长江被称作中国生物多样性基因库。但随着生态破坏、通航压力、三峡水库等人类活动带来的影响日益增多，水生生物的种类和种群正在急剧减少，其中人类最后一次见到白鳍豚是在2002年。而最新的长江生态考察数据表明，如果不采取相关的保护措施，长江江豚也将步白鳍豚的后尘。香港大学水生生态学家戴维·达吉恩认为，这些顶级食肉动物的灭绝，将是长江生态系统崩溃的先兆。国际权威学术期刊《科学》（Science）杂志在新一期“一周新闻”栏目中再次撰文呼吁长江休渔十年保护生态。
2007年在长沙举办的第二届长江论坛发布《长江保护与发展报告》令人惊心：长江水生生物多样性丧失严重，已有20多种鱼类被列入中国濒危动物红皮书，主要经济鱼类趋于低龄化、小型化，种群数量急剧减少。而长江曾被誉为“鱼类基因宝库”有鱼类378种，其中我国特有鱼类162种；长江江豚的情况不容乐观，据WWF提供的资料显示1993年长江至少还有2700头江豚，15年后其种群数量已下降了近一半，至今约有1400-1800头，有明显减少的趋势。
世界自然基金会提供的资料显示，1993年，长江至少还有2700头江豚，15年来它的种群数量已下降了近一半，如今约有1400-1800头（截止到2006年的统计数据）。
20多年前，人们经常可以看到十余头江豚相伴而行扬起阵阵浪花。如今，这种现象已极为罕见。科学家们初步估计，目前长江江豚的种群数量约为 1200-1400头，比15年前少了一半。1997年11月一个由300多人、52艘船只组成的考察团连续7天漂浮在长约1700公里的长江干支流和两大湖泊，只发现13头白鳍豚。2006年时7个国家的鲸类学家，携带高倍望远镜和先进的声信号监测系统，从武汉出发，上溯至宜昌，再从宜昌直下上海吴淞口，最后折回武汉，历时38天，往返行程约3400公里，没有发现一头白鳍豚的身影。而现在江豚也面临几乎同样的境地。如果长江不能支撑白鳍豚和江豚的生存，也许要不了多久，它最终也不能支撑同为哺乳类的人类的生存。
江豚是一种小型的齿鲸类哺乳动物，在亚洲沿海地区有比较广泛的分布，包括两个海洋亚种和一个淡水亚种，而长江江豚则是全球唯一的淡水亚种，在地球上生存的时间比白暨豚还要早。世界自然基金会提供的资料显示，1993年，长江至少还有2700头江豚，15年来它的种群数量已下降了近一半，如今约有 1400-1800头（截止到2006年的统计数据），相当于1991年其种群数量的一半，其中有150-200头江豚分布在洞庭湖区。专家认为再不加强保护，长江江豚灭绝的时间会大大提前。
长江江豚数量的减少，根本的原因就是人类的活动，这也是整个长江流域生态破坏的罪魁祸首，大量的污水直排长江、采砂船密布江面、黄金水道的航运压力、兴建各种水利工程、重工业在长江沿岸密集、滥捕滥捞……这些都导致了长江江豚逐渐丧失它们曾经生活的乐园，最终走向消亡，就像此前的白鳍豚以及很多珍稀鱼类的灭亡过程一样。
长江干流存在岸边污染带累计长达600多公里，90%以上的湖泊呈不同程度的富营养化。谷歌地球显示大量污水直接排入长江。
三峡多种水利工程的建设，破坏了生物多样性，切断了多种鱼类产卵繁殖的路径。
长江上的采砂船影响江豚定位和摄食。
长江航道拥挤，每天过往船只影响江豚等生物生活。
工业污水直排长江，污染事故频发
