建国后不久，有人根据有关史料分析，考证出李自成在湖北通山九宫山为乡民程九佰所杀。此后，有关单位经过实地调查及发掘档案材料，确定李自成牺牲于顺治二年（1645年）五月上旬。李自成死于通山九宫山之说几乎成为定论。但是1981年初，湖南石门夹山发现了传系李自成所作《梅花百韵》木刻版，又从奉天玉和尚墓葬中发现骨灰和砖刻《塔铭》，不少人据此印证奉天玉和尚就是李自成，提出夹山为僧的“禅隐说”，于是又引起了争论的高潮。
“禅隐说”论者认为，近年来所发现的关于奉天玉和尚的文物，进一步说明李自成晚年确实当和尚。首先，乾隆年间，沣州知州何璘曾到夹山实地调查，见到一位服侍过奉天玉和尚、陕西口音的70岁老和尚，他告诉何璘，奉天玉是顺治初年来寺，并取出其画像，观之“肖似史书所记李自成的模样”。何璘撰写的《书李自成传后》被采入《沣州志林》，其后《楚南史赘》和《小腆纪年》等也都进行摘录。其次，李自成在崇祯十六年（1642年）称“奉天倡义大元帅”，后又称“新顺王”，自号“奉天玉”，即以“奉天王”加一点来隐讳。其三，夹山新发现的《梅花百韵》木刻版中有一首《东阁梅》说：“徐听三公话政猷”，那口气与和尚迥然不同，而像皇帝听三公阁老论政。其四，夹山现存的三块石碑：奉天玉弟子野拂立的“奉天玉”断碑、康熙十四年杨彝子写的《重修夹山灵泉院功德碑记》和道光三十年通州知州王大猷撰写的《重修夹山灵泉寺碑志》，都证明“奉天玉和尚”就是李自成。
但有的人仍然以为，李自成于顺治二年死于湖北通山九宫山，并指出奉天玉和尚不可能是李自成。第一，何磷之说不可信，例如奉天王画像，与史书并不一致，《明史》谓李自成“状貌狰狞”，且在崇祯十四年左图中箭，被称“瞎贼”，而那画像左目未眇，可见与李自成无关。第二，夹山现存的三块石碑，并不证明李自成终于夹山，而只能证明确有奉天玉其人；《东阁梅》中“徐听三公话政猷”之句，无非是按题作诗，悬拟之辞，并不指实，且李自成政权也未置三公。第三，李自成早已称帝，为“李万岁爷”，并“至死不去僭号”，他不隐用帝号，而用王号称“奉天玉”，也不可信。第四，湖南大学者王夫之与李自成同时代，他撰写的《永历实录》，所记李自成至九宫山“为土人所杀”有很大的权威性。同时《程氏家谱》是经过几代一续编修的，尽管出于民国，但关于程九佰杀害李自成之事是依据旧谱转录的，决不是杜撰。该谱还与高湖《朱氏宗谱》和顾炎武《明季实录》所载一致。第五，九宫山闯王陵的马蹬遗物形制特殊，并刻有永昌年号，不是一般将士之物，这是李自成军器的一个旁证；留存至今的《湖北巡按马兆奎揭帖》、《荆州总兵郑四维揭帖》等档案材料，明确指出正1645年“闯逆已除”，大顺军余部立李自成之弟为“主”，如果李自成未死，怎能另立新主？同时《明史·堵胤锡传》记载，李过称李自成为“先帝”，称高氏为“太后”，也是李自成已死的有力佐证。
还有人认为，李自成病死于湖南黔阳罗公山，其依据是清初谷应泰着的《明史纪事本末》和计六奇着的《明季北略》，书中都有详细而明确的记载，并指出“清朝有贺表”，其可靠性较强。再从当时实际情况看，李自成屡战屡北，跋山涉水，千里行军来到湖南，鞍马劳顿，心力交瘁，加上物资医药等供应匮乏，染病不起，以至身亡，是完全符合常情的。
总之，李自成归宿究竟如何，至今仍是一个谜。
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