在刘宗敏等人撺掇下，李自成下令“追赃”。最早向大顺军“献财”的，乃大太监曹化淳，他一出手就是5万两白银，让李自成高兴了一把。三月二十日，新朝“宰相”牛金星发布文告：“各官俱有次日朝见。朝见后，愿去者，听之。敢有抗违逆令者，斩！”
转天，李自成等人坐于朝堂，牛金星手执花名册，一一点名。李自成坐一会儿就不耐烦，与刘宗敏起身离去。忽然间，农民军中有传令：“前朝犯官俱送刘宗敏将军处听候发落。”于是，这大批人被驱赶至刘宗敏处。
结果，刘宗敏根本不审，也不问，只让人传令：“以官第献银，一品必须献银累万，以下必须累千。痛快献银者，立刻放人；匿银不献者，大刑伺候。”
一时之间，棍杖狂飞，炮烙挑筋，挖眼割肠，北京城内四处响起明朝官员的惨嚎之声。同时，城中富民不少人也被加以拷掠，平民的薪米尽被农民军抢掠以供军用。城内饿尸遍地。李自成也觉有些过分，对刘宗敏等人讲：“你们为何不帮助孤王做个好皇帝？”刘宗敏马上顶他一句：“皇帝之权归你，拷掠之威归我，你别废话！”
李自成默然。甭看刘宗敏的官衔只是“制将军”，不是“太尉”、“大司马”什么的，其实他几乎与李自成平起平坐，根本不买这位哥们“皇帝”的账。
入京军纪日益败坏
官员中首遭掠死的，竟然是率三大营兵士在京城外最早投降的明朝国戚、襄城伯李国桢，是崇祯帝末期最受宠信的臣子。李自成在北京城外初见李国桢，就没一丝好印象，呵斥他说：“汝受天子重任，信宠逾于百官，依理应该死国，厚脸来降，汝欲何为？”马上就令人把他绑个严实，根本不理他的痛哭哀求。
刘宗敏首先刑拷于他，小火燎烧，大板痛砸，折磨一夜，终于让这位李爷极痛而死。
大学士魏藻德，明朝状元出身。单独囚于一黑屋中。这魏大人隔门缝乞求：“新朝如欲用我为官，就把我放出来吧，别把我锁在这里。”这一来，反而提醒了刘宗敏。刘宗敏把魏藻德提入厅堂亲自审问，首用夹刑，边夹边问：“汝居首辅，何以乱国如此？”
魏藻德边嚎边答：“我是书生，不谙政事，先帝无道，遂至于此。”刘宗敏大怒：“汝以书生擢状元，为官三年即升首辅。崇祯何处对不起你，竟敢诬他为无道昏君！”于是，刘将军扇了他数十大嘴巴。士兵见状，夹棍猛扯，老魏十指皆断，疼痛之下大呼：“我有一女，愿献给将军为妾！”刘宗敏唤人立取其女，奸污后送入军营，听凭军士享用。但是，对于献女的老魏，刘宗敏更加不屑，严命兵士加紧拷掠。一共“伺候”了六天六夜，最后魏藻德脑袋被刑板夹裂，脑浆流出而死。
明朝的翰林、科臣这些清贫官员最倒霉，他们家中油水实在拿不出，多被刑掠而死。
经过数天拷掠，李自成军共得银七千多万两，均让工人重新熔铸成巨大的中间有孔窍的方板状银板，以便于运输。七千万两真不是小数。崇祯帝十多年加饷摊派，从民间得银不过两千万两，结果导致民心涣散而亡国。李自成在京城榨银七千万，酷烈可知。大顺军初入城的前十天左右纪律严明，士兵犯抢劫及强奸罪的被钉死剐杀了数百人。只是随着时日推移，农民军军纪日益败坏。
得知父亲被夹拷，吴三桂大怒，向清军“借兵复仇”
四月中旬，听闻山海关吴三桂“造反”，李自成坐不住。他想让刘宗敏、李锦率军出征，但二将耽于京城内的淫乐享受，摇头不应。无奈，李自成只得“亲征”。
四月十九日，李自成早晨发兵。随行人中，除七八万精兵外（号称20万），还有吴三桂父亲吴襄以及崇祯帝三个儿子。
1644年初，皇太极已死。主持清廷政局的多尔衮听说李自成在西安建“大顺”，立刻派人前去联络，提出要“并取中原，同享富贵”。李自成没有做出反应。
松山败后，明廷并未严处败逃的吴三桂，仅名义上降其三级，仍然派他固守宁远。崇祯十六年（1643年），他还率兵多次击败清军的进攻，并多次拒绝其舅父祖大寿替清军对他的“招降”。
农民军兵临北京城下，明廷下诏吴三桂弃宁远回援京师，他于三月十六日抵达山海关。三月二十日到抵丰润，却听说农民军已经在前一天攻破北京城。