白鳍豚的灭亡、江豚的锐减与长江水质污染有直接关系。2006年8月第二届长江论坛上，一份长江“体检”报告出炉。《报告》指出，长江面临水资源、水灾害、水环境和水生态四大问题以及流域资源环境与经济协调发展问题的困扰——沿江的重工业所占比重由1990年的47%增加到2005年的63%。
2000-2005年五年间，流域废水、废气和固体废弃物的排放量分别增长了136%、85%和49%；2005年流域“三废”排放量占全国比重已分别达到42%、30%和27%，环境负载远远高于全国平均水平，导致环境质量严重恶化；2004年长江水系中Ⅳ～Ⅴ类和劣Ⅴ类水质的断面比例已达 18.3%和9.6%，全流域均成酸雨频发区，南方二氧化硫(SO2)浓度最高的城市中有1/3以上集中在长江沿江地区。另据《报告》，长江干流存在岸边污染带累计长达600多公里，90%以上的湖泊呈不同程度的富营养化。大量污水未经处理直接排入长江，2005年这个数字近300亿吨。2004年2月沱江上游的四川化工集团违法排放高浓度氨氮废水，导致大量鱼类死亡；几个月后又一场污染事故导致大渡河大范围鱼类死亡绝迹，并毒死了重达30公斤的罕见胭脂鱼。曾有专家说，长江沿岸的城市都在学上海，把好水取走，把污水排进长江。现在的长江就像装满了一颗颗定时炸弹的雷区。
三峡流域的水利建设是威胁鱼类生存另一个重要原因。三峡大坝对泄洪和发电的贡献有目共睹，但是它的存在客观上的确导致了长江生态系统的破坏。水利部科技司前司长、全球水伙伴组织中国区主席董哲仁曾发表文章反思大坝对生态的破坏，他曾在长江论坛上直言不讳地批评长江上游水电开发无序，“对生态保护是在敷衍，没有考虑到要把一个生态多样性的长江留给子孙后代”。他举了更为直接的一个例子，1965年他前往岷江支流做毕业论文设计，那里刚建成一个引水式水电站，生态还处于原始状态。但2001年当他再次来到这里，看到的情况已面目全非：河水被水电站引走，十多公里断流，植被消亡岩石裸露。据统计目前长江流域已建成水库4.57万座，加上在建的大中型水库，总库容将超过2113亿立方米；已建和在建的水电站在2001年底达2441座。有调查显示，每年 5-8月，当长江水温升高到18℃以上，如恰逢发生洪水时，长江的“四大家鱼”(青鱼、草鱼、鲢鱼和鳙鱼)便会集中在重庆至江西彭泽的38处产卵场进行繁殖，产卵往往在涨水第一天开始，在江水不再上涨或涨幅很小时终止。三峡水库的建成，淹没了十几个这样的产卵场，并且使大坝下游的家鱼产卵期推迟了20天。长江三种鲟类的命运就是见证：达氏鲟处于极危状态，白鲟被逼到了灭绝边缘，而中华鲟作为一种大范围迁徙的物种，从海洋进入长江，上溯3000多公里来到金沙江产卵的通道被葛洲坝水利工程截断。
人类活动对江豚的生活存在着严重的威胁。十几年前，鄱阳湖里的江豚有着这样的生活规律：早上从湖里出发，畅游30-50公里后进入长江干流，当夜幕降临的时候，它们又回到湖中栖息。现在这种规律早没有了，专家分析认为人类采砂是主要原因。人类采砂的破坏性非常大，美国海洋与大气管理局的一名知名鲸类专家在看过鄱阳湖水面上近千艘千吨位的挖沙船后惊呼这是她一生中见到的最为严重的人为生态灾难。
