林彪和军委办事组在“九大”后的工作常常不太为人所知，一来有关这方面的资料披露较少，二来官方的宣传中也尽量予以忽略或贬低，以致有人干脆声称“林彪本来对1969年中苏冲突毫不关心”云云（高华《革命政治的变异和退化：“林彪事件”的再考察》，香港中文大学《二十一世纪》2006年10月号）。这一方面，邱会作的回忆为我们提供了一个清晰的面貌。（见《心灵的对话》上册第五章“中央工作”）
（1）毛泽东做好准备打仗的战略部署。“九大”会议期间毛泽东就对中苏冲突问题作了明确的阐述，毛泽东对具体的战略部署也有自己的通盘考虑。
（2）军委办事组遵照毛泽东的指示精神对战备工作作了十分具体的安排：第一，确定战役的方向，即东北地区、华北地区和西北地区，也就是将原先的东南地区针对美台的作战方向转移到北部针对苏联；第二，加强各种战略物资的准备，达到“三百万军队打一年”的要求；第三，抓紧军事工程，防止、阻滞苏军机械化不对的闪电攻击；第四，加强北京的防御，确保中央的安全；第五，成立军委战略预备部队，在太行山两侧、京广铁路北段和陇海铁路一线集中了解放军作战部队的三分之一的力量，既实行边境防御，也采取诱敌深入方针；第六，全军都成立了“防突办公室”，日夜监视苏方的行动。整个军事战略计划的部署和实施，林彪作为军委副主席不仅自己亲自抓，还经常对军委办事组督促和检查，并乘飞机对张北地区的进行低空勘察，看望驻守在张家口的陆军与空军部队。
（3）“战备一号令”问题。1969年8月底，中国军方情报机关得到情报，苏联有可能对中国实行“外科手术式的打击”，目标是北京，重点则是导弹基地和主要工业城市。毛林对此十分重视，政治局专门开会讨论认为战争的危险是存在的，同时决定，毛林疏散到外地，在京的老干部们也由周恩来通知疏散到全国各地。10月16日毛去武汉，17日林去苏州，并在18日晚8时左右向军委办事组传达了一份指示，随后在当晚该指示被副总参谋长阎仲川冠以“林副主席第一号号令”传达到各军兵种。“一号令”在苏联代表团到访北京后不久即解除，但被疏散到外地的老同志却并未及时回京，这主要是周恩来严格执行毛泽东的指示，个别有因病回京检查者也要周亲自批准，且事后还要回到原疏散地休息。
（4）恢复解放军的总政治部。1970年春，江青向林彪提出让张春桥出任总政治部主任，并在政治局会上正式提出，吴法宪马上电话报告林彪，林为阻止张出任总政主任，立即到毛处提名李德生出任总政主任。毛在九大期间曾经不经意提及此事，这次林彪没有时间再多加考虑，惟如此方能避免江青等人染指军队的工作。李德生的任命被毛迅速批准。关于李德生与文革的关系，本文后面再予以评论。
（5）军委机关精简整编。军委机关的精简主要是因为因应战备需要，机关工作人员精简了百分之三十以上，有的人去了“五七干校”待分配，有的人去了国防工业部门或“三支两军”，还有的就复员转业。周恩来对此予以大力支持。这样一来缩减了庞大的军委机关，提高了工作效率，适应了战备之需要。
（6）组建基建工程兵。这是将原来的国家基本建设队伍军队化，既可提高功效，也可调动自如，便于实施国家的大型工程项目。其实，此事在文革前就已着手进行，到了“九大”后军委与国务院组成了“基建工程兵组织规划领导小组”。此后，虽然因“九一三事件”有所停顿，但最终还是成为解放军的一个新兵种，正式列入军队的建制序列。
（7）加强国防工业。1968年下半年周恩来制定了新的国防工业领导方针，把原属国务院国防工办的国防工业交与军队管理，这么作的目的实际上是为了减少江青等人对国务院工作过多的干预。主要工作有：恢复军工生产；建立了健全的各级国防工业领导机构；制定国防工业发展规划；整顿和调整国防工业的科研机构；提出了加强国防工业企业管理的思想和组织建设方针。
总的说来，在这一时期里军委办事组在毛林周的指导下作了大量的工作。军委办事组的这段历史过去常常被人们所忽略或遗忘，甚至被歪曲成配合林彪大搞篡党夺权阴谋颠覆无产阶级政权，而邱会作的回忆无疑为世人开辟了一扇窗口，让人们重新认识军委办事组在文革中所起的真实作用。
