中共党内正式开始肃清"AB团"发生于1930年5月，当时先由赣西南特委领导，随之由白区而苏区、由党外而党内、由地方而军队迅速展开，到6月下旬，在中央苏区已相当普遍， 9月进入高潮。此事件曾造成江西红色根据地的严重危机和中共力量的整体削弱。据现有的历史资料和当事人的回忆资料记载，毛泽东当时是总前委领导，始终处于这场运动的组织者地位。毛认为赣西南苏维埃政府与地方军队中有大批AB团分子，甚至超过1/4，肃反运动有必要进一步加强。因此可以说，毛泽东专断、残酷、排斥异己的最早佐证，就是由他亲自领导"肃 AB团"大镇压。
事发的起因是毛泽东反对李立三中央进攻武汉、长沙、吉安等大中城市的战略方针。这在中共红一方面军内部有不少争议，出现"骂前委反抗中央命令"的言论与不满前委领导的情绪，毛泽东与总前委认为这就是"AB团"的进攻。根据有关的党史资料显示，打AB团的直接原因是，毛在江西苏区的权威刚刚建立，却遭到敢于直批毛泽东的李文林为首赣西南地方红军和党组织对其权威的挑战。仅仅在一年以前的1929年，红四军曾一度将毛驱出红军的领导岗位，虽然后来又请了回来，但展示出反对毛的势力是非常广泛的。毛不能容忍任何挑战自己权威与意志的有组织反对力量膨胀，而不管这种反对力量是来自红军内部或是地方党组织。为了维护自己在根据地的权威，毛不惜采用极端手段镇压被他怀疑为异己力量的党内同志。因此，中共内部打 AB团，实质上就是毛的残酷肃清异己运动。
这场打AB团肃反运动，在不到一个月时间内，仅在特区苏维埃政府机关就枪杀、逮捕了部长6人，嫌疑犯六七人和25% 的工作人员。与此同时，肃反的势头又指向主力红军。在不到30天内，红一方面军有几十个团长被杀，4000余名指战员被抓。有的中共老人回忆说，在当时政治保卫局所在地附近河滩上，尸横遍地，河上腥红。老红军萧克则回忆道："军政治部告诉我们，你们那裏有AB团，并具体指出几个人......就凭这一句话，根本没有别的材料，就把他们抓起来了。提审他们时都不承认，一打，一审，就承认了，还供出十几个人的名字，又把那十几个人抓起，再打，再审，又供出几十个"。
当时，最先被逮捕的除了江西行委书记的李文林、二十军政治部主任谢汉昌等120余人，以后逐渐株连被捕者达到 4400到5200人之间，被捕的人被"双手吊起来用牛尾竹竿子毒打"，或者"用香火或洋油烧身"，"一批批一批批绑出去杀了"，就像山匪一样残酷。面对如此残酷的镇压 ，毛泽东却毫不心软，更不反省，他在当年给上海党中央的信中说，一个月的工夫，在他的管辖下，整个"红军中破获AB 团四千四百以上"。这些人中大多数被杀，所有的人都受到严刑拷打。毛对此反说，刑讯是天经地义的，受刑不过乱供本身就有罪："是忠实的革命同志，纵令其一时受屈，总有洗冤的一天，为什么要乱供，陷害其他的同志呢？"
当红军中曾经反对毛的人肃清得差不多了，他便又着手对付江西共产党人。毛泽东打 AB团，主要用的人叫李韶九。此人是毛的亲信，唯毛命是崇，受毛重用，因此爬到一方面军总行动委员会政治部主任兼肃反委员会主任的高职位上。在不少中共老红军回忆录中，都认为李韶久这个人"素来卑鄙龌龊"，一位中共高官巡视员写道："李在一纵大部分人不满意他，因李只於未出发前的训话非常的勇敢，作战则畏惧怕死"。1930年12月3日，毛泽东派李韶九去江西领导人所在地富田。当时毛给了李一张单子，单子上都是那些曾开会把毛的亲信刘士奇选下台的人。毛说那个会是反对毛泽东的"AB团取消派的会议"。他下令要"来一个大的破获，给以全部扑灭"。"各县各区须大捉富农流氓动摇分子，并大批把他们杀戮。凡那些不捉不杀的区域，那个区域的党和政府必是AB 团，就可以把那地方的负责人捉了讯办。"
