據巴拉圭法官博加林宣布，１９９９年３月，時任副總統阿加尼亞遇剌身亡後，軍警以暴力鎮壓群眾示威，造成７人死亡和９２人受傷。庫瓦斯作為當時的總統，對這一流血事件負有法律責任。因此博加林決定對他提起訴訟，並下令逮捕了他。目前，庫瓦斯和其他一些涉案人員被關押在首都亞松森附近的一座軍營裡。
庫瓦斯１９９８年８月１５日就任巴拉圭總統。他上臺後釋放了因１９９６年發動軍事政變而被關押的前陸軍司令奧維多，從而引發了一場嚴重的政治危機，議會反對黨對他提出彈劾議案。１９９９年３月２３日，當時的副總統阿加尼亞被暗殺。隨後，首都亞松森爆發了一系列抗議和反對庫瓦斯政府的示威活動。３月２６日，大批群眾走上亞松森街頭舉行抗議示威，要求庫瓦斯辭職，軍警部隊開槍鎮壓示威群眾，造成嚴重人員傷亡。
１９９９年３月２８日，在議會預定開始彈劾庫瓦斯的當天，庫瓦斯被迫宣布辭職，攜家眷出走巴西接受政治避難。不久前，庫瓦斯返回巴拉圭，接受法院就上述案件進行的調查。
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