而长江“黄金水道”中的船只之多令人瞠目，在一次对白鳍豚的考察中研究者发现，白天从宜昌道上海的单程路线上，共有19830艘交通船和 1175只捕鱼船，平均每公里有12艘船只。航行船舶产生的水下噪声会明显干扰依靠声呐定位和摄食的长江豚类，不仅如此，它们还面临更直接的危险。曾有专家出示了一张白鳍豚的照片：它的整个头部被船只的螺旋桨切掉。媒体过去多次报道过长江豚类和中华鲟死亡事故，被证实大多遭螺旋桨打伤致死。最惨的是一次清理航道，爆炸夺去了4头白鳍豚的生命,其中有两头怀孕在身。除此之外，人类的一些活动也会无意间导致江豚等珍稀鱼类的死亡，据世界自然基金会提供的资料，2004年湖南省岳阳市为迎接全国血吸虫病防治工作会议的召开，在洞庭湖区投放了约5000吨杀钉螺药剂，导致一个月内死亡6头江豚。
长江水域面积占全国淡水面积的50%，因此是非常重要的渔业产区，但利益驱动一些经济鱼类资源已经枯竭，近几年的渔业捕捞量已经明显下降。例如中华绒鳌蟹在1986年的捕捞量是324吨，2001年产量不足1986年的1/20,。长江渔业资源管理委员会副主任委员张秋华曾对媒体说当初长江渔业资源管理委员会的成立，目的是保护两种经济鱼类：鲥鱼和中华绒鳌蟹，但是“长渔委存在下来了，所管的这两个物种却消失了”。
研究人员希望尽最后的努力来拯救长江的生态系统，同时防止进一步的动物灭绝。中国科学院水生生物研究所正与三峡大坝总公司合作，在三峡大坝的水库中建立一个保护区；并且湖北省洪湖市长江新螺段国家级白鳍豚保护区打算开展一个江豚易地保护计划。同时，具有影响力的研究人员正在呼吁在长江整个河段实行长期的禁渔期。
2007年6月2日中科院水生所成功繁育出一只小江豚，该所共饲养江豚11年为保护江豚做出贡献。
若干补救措施可能能够防止长江江豚重复白鳍豚相同的命运。首先，建立更多的保护区可能有所帮助。目前中国已经建立6个江豚保护区，其中包括洞庭湖市级自然保护区，长江江豚在天鹅洲保护区迅速地进行了繁殖：2008年，那里所有的五只成熟雌性江豚都产下了幼崽。但是狭小的保护区可能成为危险之地。2008年初天鹅洲保护区的大部分湖面史无前例地冰冻了两天以上，使得五只江豚几近窒息，其中包括三只怀孕的雌性江豚。“如果湖面的冰冻持续得更久一点的话，所有的江豚都将死去，”水生生物研究所的郝玉江说。食物供应是另一个经常性的担忧。天鹅洲保护区位于三峡大坝以东250公里的位置。在2003年以前，当三峡大坝背面的水库开始蓄水时，整个雨季天鹅洲的牛轭湖与长江之间的连通能从五月份维持到十月份。但如今天鹅洲与长江之间的流通仅在最多雨的六月份和七月份才会出现。这种过于短暂的流通抑制了鱼类产卵，研究人员必须在天鹅洲保护区储备足够的鱼，以喂养长江江豚。
长江江豚的主要威胁是过度捕捞，过度捕捞减少了江豚的食物供应；沿江非法悬挂渔网使得水生哺乳动物被诱捕。上世纪50年代以来，长江的鱼类资源已经开始骤降，这可能限制了江豚的复苏。江豚生存的关键可能是综合性的休渔期（覆盖所有鱼类）。去年九月在重庆举行的一次专题研讨会上，中国最受人尊敬的鱼类专家之一、水生生物研究所的曹文宣，呼吁在长江整个河段实行为期10年的禁渔令。权威专家们认为这是可行的，因为每年从长江捕捞的10万吨鱼其实不到中国淡水生产的1%，其中包括水产养殖业。
如中外专家学者所言，长江江豚数量之锐减反映出整个长江生态系统的严重失衡，因此保护区措施和长江整河段的禁渔是拯救长江江豚的不二选择。当然在自然生态与当前利益的角力中，人类是否会选择可持续的发展策略，不但需要专家学者的发声呼吁，更需要当地权力部门真正执行起对长江渔业的保护重任。不要让亚马孙江豚失去它在地球的最后同类，也不要让长江江豚成为以后子孙后代词典里的动物之一；长江生态的拯救，事关每个中国人。
