孙思邈是雍州华原人。七岁上学，每天读书大约一千字左右。他成年之后，喜欢谈论庄、老及百家的学说，也喜欢佛经。洛阳总管独孤信，见了他之后便感叹地说：“这是一个圣童，只怕他器量大见识少，很难任用。”
孙思邈(网络图片)
后周宣帝的时候，孙思邈因为王室发生了许多变故，就隐居到太白山里。隋文帝辅政的时候，让他做国子博士。他称病不起。他常常对亲近的人说：“再过五十年，应当有一个圣人出世，那时候我才能帮他救济世人。”
到唐太宗即位，把他召到京城，慨叹他的模样很年轻，对他说：“我因此知道有道术的人实在应当受到尊重，羡门、广成等神人确实不是虚传。”皇上要授给他爵位，他坚决推辞，不肯接受。
唐显庆四年，唐高宗召见他，请他做谏议大夫，他又坚决推辞不接受。
上元元年，他托病请求回乡，皇上特意赐好马给他，并且把鄱阳公主的城邑赐给他居住。当时的名士，像宋之问、孟诜、卢照邻等，都用老师弟子的礼节对待他。
孙思邈曾经和皇帝一起到过九成宫。卢照邻病了，住在他的住宅里，当时院子里有一棵大梨树，卢照邻就为那梨树作了一篇辞赋，赋的序言说：“癸酉这年，我卧病在长安光德坊的官舍里，这里的老人说，这是鄱阳公主的城邑。从前鄱阳公主没有出嫁就死了，所以她的城邑一直荒废着。当时有一位处士叫孙思邈，他通晓古今，学尽各种数术。他谈论起道家的理论来，就像古代的蒙县庄子；他的学问深入不二，就像当今的维摩诘；至于推算天文历法量度天地，则可以与洛下闳、安期先生相提并论。他自己说生于开皇辛酉年，已经九十三岁了。到乡间打听他，人们都说他已经几百岁了。另外，他和人们一起谈论起周、齐之间事来，记得清清楚楚，就像亲眼见过。以此检验他，就不止是一百岁的人了。然而他的耳不聋，眼不花，神采奕奕。可以说是古代的聪明傅达长寿之人了。”
当时卢照邻很有名气，他得了重病，他嗟叹每个人的承受不同，不知道人长寿短命如此悬殊。于是他问孙思邈：“名医治病，它的道理如何呢？”孙思邈回答说：“我听说善于谈论天的人，一定要向人打听；善于谈论人的人，一定要以天的道理为依据。天有四时的变化，五行的运转，寒暑交替。它的运转，和就下雨；怒就刮风；凝结就是霜雪；张扬就是虹霓。这是天地的规律。
人有四肢和五脏，有醒有睡，有呼有吸，循环往复。流动，就形成人体的营养作用、卫外机能和血气循环；明显，就成为人的气色；发声，就有了人的声音。这是人的规律。阳性，用它的精神；阴性，用它的形体。这是天和人相同的地方。等到失去这种正常现象，热气上升则生热；不然就生寒；凝结就成为肿瘤；凹陷就成为痈疽；奔跃就成为喘息、困乏；竭尽就成为焦枯。
病情呈现在表面，病变动却在形体内。把这种道理推及到天地方面，也是这样的。所以，金、木、水、火、土，五大行星有盈有缩，星辰失去了常度，日月的运行出现错乱，慧星离开轨道飞行，这是天地的大病。寒暑不正常，这是天地热气上升与否的表现；岩石泥土耸起，这是天地的肿瘤；山崩地陷，这是天地的痈疽；狂奔的风，狂暴的雨，这是天地的喘息和困乏；雨露润泽不及时。江河干涸，这是天地的焦枯。
良医治病，用药疏导，用针剂拯救；圣人济世，用道德调和，用政事辅助。所以，人身上有可以治好的病，天地有可以消除的灾。”
他又说：“胆子要大，而用心要细；心智要圆活，行为要方正。《诗经》说，‘如临深渊，如履薄冰’，说的是小心；‘赳赳武夫，公侯干城’，说的是大胆；‘不为利回，不为义疚’，这是行为的方正；‘见机而作，不俟终日’，这是心智的圆活。”
他的文学，如此超拔突出；他的道术也不可胜纪。当初魏徵等人受命编修齐、梁、周、隋等五代史，恐怕有遗漏，多次向孙思邈请教。他用口传授，就像亲眼所见一样。
东台侍郎孙处约，曾经带着五个儿子孙侹、孙儆、孙俊、孙侑、孙侹去拜见孙思邈。孙思邈说：“孙俊应当首先显贵；孙侑应当显达得较晚；孙侹的地位最高，灾祸出在执掌兵权上。”后来都像他说的一样。
