〖抗清、投清、首征失利、复台谋略、战略抉择、澎湖之战、台湾弃留之争、治台、身后〗
字尊侯，号琢公，明末清初泉州府晋江县衙口人。
出生于农民家庭。“有识度，膂力绝人”，因家贫，幼时弃文习武，一边帮助父亲务农以补家计，一边从师“习距阵击刺诸技，于兵法无不兼精，遂智勇为万人敌”。史书上说他精习兵法，但为人偏狭。
抗清
崇祯十年（1637年），十七岁的施琅便加入郑芝龙（郑成功之父）的军伍，任千夫长。后剿捕泉州山贼有功，明廷特授游击将军，曾随黄道周出关抗清。
清·顺治三年（1646年），福建的南明王朝被清军打垮，郑芝龙降清。郑成功起兵南澳抗清，以金门、厦门为根据地，到处招兵买马。
顺治六年（1649年），施琅与施显应郑成功邀请，到安平（今安海）加入郑成功的队伍，受郑成功的器重，任左先锋职，为郑成功部下最为年少、知兵、善战的得力骁将。郑成功待他甚好，把他看成是自己的得力助手，礼遇甚渥，军储卒伍及机密大事悉与谋。施琅也一心一意为郑成功效劳，郑军自楼舰、旗帜、伍阵相应之法，均是施琅传授的。施琅还率郑军攻漳浦、征揭阳，抗击清军，战绩辉煌。
投清
据《先王实录》(亦称《从征实录》）、《赐姓始末》等书的记载，施琅甚有才干，但恃才倨傲，屡忤成功，早引起郑成功的恼怒。
清·顺治七年（1650年），清军攻占广州，南明·永历政权危在旦夕。施琅主张不救，郑成功不听施琅劝告执意南下救援，施琅也只好于1651年在南澳下愿南下广东勤王，结果救援不了还损失惨重。
1651年，郑成功率师至南头，郑军严重缺乏粮饷，基本上依靠掳掠，其对象说是土豪，但实际上包括了广大老百姓。更为严重的是抢掠妇女，以鼓用兵。施琅强烈反对，拒不执行，还多次对郑成功正言劝阻。郑成功不但不听逆耳忠言，且对施琅日益反感及不满。后又因郑成功命他回厦门“未还其兵权”，使得二人关系恶化。
施琅与郑成功的个性都是冲动、爆燥的，施琅与陈斌以及右先锋黄廷发生过严重的冲突，令郑成功对施琅的印象更为恶劣，但因平时军事斗争紧张，郑成功无暇顾及解决私人矛盾问题，积怨日深，终有一天爆发了。
那是因施琅杀亲兵而引起的。施琅亲兵曾德因犯罪而逃匿郑成功营部，求郑庇护，被郑成功提拔为亲随。施琅擒回曾德，成功得知后驰令勿杀，然施琅当时已“立杀之”。成功因此大怒。从此，两人演成为死对头。
明·永历六年(1652年)四月二十日，郑成功下令逮捕施琅及其父施大宣、其弟施显。施琅被逮后，交由忠定伯洪习山缚于一船中。不久，施琅用计逃脱，匿藏于副将苏茂家中，郑成功下令搜查，但不可得。施琅出逃后，“去安平投施天福依(郑)芝豹（郑成功的叔父），求为排解”(见江日升：《台湾外纪》)。郑成功非但不接受调解，还在得知施琅逃入安平后派部下吴丰秘密去刺杀他。因施琅先已获得情报，吴丰刺杀失败。郑成功在盛怒之下，竟将施琅的父亲施大宣、弟弟施显杀了，致使郑、施关系不可挽回，仇恨不共戴天。
至此，施琅既不能回归郑军，也不能久匿民间，被逼于1651年7月投清，与郑成功对抗。
1657年，施琅以随征攻克闽安镇、罗星塔立功，授同安副将，统兵驻扎同安。随后，被荐举为同安总兵。
1661年郑成功收复台湾。清·康熙元年（1662年）七月二十七日，清廷升任施琅为福建水师提督。施琅上任后，自同安出发，视察沿海防务情况，同时上疏朝廷，准备着手收复厦门。
郑成功起兵抗清以来，率军统属经大小战役百余次。在斗争中，虽然每多用表扬奖励来鼓舞斗志，但其用法严峻，“果于诛杀”，常以杀立威。被郑成功诛杀的部将，单在《先王实录》中记有姓名的多达七十余员，有的还杀及妻儿并全家的。被诛杀者，除了有几起定为贪污罪外，其他多是战场上“怕死不前”者，有的不杀会影响军心，可也有的则是不该杀的，冤案、错案绝非仅有。这当中，杀施琅的父、弟，是郑成功一生中最大的错杀案。
