據《續高僧傳》，慧遠俗姓李，是南北朝至隋朝早期在淨影寺修行的高僧。後人將他與天臺宗開山祖師智頤和三論宗創宗者吉藏合稱為隋代三大師。
在南北朝時的北周和北齊佛教很盛行，寺院僧人眾多。但北周武帝宇文邕自己不信佛，而且詔令滅佛教。他的目的是想以此使國家有更多的人從事生產、增加國庫稅收。到建德六年（577年）滅北齊後，武帝想接著把廢除佛教的政令推廣到北齊境內。他來到鄴城（北齊國都，今河北臨漳縣境內），親自主持討論三教廢立的大事，目的在醞釀滅佛教。當時被召集在場的北齊高僧有五百餘人，慧遠也在其中。
此時武帝以君主的身份和大家「商討」三教廢立之事，況且在此之前已在北周頒詔消滅佛教了，與會眾僧當然都心知肚明，武帝不過是要個好聽的藉口，宣布消滅佛教的詔令而已。如有一言不慎，便會招致殺身之禍。武帝數落了佛教之後，大殿下一片寂靜。忽見慧遠和尚高聲抗辯，據理力爭。這北周武帝本是個文武全才，頗有些才學，但一時間竟被說的無法還口。
趁著武帝沉默的空檔，慧遠進一步勸說道：「陛下今恃王力，破壞三寶（佛教名詞指佛、法、僧），是邪見人，阿鼻地獄不論貴賤，陛下安得不怖？」武帝聽後大怒，眼睛直瞪著慧遠說：「但令百姓得樂，朕亦不辭地獄諸苦」。慧遠搖頭道：「陛下以邪法化人，現種苦業，百姓當共陛下同墮地獄，何處有樂可得？」武帝不聽勸告，在原北齊境內鋪天蓋地廢除佛教，一切經像盡毀於火；廟產入官，僧尼勒令還俗。幸好這武帝並非睚眥必報者，事後並不追究，慧遠得以遠遁山林，繼續修行，並無性命之虞。幾年後，到隋文帝時慧遠已成為天下有名的高僧。
當今的史學家往往把彼時慧遠之警戒武帝，視作以地獄威脅對方。其實不然。這是因為這些史學家站在無神論角度來揣度慧遠。實際上慧遠乃有道高僧，自然對佛法深信不疑，深信破壞佛法要入地獄，是不變的天理。眼見皇帝要入地獄，佛家以慈悲為懷，自然舍命相勸。而武帝對佛法則堅拒不信，所以敢說哪怕自己下地獄也值得。當然不信歸不信，有沒有因果報應也不是皇帝就能決定的。我們等下再回過來說這個話題。
那為什麼慧遠又說「百姓當共陛下同墮地獄」呢？這是因為一旦「政府下令取締」，所以肯定會有很多不明真相的百姓跟著起鬨，作踐經書和僧人，甚至落井下石等等，按佛經講這都是要下地獄的罪業。所以慧遠說「陛下以邪法化人」，百姓跟著遭殃。這也是為什麼慧遠作為出家方外之人，明知當權者已經「定了性」的，還偏偏要「搞政治」，不惜冒犯龍顏相勸。
其實，當時情況下「搞政治」的和尚還不止慧遠一人。此前武帝在北周境內詔令「取締」佛教時，就有蜀新州果願寺僧猛，「進京上訪」，與周武帝論述不宜滅佛，靜藹法師亦面見周武帝論其滅佛之過，皆被逐出。宜州僧人道積，與同伴七人絕食而死，其事跡極為壯烈。佛教修行講「六波羅蜜」，其中之一就是「忍辱」，任憑他人的不公對待，並不計較。這些高僧之所以「不忍」，乃不忍無知者入地獄，是為大慈悲之心。
北周武帝消滅佛教的目的，本來是想振興國力，做一番大業的。誰想天不遂人願，他在北齊「取締」佛教的第二年就身患惡疾，全身糜爛而死。不到三年，楊堅殺死周靜帝自立為帝，就是一統中原的隋文帝，而北周武帝一生試圖發展其國力、建霸業的北周至此也亡了國。
又過十數年，至隋開皇十一年，大府寺丞趙文昌忽然暴死，唯獨心上稍微溫暖。家人不敢入殮，之後忽然又活了，而且說出一番令人吃驚的話來。他說死後在閻羅王處竟見到了北周武帝。趙文昌曾當過武帝的侍衛，看見武帝在門側的房內，被鎖著三重鉗鎖。武帝說，「你既是我過去的臣子，現在回家，替我向隋皇帝說明，我許多罪過都能辯解明白，唯獨滅佛法的罪重，不能夠赦免，望隋帝給我建立小小的功德。希望通過這些善事保佑，使我能夠離開地獄。」文昌到家後復活，就把這些事奏於皇上，皇帝命令天下的人按人丁出錢為周武帝做法事超度，設立三日的大祭。這在當時是一件舉國皆知的大事，所以被寫入隋史中。
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