以國民黨中常委臺北市長馬英九為首的一派，支持黨主席連戰留任。馬英九說，黨主席應付的責任是根據敗選原因，對黨內問題進行徹底改造。
馬英九今天（12月4日）告訴記者，連戰接手的已經是一個分裂的政黨，"讓黨員回家"才是連戰應付的重大責任，這種負責方式比下臺更有利於國民黨的發展。
馬英九還支持國民黨與親民黨在立法院中結盟合作。
但同時，國民黨內的另外一派反對與親民黨合作，他們認為，親民黨在選舉中奪走了國民黨的選票，並認為黨主席連戰應為大選慘敗引咎辭職。
國民黨立法委員徐中雄認為，國民黨應該與親民黨劃清界限，他說，國民黨和親民黨將來在立法院中沒有合作的可能。
十字路口
此外，國民黨中部分立法委員表示，支持陳水扁提出的建立有廣泛基礎的聯合政府的提議，但國民黨領導層對此則持反對意見。
同時，本屆選舉國民黨高層籌劃人士和發言人已經辭職，承擔對選舉失敗的責任。
目前日益加劇的觀點分歧會不會導致黨內的進一步分裂，國民黨正處於一個關鍵的十字路口。
國民黨在去年的總統大選中落敗，失去了中央執政權，這次又在立法院選舉中遭到慘敗，所佔席位從123席降到68席，失去了立法院中第一大黨的地位。
但同時，任何其他政黨也都未能在立法院中獲得多數，總統陳水扁正在尋求結盟夥伴，共同對付臺灣面臨的最嚴重的經濟蕭條和創記錄的失業水平，並一同修補與中國大陸的關係。
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