12月5日，李韶九带着一连人马日夜兼程，赶往富田，帮助江西省行委、省苏维埃政府和红二十军整肃AB团。李韶九到达富田，立即逮捕段良弼、李白芳、谢汉昌（红二十军政治部主任）、金万邦（省苏军事部长）、周冕（省苏财政部长）、马铭（省苏秘书长）、刘万清（原四军政治部主任）等8人。从7日到11日，李韶九不分白天黑夜，四处捕人、审讯。仅在省行委、省苏两机关和政治保卫队即破获"AB团"120余名。10日夜，李韶九下令枪毙要犯17人；11日夜，又下令处决24人，其中有省行委员7 名。毛泽东为通过残酷肃反来清除内部反对势力，12月8日又派总前委秘书长古柏到富田，加强肃反的领导力量。9日，富田肃反人员兵分三路，掀起更大规模的捕人狂潮。由于李韶九等人的滥捕、滥杀，终于酿成了富田事变。15日夜晚，事变者段良弼、李白芳在河西永阳召开扩大会议，宣布他们是合法的江西省行委。会上，省行委常委丛允中揭露说：李韶九捕捉AB团是受毛泽东指使，是毛泽东希望将江西老干部一网打尽，造成清一色的毛党，好安安稳稳地当皇帝。
事情过后的1931年11月，中央苏区举行了著名的赣南会议，总结前一段时间的打AB团和富田事变。从流传到今天的会议发言中我们可以看出，当时项英、任弼时等人都认为打AB团肃反扩大化的原因是帮派主义，毛泽东应负责任。当时中央派来的三人团之一的顾作霖，严词斥责毛泽东："毛泽东从来不检讨自己，而一味武断的把反对你的同志当作反革命杀了！你是什么立场？"
毛泽东领导的总前委肃 "AB团运动"，导致了非常严重的政治后果。据萧克上将回忆，仅在其四军即打AB团，占全军人数五分之一。黄克诚在回忆录中引述一位红四军老资历干部何笃才的话，即批评毛泽东"过于信用顺从自己的人，对持不同意见的人不能一视同仁，不及朱老总宽厚坦诚"，黄克诚说："如果不是毛泽东在组织路线上失掉了一部分人心，要想在中央苏区排斥毛泽东，当不会是一件容易的事。"
从1931年11月赣南会议结束后的数年间，到1935年的遵义会议召开为止，是毛泽东逐步淡出红军领导岗位的开始。但经过多年的斗争，权术老辣的毛泽东又改变了他在中共领导层内的孤立处境。特别是在延安整风运动中，毛泽东与刘少奇政治配合得很紧密。在刘少奇的全力支持下，毛泽东的个人主张与权威，在中共核心层内得以凸现。当年在赣南会议上当面严词斥责毛泽东的顾作霖，虽在1934年1月中央六届五中会议上当选为中央委员和政治局委员，但当选几个月后便神秘死亡，成为中共历史谜案之一。中共建制后，此谜案在党史上被埋葬，至今无人敢于问津。
1935年遵义会议后至1937年间，毛泽东运用其在中共领导层中所获得的绝对优势地位，对中共政策及领导机构作出很大调整，这种调整在1938年中共六届六中全会后迅速转变为毛泽东对中共政治路线、组织机构进行控制的权威资源。1938年秋，在延安举行的中共六届六中全会，将毛泽东于1935年后在军权、党权方面的权力扩张予以合法化。到1941年 9月政治局扩大会议时，毛泽东当面向王明发起挑战，并获得全胜而告结束，极大地凸现出毛泽东在全党中的"教主"地位。1942年毛又为整肃异己，发起著名的延安整风运动。毛泽东在延安整风运动中有意放纵其专断的个性，使之有机地配合于自己的政治目的，再次专横地以我划线，创造并利用一切机会打击异己，并在延安和各根据地策动整肃全党干部的"抢救运动"，制造出恐怖的政治气氛。由此可见，毛泽东1930年领导打AB团的政治大清洗和1942年策动全党整风运动，目的都是不惜借恐怖政治排斥异己，确立个人领袖权威。从此，中共高层再无可能对毛泽东的个人专断肃清异己行为予以有效的约束。毛泽东的极左式审干和肃反政策，经过全党整风运动，已固化成中共政党性格的一部分，这为1949 年后的中国必然制造出一大批政治冤案提供了合理性。
1980年以后，胡耀邦执掌中共中央权柄，开始全面平反冤假错案。半个世纪前被误杀的所谓AB团的子女借机进京上访，江西省委党史室主任戴向青也搜集了大量有关AB团的冤案资料，同时送到了胡耀邦的面前。当时胡耀邦委派兼管党史的中央领导人冯文斌亲自前赴江西一一核实，归来后又将全部真情报告了胡耀邦。这份由胡耀邦派人收集的党史资料，后来被杨尚昆批转给党中央的有关负责领导们传阅。正当胡耀邦要为平反这件棘手政治大冤案，前后耗费了几年时间进行资料准备时，却遭遇了1987年中共党内极左派势力发动的反对"资产阶级自由化"运动，胡耀邦被邓小平等政治老人逼迫下台，致使这一案件至今未能平反。
