清宫中设有御药房、御药库及东、西药房。御药库向御药房及东、西药房提供药材，而御药房主要掌管宫中帝后及嫔妃治疗用药的，又称为内药房。御药房负责药品管理、修合煎药。御药房位于干清宫之东的配殿内。御医出诊后开出处方，就要从内药房取药然后进行煎制。东、西药房是太医院在宫中的值房，东药房是御医值班的地方，西药房一般仅派吏目和医士作为备差。后来因为宫中人员太多，一个内药房很难满足需求，于是在寿康官、宁秀宫、寿安宫以及皇上出行的圆明园一亩园、颐和园及避暑山庄等处也设药房，并任命两名内务府大臣分别管理药房事务，对外仍统称“御药房”。同治时期，宫廷还设了寿药房，现在故宫里面还保存着“寿药房”匾和一些刻有寿药房字样的银质药具。这些工具主要用来煎药和配制膏、散、丸、丹的。寿药房由太监管理，另设大师傅一名，设置药生数名，负责煎药和制作药品。
四个渠道进御药
宫廷用药与民间不同，在规格上十分讲究。如根茎类的药地黄、白芍等要用枝条粗壮的，而肉桂则要用肉厚油足的，种子类的药材如砂仁、蔻仁则须用种仁饱满的，凡不符合规格的都不能在宫中使用，御药房还经常要用新鲜的植物来作为药引，如鲜姜、鲜藿香、鲜紫苏、鲜竹叶、鲜荷花、鲜银花等等，煎药时如果要用到，就需要现去采集。所以御药房里面各种药材都是名贵好药，很多实物今天还留存故宫中，如动物类的有麝香、猴宝、狮子宝、马宝、虾须、黄连蛇、穿山甲、虎骨、熊胆等，植物类有茯苓、母丁香、五加皮、槟榔、竹叶、藏红花、金佩兰等；矿物类有蟹化石、朱砂、紫牙石等。还有成药六味地黄丸、人参固本丸、七厘散、金黄散、狗皮膏药、延龄愈风丹等。一些散剂、丹剂、中成药都被保存在一些瓷瓶、瓷罐、瓷盒中，外边都帖有书写的药名签。
御药库所需的药材取自太医院的生药库，这些药购进宫中后再加工成成药。当时药材的来源主要有四个渠道：
一是征收各省出产的药材。宫中对药材收购的品质要求很严，必须是原産地的地道上等药材。比如，大黄一定要西宁或者凉州出产的，白芷一定要杭州的，白芍要浙江的等等。为了确保药材的数量与质量，清廷也是制定了一整套严格的规定。凡是出产药材的各省，每年必须按规定由药商给皇宫进送药材，并派驻专员在这些省区监督。像辽宁、吉林等地出产参，这些人参成为给清廷的专贡品，规定一般人不得随意私挖，需要经户部发给许可证才能入山采参，否则按违法论处。
二是同仁堂专为御药房配制。由于同仁堂用料讲究，疗效卓著，深受皇宫的青睐。所以不仅供应内廷生药，其一些配方也被宫中采纳。雍正时期曾经钦定由同仁堂向御药房提供所需药材，同时还提供宫中所需各种中成药。规定同仁堂每三个月就要向宫内进药一次，不得有误。从此，同仁堂作为一个民间药方，打开了入宫的通道，一直向宫中进药并延续到清末。同仁堂每次进药情况都有详细的记载，道光二十年(西元1841年)记载同仁堂药商张大镛两个月内进的御药就有 117种，重二百一十六斤十二两八钱。《同仁堂丸散膏丹配方》当时也被收录宫中，其中有内科方、外科方、妇科方、儿科方、伤科方、喉科方、眼科方共102种，御药房中现存的多种中成药大都是同仁堂进献的。
第三个来源是地方进贡的药材。凡逢年节、岁寿之日，各省督、抚大吏，就会向皇上进贡。如广东的橘红、西部的冬虫夏草等等，各地官吏为向朝廷谄媚，会想尽各种办法挖掘本地的名贵药材来向宫中进贡。
另外就是外国馈赠或者从海外进口来的。当时清朝也是世界的强国，国外对中国文化非常崇拜，很多西洋人到中国进行文化交流，把一些西药也作为贡品来讨好中国的皇帝，所以在御药房中至今还留有“美国头痛药膏”、“多尔门的那油”、“巴尔撒米油”、“西德鸾体油”、“西洋香饼”等西洋药品。
各地送来的药材进宫后，御药房管理药库的官员要进行验收，之后存放在生药库。药材如果合格，验收官会签发单据，药商凭此单据才能到户部领取一定的供奉赏银。生药库存放的药材经过挑选后才能交给御药房，进行各种御药的加工。在御药房医药档案中，有关药材的采买、发放药品名称、配方等等，都记录得非常详细。(选自《历代宫廷御医档案揭秘》).
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