太子詹事卢齐卿，小时候向孙思邈请教人伦的事情，孙思邈说：“你今后五十年，地位可达到一方诸侯之长，我的孙子应当是你属下的官吏，你应当自己保重才是。”卢齐卿后来做了徐州刺史，孙思邈的孙子孙溥，果然是徐州萧县的县令。孙思邈当初对卢齐卿说这话的时候，孙溥还没有出生，而预先知道了他的事情。凡是各种奇异的事情，大多如此。
永淳元年，孙思邈死去，死前留下话要薄葬，不准在墓中埋藏殉葬品，不准用活着的牛羊祭奠。经过一个多月，他的脸色没变。举起他的尸体往棺材里装的时候，他只剩下空空的衣服而已，当时的人都感到奇怪。
他亲自注释了《老子》、《庄子》，撰写了《千金方》三十卷、《福禄论》三十卷、《摄生真箓》、《枕中素书》、《会三教论》各一卷。
开元年间，又有人发现他隐居在终南山，与宣律师相来往，宣律师常常来来往往地向他参学请教佛教宗旨。
当时天大旱，有一个西域的僧人请求在昆明池筑坛求雨，皇上下诏让有关部门准备香灯。一共七天，水缩下去几尺。忽然有一位老人夜里到宣律师那里求救，说：“我是昆明池里的龙，很久没下雨，不是因为我。一个胡僧要用我的脑子做药，欺骗天子说求雨，我的命危在旦夕，请和尚用法力救护于我。”宣公推辞说：“贫僧操守戒律罢了，你可以去求孙思邈老先生。”
老人于是就来到孙思邈那里。孙思邈说：“我知道昆明池龙宫里有神仙药方三十个，如果能让我看看，我就救你。”老人说：“这些药方上帝不准随便外传，现在紧急了，丝毫无所吝啬！”过了一会儿，老人捧着药方来了。孙思邈说：“你天明回去，不用担心胡僧。”从此池水忽然暴涨，几天便漫上岸来，胡僧羞怒而死。
另外，曾经有一个神仙从天而降，对孙思邈说：“你所着的《千金方》，济人的功效也很广了。而用生物做药，残害的生物也太多了，你一定会成为一个尸解的神仙，不能白天升天成仙了。从前，一位真人桓闿告诉陶贞白，事情也是这样，本来你是知道的。”
此后孙思邈采用草木做药，以代替虻虫、水蛭的性命，作《千金方翼》三十篇，每篇有《龙宫仙方》一个行世。
等到唐玄宗躲避安史之乱，向西到达蜀地之后，梦见一位老汉须发皆白，穿黄色衣服，再三在面前参拜，然后奏道：“我是孙思邈，在峨嵋山结庐居住多年了。现在听说皇上的銮驾来到成都，我所以等候在这里拜谒。”唐玄宗说：“我熟悉你的名字很久了，现在你不怕道路遥远来到这里，也是有所求吗？”孙思邈说：“我隐居在云泉之间，喜欢吃金石之药，听说这个地方出雄黄，希望赐给我八十两。如果能满足我的要求，请派使者到峨嵋山来。”唐玄宗答应了，心大跳而醒来，立即就令侍臣陈忠盛带八十两雄黄，到峨嵋山去赐给孙思邈。
陈忠盛奉诏之后来到峨嵋山，走到屏风岭，遇见一位容貌很俊逸古朴的老头，穿黄色衣服立在岭下。老头对陈忠盛说：“你莫非是天子的使者吗？我就是孙思邈。”陈忠盛说：“皇上让我把雄黄赐给你。”那老头躬身接受，然后说：“我承蒙天子赐给我雄黄，现在有表章致谢，但这里是山野之居，没有笔墨，请您执笔转抄送进宫中。”陈忠盛立即让官吏拿来笔墨之类。老头指着一块石头说：“表章在那石头上，您可以抄录下来。”陈忠盛看那石块，果然有一百多个红字，确实是表章。于是就把那些字抄录下来。
写完之后，再看老头和石头，全都不见了。于是陈忠盛把这事详细地奏明唐玄宗。唐玄宗于是问陈忠盛，老头的相貌与梦中的果然一样，因此更感惊奇。
从此，孙思邈有时候隐没，有时候出现。
咸通末年，山下的一家百姓，有一个十几岁的男孩，不吃荤血，父母认为他喜欢善行，让他到白水僧院做了童子。忽然有一位游客自称孙处士，在院中游了一周之后，从袖中取出一包汤药碎末交给童子说：“为我像烹茶那样煎好。”煎好之后，处士饮了一些，把剩下的汤汁给了童子。童子觉得汤汁的味道极美，希望再给他一碗。处士说：“这药就是为你来的！”就把方寸这样大的一匙药沫再让他煎着吃。于是他便向同伴们说了。出门一看，处士已离去了。童子也乘空飞起来。众人正在惊异，一看那煎药的锅子，已变成金的了。
这以后也时常有见到孙思邈的人。
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