首征失利
1661年4月，郑成功收复了台湾。康熙元年(1662年)五月，郑成功在台湾去逝，郑氏集团遂发生分裂。在台湾的郑军将领拥郑成功之五弟郑袭继位，而在厦门的将领却推郑成功之长子郑经继位，双方兵戎相见，内部陷于混乱，“每闻风声，慌乱不堪”。清王朝认为有机可乘，曾多次派员到厦门招抚郑经。郑经为了减轻压力，以便集中力量解决内部问题，遂派人与清朝谈判，交出南明皇帝赐给的敕书、印玺，作出愿意归顺清朝的姿态，清庭则要求台湾人众迁回内地，剃发易服。康熙二年(1663年)六月，郑氏集团内变平息，郑经谋求割据一方，回师金、厦，率众窥视福建，便以种种理由，拒绝履行和谈条件，和谈宣告失败。
在统一和分裂的大是大非面前，施琅最先疾呼：只要郑经不肯接受招抚，就应用武力平台，迅速实现国家统一。
康熙的政策是“寓剿于抚”。康熙二年(1663年)十月，清·靖南王耿继茂、福建总督李率泰发兵攻金厦两岛。由马得功、郑鸣骏军队及荷兰船队出泉州港向金门进攻，施琅、黄梧率队出海澄港攻厦门。郑经部队寡不敌众，金、厦失守，退守铜山（今东山）。
清政府乘机展开了大规模的招降活动。在高官厚禄的引诱下，郑军人心浮动。1664年，郑军自承天府南北总督周全斌、前提督黄廷、水师统帅忠靖伯陈辉以下数十员镇将、总兵、都督共文武官员3985人降清。郑军损失兵力10余万人，大小战船900余艘，宿将精锐十去七八。面对全军即将瓦解的严重局面，郑经万般无奈，只得放弃沿海岛屿，退出厦门，率残部逃往台湾。施琅建议，乘他率兵攻取金厦新胜，“进攻澎湖，直捣台湾”，使“四海归一，边民无患”。
康熙三年（1964年）7月10日，清王朝授施琅为靖海将军，周全斌、杨富为副帅，率领原郑军水师部队进征台湾。
康熙三年（1664年）十一月间，施琅选择冬天偏北风的季节，首次率领舟师起航攻打台湾，不料船队航行到洋面上遇上飓风，无法行进，只得返回，连敌人的面也没有见到。
康熙四年（1665年）三月，施琅选择春季第二次发兵台湾，自铜山（东山）启航。史料记载：“乃于本月二十六日会同众伯、总兵官等，率领所有舟师开驾，驶入外洋。时因风轻浪平，驶行三昼夜，尚难于前行。二十八日，暂且依山泊船汲水。二十九日，再行开驾，又通东风迎面扑来，迫于无奈，返回菲罗。”这次出航的前3天虽然没有碰到风浪，但是风力太小或无风，致使以风帆为动力的舰队行进速度缓慢，进展很不顺利，只得找地方抛锚休息与补充淡水，第4 天船队开拔后，气象条件又发生变化，遇到了偏东迎面的逆风无法行进，只得折回。此后的半个月里，天气一直不好，休整一周后，施琅率领船队又启程了。施琅在给皇帝的奏折中称：“本月十六日，天时晴究，臣又会同众伯、总兵官等，率领舟师开驾，进发台湾。十七日午时，臣等驶入澎湖口，骤遇狂风大作，暴雨倾注，波涛汹涌，白雾茫茫，眼前一片迷漫。”这次出征后的天气更加糟糕，航行中突然遭遇到如此恶劣的风暴，致使“我舟师不及撤回，皆被巨浪凌空拍击，人仰船倾，悲号之声，犹如水中发出，情势十分危急。”风暴把清军船只的桅杆刮断裂，篷帆被风撕破，船桨折断，船舱漏水，船队只能随风飘荡。所幸飓风只是把船队吹散了，有少数小船被风浪掀翻，失踪人员不多，损失不是很大，连施琅自己的指挥船也被吹到了南边的广东省潮州地界，直到二十六日才返回厦门。此后施琅被调入京，就这样，康熙初年清军收复台湾的行动因气象条件而失利，统一台湾之事只得搁置了下来。
当时两岸虽武装对峙，但又都有一定的和平愿望。清王朝三藩未除，经济不稳，无力用兵海上。而台湾郑氏，土地初辟，人口甚少，生产落后，经济困难，急需大陆的粮食和物资供应。且郑部大多是福建人，离家日久，思恋乡土，私下渡海来归者络绎不绝。
