后来有人推测这支部队是不是分散突围出去了，然而仔细分析一下日军当年的战役态势和兵力部署后认为，此种假设不可能。当时，中国守军只有邓龙光将军所指挥的九十三军幸运突围成功，此外再没有任何一支中国守军冲出日军密不透风的封锁圈。退一步说，就是全团突围出去，国民党军队应有一星半点信息。1939年国民党军总部在统计作战情况时，发现了这个全团人马不知下落的奇怪事件，无奈之际，只能将此列为集体失踪案件。
抗战胜利后，国民党军总部曾组成联合调查组，对这一全团失踪悬案进行了专项调查，以期弄清原委，却一无所获，此案最终也不了了之。日军高级将领们百般费解。
遭UFO外星人劫持
古往今来，曾发生了无数失踪事件。可是，像南京青龙山这样整支部队的人员较大规模的集体失踪着实让人费解。半个多世纪以来，人们用常规的思维猜测，这支2000人的部队，可能躲进青龙山区某处一鲜为人知的巨大溶洞，后因敌机轰炸震塌了洞口，致使全体人员被困洞内，最终窒息而死。
二十世纪八十年代以来，随着对UFO现象的关注，有人持“外星人劫持说”。这种观点是，在地球之外的某个星球上，存在着比人类更高级的智慧生命。出于好奇心或其他一些实际的目的，它们或是驾着飞行器从外太空闯入，或是在地球上人迹罕至的地带建立了隐秘的基地，经常劫持地球生物，作为它们研究的标本。
可是，许多专家学者在经过了长时间的研究分析之后，认为以上观点完全是无稽之谈，因为“雁过留声，鸟过留毛”，如果外星人真的在地球上出现过，而且又活动地那么频繁，它们总会留下一些蛛丝马迹的。但是到目前为止，还没有找到一丝一毫站得住脚的、能真正证明外星人“光临”过地球的雪泥鸿爪。
“颠倒黑白”的时空隧道
有些人认为，时空隧道实际上就是宇宙中存在着的“反物质世界”。这正反两部分物质，在引力的作用下彼此接近。当双方接近到一定程度时，由此造成的“湮灭”作用又会产生巨大的能量，其巨大的反作用力又会将宇宙中这两大体系分开。他们据此认定，某些人的失踪正是这种“湮灭”现象造成的。而当“湮灭”消失，引力场恢复原状后，失踪者也就重新出现了。
他们还进一步认为，时空隧道有两个特性，人一旦“误入”其中，一是会发生时空上的错乱，二是可能会失去记忆能力。前者会给这些失踪者造成“山中方七日，世上已千年”之类的感觉，也会使他们变得更年轻或者快速衰老。而失去记忆力现象的发生，极有可能是空间转移与时间浓缩的过程在刹那间完成，其速度快得使人无法留下记忆。
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