元佑五年(1090年)以润州梦溪园（今镇江市郊）为终老之地，也是《梦溪笔谈》定稿及《补笔谈》、《续笔谈》、《梦溪忘怀录》、《长兴集》的撰写处。1095年病逝。他博学多才，在哲学、文学、艺术、史学、考古学、政治学、经济学、军事学、医药学、科学技术等领域里，有着众多深入的研究和卓越的创见，被国内外学者誉之为中国科技史上最卓越的人物。
沈括一生著作四十余种，除了博通经史、科技文艺之外，还精通医药，是与医药有关的重要历史人物。他的医学理论和用药经验，散见于《灵苑方》、《苏沈良方》和《梦溪笔谈》。
《灵苑方》共二十卷，成书于宋代嘉佑、治平年间。原书已在元、明时散佚，今存有胡道静的辑佚本。是书内容丰富，除系统收集民间治疗内、外、妇、儿、骨伤、五官等许多疾病的经验单方外，还记述了药物真伪考订和治病医案。所有这些，在防治疾病、继承发扬宋以前医药知识等方面，发挥了积极作用。南宋晁公武《郡斋读书志》说：“此书(灵苑方)所载多可用。”对《灵苑方》作了高度评价。
关于《灵苑方》的应用与疗效，见诸于多种文献。宋代医家孙兆，以“辰砂方”治愈汴梁相国寺和尚的癫疾；南宋史堪用“钓肠丸”，治疗肛肠痔疾；宋官吏吴育“少时心病，服《灵苑方》‘辰砂散’一剂，五日方寤，遂瘥。”南宋王谬以“荜拨丸”治疗气疾辄效，乃将此方收入他《百一方》中，并注明“《灵苑方》有治疗方状，甚详。”
杜莜用“牡丹散”治愈张徽宣一侍宠产后浮肿，“旬日去七、八，经半月治愈。”《世医得效方》有沈括一医案：“有人头、颈筋痛，诸医皆以为风，治之数月不瘥，乃流入背膂。久之，又注右胁，挛痛甚苦。以‘神保丸’服之，一投而瘥。后尝再发，又一投，瘥。”明朝李时珍《本草纲目》骨碎补治牙痛条，引述了兵部尚书刘天和的一段话：“此法出《灵苑方》，不独治牙痛，极能坚骨固齿，去骨中毒气疼痛。”
其他如猪蹄汤治妇女缺乳、至宝丹治神昏惊厥、牛黄散清热解毒、透关散通窍活络等，至今仍为临床上常用药方。《重修政和经史类证备用本草》、《幼幼新书》、《妇人大全良方》、《十变良方》、《医垒元戎》、《食鉴本草》、《证治准绳》等均记载了《灵苑方》的常用方剂。还有不少验方被收入《永乐大典》、《古今图书集成·医部全录》、《医方集解》和《急救广生录》中。
《灵苑方》除著录民间单方、验方外，还记述了当时一些新药的功效和临床应用，如藿香、鸡冠花、青黛、没药、玳瑁、绿矾、硼砂等，在《灵苑方》中均能见到。
此外，《灵苑方》中曾不止一处提到关于药物名称的异同和品种的考订。沈括在《梦溪笔谈·药议》中说：“余集《灵苑方》论鸡舌香，以为‘丁香母’盖出陈氏《拾遗》，今细考之，尚未然。”“胡麻，直是今油麻，更无他说。余已于《灵苑方》论之。”等等。足证《灵苑方》内容丰富和沈括的知识渊博，对医药学研究之深邃。
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