糗，各籍所俘获，以闻于上，共计人口牲畜十万有余”。
皇太极认为此战国的基本达到，遂统军东返，于七月二十四日回到沈阳。此行往返万余里，历时三个月零二十六天，虽未生擒林丹汗，但已给其以致命打击，逼其丢弃本土远逃，察哈尔部分崩瓦解。林丹汗率残部星夜逃往西藏，“臣民素苦其暴虐，抗违不行”，原有三十余万部众，途中逃散者十之七八。到天聪八年，无处安身东选西通的林丹汗，病死于青海大草滩，余部纷纷回归，投顺于金汗。天聪九年二月，多尔衮等贝勒奉谕统兵一万，往寻林丹汗之子额哲，于四月降额哲及其母苏泰太后，并获元朝历代传国玉玺。林丹汗之妻囊囊太后，窦土门福晋，以及其他贝勒、寨桑，纷率所部来归。漠南蒙古各部悉隶金汗之下。
皇太极深知，只靠一二次征剿和随从效力，并不能使各部蒙古长期归顺于己，也不能仅仅依靠盟誓，而须以武力作后盾，用制度、法令来约束各部，使他们听从金汗统辖和指挥。天聪三年正月，他颁敕谕于科尔沁、敖汉、奈曼、喀尔喀，喀喇沁，“令悉道我朝制度”。三月，他又遣使巨赍敕，“谕归顺各部蒙古诸贝勒，申定军令”，规定凡遇出师之时，宜踊跃争赴，协力同心，不得迟期。若征察哈尔，凡管旗之诸贝勒，年七十以下十三以上，俱须从征，违者，罚马一百匹驼十头。迟三日不至约会之地，罚马十匹。若征明国，每旗大贝勒一员、台吉二员，率精兵百人从征，违者，罚马一千匹、驼百头。于相约会集之地掳掠者，罚马百匹、驼十头。
天聪八年正月，皇太极借外藩蒙古科尔沁、敖汉、阿禄、喀喇沁、奈曼、四子部落等部贝勒来朝的机会，具体定其法例。他谕告诸贝勒：“尔蒙古请部落，向因法制未备，陋习不除”，今与诸贝勒约定：凡贝勒夺有夫之妇配与他人者，罚马五十匹、驼五只，其纳妇之人，罚七九之数，给与原夫。奸有夫之妇，据投别贝勒者，男妇俱论死，取其妻子牲畜，尽给原夫，如贝勒不执送，罚贝勒马五十匹、驼五只。盔甲、绵甲、马鬃尾无牌印，以及盗缨等不遵金国制度者，俱罪之。
同年十月，遣使者阿什达尔汉前往蒙古，在硕翁科尔大会敖汉、奈曼、巴林、扎鲁特、翁牛特、四子、吴喇忒、喀喇沁、土默特、塔赖各部管事大小请贝勒，分定各部地界，严禁各部互相侵越。第二年天聪九年二月，又编审内外喀喇沁蒙古壮丁，除盲人及手足残废者外，年六十岁以下、十八岁以上，俱照例编审，共编壮丁一万六千九百五十三名，其中喀喇沁左翼旗、喀喇沁右翼旗、土默特三旗壮丁共九千一百二十三名，仍隶于满洲八旗之内，另外七千八百三十万，加上旧蒙古，正式编立蒙古八旗，分由阿代、达赖、恩格图、布彦代、伊拜、苏纳、吴赖、扈什布等八人为困山额真，各旗均设梅勒章京、甲喇章京各二员。
漠南蒙古各部的统一及蒙古八旗的编立，为金国扩大了兵源，增加了兵马，加强了满蒙联盟，消除了来自北方的威胁，对全国的巩固和强大，以及对明国的征讨，均起了重大作用，从此以后，金国汗便可全力攻明了。
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