由于上次莫拉克台风在台湾造成50年来最惨重的灾情，惨痛的前车之鉴，让马英九政府各部会首长全都绷紧神经，并划分责任区，分别进驻不同县市，进行防台大作战。
史上最高撤离纪录
马英九在防台会议上宣示，面对台风应该要"料敌从宽，御敌从严"。他并亲自到台东劝说危险部落的民众撤离。马英九强调：〝人不与天斗，走为上策。〞许多山区民众在中秋节紧急连夜撤离，目前总共撤离了6千6百多人，创下史上最高纪录。
近两个月前的八八水灾，从一场天灾演变成了马英九的政治风暴，各界对马政府救灾不力的批评导致前行政院长刘兆玄下台，而号称行动内阁的新任行政院长吴敦义更是不敢掉以轻心。
部署3万4千多名兵力救灾
台湾国防部喊出"救灾视同作战"的口号，部署3万4千多名兵力，出动空中预警机以及装甲运兵车进驻高危险地区。在嘉义基地开设前进指挥所, 在35个乡镇预置救灾兵力与机具, 官兵协助嘉义阿里山的村民撤离。
学者：〝马政府救灾危机意识提高〞
台湾成功大学政治系教授杨永年从1999年九二一大地震开始，对台湾的救灾体系有长达10年的研究。他在接受美国之音记者专访的时候指出，发生灾难的第一时间，最有效率的方法就是请求军队支持，而行政首长应该扮演的救灾角色，包括信息的搜集与传输、动员、以及促进组织之间的合作。
杨永年教授认为，和应对八八水灾相比较，马英九政府这次的反应的确有进步。他说：〝如果从这次紧张的程度、危机意识来看，因为过去八八水灾的惨痛经验，这一次的确是进步蛮多的，部会首长都战战兢兢〞。
两岸体制不同救灾动员力比一比
有许多人将马英九的救灾能力拿来与海峡对岸的领导人相比。对此，成功大学政治系教授杨永年表示：〝两边的体制不一样，就动员力来说，我认为台湾比大陆动员快，中国大陆那边是从中央直接下令，我们看到媒体只有一个声音。而台湾的媒体有很多不同的声音，体制完全不一样。其实台湾动员速度快，原因其实也是在于台湾媒体比大陆的快很多，这就是民主制度最大的一个优点。〞
杨永年教授认为，除了台湾媒体掌握的灾情信息快速、监督政府的力量强大之外，台湾民间的救灾力量也是对岸望尘莫及的。
他说："因为我其实看过四川大地震的救灾现场，大概就是军人，其它的民间团体力道不太够，而台湾救灾的力量是全面的，救灾体系的动员，除了国军之外，还有民间团体。就我的了解，我去高雄的重灾区看，其实第一时间动员的都是民间团体，很多民间的力量和资源比军队还要快。"
灾损情况
台湾农委会6日晚间发布芭玛台风预估农业产物损失，截至下午4时，总计新台币2,825万元，农作物被害面积151公顷，损害程度50%，换算无收获面积75公顷，受损作物以青葱浸水折损较为严重。
宜兰三星乡公所说，三星乡下湖地区凌晨因山区大雨造成土石流，当地有 3户民宅遭掩埋，只剩下屋顶在泥堆上，由于这几户居民昨天深夜已先撤离，所幸没人伤亡，附近产业道路也遭土石流掩埋，长度约500公尺。
台湾教育部今统计，受芭玛台风影响，中小学灾损金额初步统计为513万，其中403万发生在宜兰县。
台湾中央灾害应变中心今天表示，统计到6日晚间8时为止，芭玛台风共造成全台1人死亡、淹水32处，撤离居民7863人。在撤离居民方面，台北县撤离71 人、宜兰县548人、南投县120人、嘉义县440人、高雄县1965人、屏东县3097人、花莲县691人、台东县931人，合计撤离7863人；开设 70处收容所，收容3136人。
在交通设施损害部分，停水140户、电力中断3968户、停市话794户、行动电话基地台损毁14台。
农林渔牧损失初估新台币5994万余元，以宜兰县最多，占5914万余元。