李自成派人持檄招抚，表示吴三桂归大顺后“不失封侯之位”。北京城内的吴三桂父亲吴襄为全家性命打算，也“语重心长”亲笔写信来劝（也可能被农民军所逼）。
犹豫间，吴三桂得知了大顺军在北京拷打明朝官员追赃之事，大失所望。不久，当他得知自己父亲也被夹拷，愤怒至极，决定不再入京，怕自入罗网后父子遭杀戮。后人总是渲染吴三桂爱妾陈圆圆被刘宗敏抢掠奸污之事是他“冲冠一怒为红颜”、叛李自成的主要原因，其实这只是次要原因。
吴三桂与李自成撕破脸，不是即刻降清，而是以大明孤臣的身份，向清廷“借兵复仇”。
多尔衮接到吴三桂密信，大喜过望，立刻直奔山海关而来。同时，他写信给吴三桂，许以“裂土封王”，要对方投降，而不是“借兵”。
李自成听说吴三桂与清军搭上线，不敢怠慢，派出降将唐通与白广恩先率骑兵赶至抚宁县东南的一片石，而他自己则率主力布阵于石河（今秦皇岛燕塞湖水库）。
吴三桂苦战不支，优势清兵杀出，农民军大败
此时，多尔衮及部下均心有疑惑，一怕吴三桂骗人，二是清军从未与李自成交过手，心中没谱。于是，清军先拿唐通一军开练，首先在一片石打败了这批为数不多的前“官军”与农民军混合的部队。惶急之下，四月二十二日清晨，吴三桂本人亲自出关，驰奔欢喜岭上，拜见多尔衮。多尔衮拉着吴三桂的手说：“君为故主复仇，大义可嘉。我今次领兵入关，严令大军遵纪。望君告知关内士民，万勿惊慌。”吴三桂“感动”之余，忙与多尔衮盟誓，宰马杀牛祭天地，表示谁违约谁就不得好死。
多尔衮仍不放心，又让吴三桂剃发。吴三桂只得和手下几个高级军官立刻剃发、称臣。明军四五万人来不及一时全剃发，多尔衮就让他们先在身上缠白布条作记号。白布不够，明兵们用裹脚布扯下当记号。由此，混战之中，清军见身上裹白布的汉人就知为“盟军”不杀。
回到西安后，李自成精神萎靡，半年内基本没什么大动作。
1645年正月十二日，守潼关的李自成部将马世耀投降。转天，他与七千名农民军均被屠杀。
困愁于西安的李自成闻讯灰心，西北看来是待不住了。临撤退时，他下令部将田见秀把西安城内所有建筑和仓库烧毁。幸亏这位田将军还算有人性，只点燃了东门楼和南月城楼，为西安百姓留下了御寒的房屋与粮食。
李自成打不过清军，却渡过长江，在荆河口大败左良玉部明军，武昌、襄阳均落入李自成之手。他准备攻取南京。但清军追至武昌，李自成只得弃城接着逃。
四月下旬，在江西九江附近的一次大战中，农民军大败，数万人被杀，李自成的两个堂叔以及大将刘宗敏皆被俘后剐杀。
李自成身边仅剩下万把人。五月初四这天，农民军大队人马行至湖北通山县境。李自成胡乱吃了几口，就率28名亲兵在附近九宫山一带转悠，一来消遣愁绪，二来察看地形。
附近的山民听说有“贼人”到，就纠集了数十人来杀。这些老实巴交的农民，多年遭“流贼”之害，最重要的是，他们根本不知道有数千农民军在附近，只以为是一股小部队，故而有胆上来厮杀。
李自成手下人马立刻惊散。仓猝之间，李自成拍马就跑。
逃到牛背岭，又遇山间滂沱大雨，李自成坐骑陷于泥中走不动，他只好下马牵坐骑深一脚浅一脚前行。农民程九伯见李自成一人独行，身边又有匹好马，立刻手持锄头窜了出来。李自成毕竟身经百战，程九伯不是对手，被对方骑在身下。李自成压住程九伯，回手抽刀，但刀鞘中因雨水沾泥，一时间拔不出来。
此刻，程九伯外甥金二狗赶到，他见舅舅被一个大汉骑在身下要挨宰，情急之下，抡起铁铲冲李自成砍去，嚓的一声，一下子削去“大顺皇帝”半个脑袋。一下岗驿卒（李自成最早从事的职业）死于一农民之手，结局充满了隐喻般的黑色幽默。可叹这一切，杀人“真凶”程九伯根本不知，与外甥一起在山中小屋看着草地上的大马傻笑。
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