据中国民航网站公布的资料，今年1至5月份，东方航空的航班正常率最低，9月份又以20.62％的延误率位居各家航空公司榜首；同时，2004年上半年，东航的毛利率只有19.9%，在4家上市航空公司中最低。同时，东方航空的旅客投诉率也最高。
仅6月20日在不到24小时的时间里，就连续接到多位乘客打来的电话，反映东方航空四个航班出现误点后，乘客没有得到妥善的安置，在安徽合肥，同是误机的两拨乘客间因为争一架飞机还发生了冲突，冲突的原因是因为东方航空公司飞往这两个城市的多个航班都发生了延误。
同样是东方航空公司的航班，6月20日从南京飞往北京的航班也延误了六个小时，而这些乘客还不算最不幸运的，原定20日晚上9点05分从北京飞往上海的东航5126航班，甚至因为时间延误干脆取消了航班。直到21日早上六点，距离飞机起飞时间近十个小时，还有不少旅客滞留在机场，期间既没有向乘客提供食物，也没有提供住宿，对于航班延误，东方航空公司表示没有赔偿计划。
据统计，在包头空难前，东方航空的航班就频频发生事故苗头，但这些已经发生的事故苗头，也没有引起东航高层的警觉，报导说，10月26日，东方航空公司一架长沙飞往兰州的航班加速滑行时，突然被乘客发现飞机漏油；
同日，东航MU295次航班从西安咸阳国际机场起飞10分钟后，机组人员发现飞机剧裂抖动。10月底和11月19日，东方航空又各有一家飞机在北京首都机场和海南美兰机场因机械故障等原因长时间延误起飞，并因赔偿不积极而受到旅客的投诉。
证券时报财经周刊披露，业内人士指出，东方航空的航班准点率最低和投诉率最高，主要原因在于公司的管理体制存在问题。东方航空脱胎于原民航上海管理局，六年之内调换了四任总经理，半行政的性质仍很明显；
东航旗下的6家分公司也由民航各省分局转制而来，其人员和财务涉及地方利益，整合的难度很大，直接后果是航线整合不力、运力调配不能统一，造成了资源的浪费，增加了成本开支，公司治理结构更是一直难以完善。
公司治理的不完善，造成了东方航空管理方面的诸多漏洞。一个鲜明的例子是，1999年，浦东机场启用后，大批航班从虹桥机场移到浦东。但在虹桥机场建有3个大型机库的东方航空在浦东机场竟然没有机库，飞机需要维修时还得从浦东飞到浦西，既增加了费用开支，还带来安全隐患。
民航总局飞行标准司司长饶绍武道出了东航这个盈利大户频频误点的原因：航线最多，飞机最多，盈利越多。同时，盘子越大，问题也就难免越多。今年东航因飞机故障返航的报道也曾见诸报端。可以想见的是，在繁忙的飞行中，飞机检修时间缩短、支线客机超期服役等问题便开始暴露出来。
资料显示，2004年上半年，东航的毛利率只有19.9%，在4家上市航空公司中最低。一些行业分析员认为，通过关联采购向集团公司输送利润，是其中的一个原因。
行业研究员表示，2003年，东方航空餐食的总支出是54167万元，按运输的总人次1200万来计算，人均45元，2004年上半年，东航餐食的总支出是34640万元，按运输总人数824万人次来计算，人均也有42元，这一价格大大超出正常的采购成本。东方航空的餐食主要是由集团的食品公司供应的，因此，东方航空存在向集团公司输送利润的嫌疑。
一些行业分析员担心，东方航空将为集团公司承担部分经济责任，从而影响公司业绩。此次坠毁的庞巴迪CRJ-200型飞机，购买价格约2167万美元（折合人民币1.8亿元），加上对54名遇难者的赔偿，此次坠机的直接财产损失在2亿元人民币左右。
据民航总局办公厅副主任徐立在“11.21”空难事故处理新闻发布会上的介绍，从目前调查的情况看，还没有证据和迹象表明有人为破坏因素。如果这一说法变成最终的事实，东方航空集团将承担空难责任。发生空难的飞机隶属于东航集团云南公司，似乎与东方航空关系不大，但昨日股市开盘时东方航空还是低开近5个百分点。
天府早报透漏，本次坠毁的飞机属于东方航空云南公司所有。东方航空分为东方航空集团公司和东方航空股份公司。前者是后者的控股公司，后者为在上海、香港两地同时挂牌的上市公司。
东航公司董秘办的工作人员表示，此次失事的飞机并不属于股份公司。而昨晚，上市公司东方航空也发布公告称，失事飞机系由公司控股股东东方航空集团的全资子公司───东航云南公司所拥有和运营。
联合证券分析师李辉对此表示，“发生空难的飞机属于东航集团，那么就不会给上市公司造成直接的经济损失，所有的财产损失应由集团来承担。”东方航空云南公司前身为云南航空公司，2001年，东方航空集团开始实施兼并云南航空公司的战略。
另据上市公司东方航空在10月15日发布的公告称，东方航空（600115）已成立了业务整合领导小组，加快推进主业整合工作，争取在2005年上半年完成东航西北公司、东航云南公司主业资产注入股份公司的法律程序。此公告也从侧面证明，本次东方航空云南公司所坠毁的飞机，所有权目前并不属于上市公司东方航空，所产生的财产损失也不应该由上市公司来承担。
报导说，受到民航飞机坠毁的影响，星期一沪深股市的航空类上市公司的股价开盘即纷纷走低。首当其冲的是上市公司东方航空，其A股在上海股市开盘即下跌 0.21元，一度跌幅近5%，午后在机构护盘后有所走高，收盘报4.58元，微跌0.65%。另外，东方航空的H股昨日在香港也走低，股价一度跌5%，但尾盘与A股类似，也有所回升，收报1.77港元，跌幅1.12%。
除东方航空的股价受压外，其他航空公司的股价昨日在深沪两市也纷纷走低。南方航空昨日收盘跌1.22%，上海航空跌1.41%，海南航空跌1.70%。航空公司股价昨日受空难影响走低，那么这种影响会有多大？
国信证券分析师陈芝妮称，“飞机坠毁后，乘客很少能幸免于难，所以人们一般都会尽量回避有过飞机失事记录的航空公司，以此来提高旅行的安全系数。因此，这次坠机未来可能对东航的客运业务会带来负面影响，进而会影响到东航在今年的业绩。”
浙江利捷首席分析师余凯则表示，由于飞机应该都有投保，所以坠机事件对于东航造成的直接经济损失可能并不太大，但是这次失事的“庞巴迪CRJ─200型飞机”被停飞调查，将使公司利润率最高的支线航空业务遭到损害，这对东航计划实施的整体上市计划是一个打击。
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