康熙六年（1667年），清廷派总兵孔元章，赴台湾议抚，答应郑经如归顺，可封“八闽王”，郑经犹豫不决，后以“和议之策不可久，先王之志不可坠”（《海纪辑要》），拒绝清朝的招抚。
康熙六年（1667年）孔元章议抚失败后，施琅亲赴京师面陈攻取台湾之计，上《边患宜靖疏》，指出：“堂堂天朝，万国宾服，岂容此余灰以滋蔓患日。”
清·康熙七年（1668年）四月，清廷任命施琅为内大臣。清王朝怀疑这些郑氏降将暗通郑氏集团，下令裁撤福建水师，将所有投清的原郑成功、郑经的官兵调至北京归旗或分散到各省屯垦，战船全部焚弃。
康熙七年（1668年），施琅又写了《尽陈所见疏》，指出：“伏思天下一统，胡为一郑经残蘖盘踞绝岛，而拆五省边海之地方，画为界外，以避其患？自古帝王致治，得一土则守一土，安可以既得之封疆而复割弃？”“台湾平，则边疆宁靖。防兵可减，百姓得享升平，国家获增饷税，沿边文武将吏得安心供职，可无意外罪累。”
施琅认为，郑氏并无“归诚实意”，强调“从来顺抚逆剿，大关国体”，不能容许郑经等人顽抗，盘踞台湾，而把五省边海地方划为界外，使“赋税缺减，民困日蹙”；必须速讨平台湾，以裁防兵，益广地方，增加赋税，俾“民生得宁，边疆永安”。他还分析了当时双方的力量，指出台湾“兵计不满二万之众，船兵大小不上二百号”，他们之所以能占据台湾，实赖汪洋大海为之禁锢。而福建“水师官兵共有一万有奇，经制陆师及投诚官兵为数不少”，只要从中挑选劲旅二万，足平台湾。他再次提出出兵征台，主张剿抚兼施，从速出兵征台，以免“养痈为患”。
1668年，在朝野主抚派一片雀噪声中，康熙在看到施琅的奏疏之后，以“渡海进剿台湾逆贼，关系重大，不便遥定”为名，召施琅“从速来京，面行奏明所见，以使定夺”。施琅到京后，康熙撤掉施琅的福建水师提督职务，任他为内大臣，并撤福建水师，不再议武力征台之事。
康熙这样做，主要是迫于形势。表面上看，停议征台，对施琅是贬，但实际上施琅从福建水师提督调任从一品的内大臣则贬中有褒。因为主抚派在当时占了上峰，以鳌拜为首的中央保守势力以“海洋险远，风涛莫测，驰驱制胜，计难万全”为借口，把他的建议压下来。而且部分朝臣对施琅不信任。当时对施琅的不利因素比较多：他不仅是明郑的降将，而且在1664年前后两次率兵征台未果，损失兵丁，而当时清统治集团对明郑降将又多不信任，曾下令把这些降清士兵官员迁往内地各省安插，对施琅当然也不可能例外。这种不信任当然也包括康熙在内。当李光地向他推荐施琅为水师提督时，康熙问李：“汝能保其无他乎？”而清政府当时又要集中力量解决其他国内大事，所以康熙也只好下令撤兵。
尽管施琅的苦心议谏被束之高阁，甚至裁其水师之职，留京宿卫，投闲长达十三年之久，但他仍然矢志复台，坚韧不拔。
施琅认为平台是闽海第一要务，而且必须以剿逼和，是一个坚决的主剿派，他当然也不会轻易放弃自己的主张。在京之日，他密切注视福建沿海动向，悉心研究风潮信候，认真总结两次进征台湾未果的教训，“日夜磨心熟筹”；同时，四处拜访在京任职的福建籍官员，阐述其主张，以俟起用。他“尝于朝退休闲，翻阅历代二十一史，鉴古今成败及名臣言行可法者，一一具志诸胸中”，以致朝中同僚刮目相看，誉之“儒将”。
复台谋略
康熙亲政后，刑部尚书明珠奉旨入福建，主持和议，派知府慕天颜入台，宣示招抚之意。清廷做了重大让步，允许郑氏封藩，世守台湾。郑经则提出： “苟能照朝鲜事例，不剃(同剃)发，称臣纳贡，尊事大之意，则可矣”（江日升《台湾外记》）。康熙则认为，台湾是中国的领土，不能与藩属朝鲜相提并论，答复：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从未所有之外国，郑经乃中国之人”（《明清史料丁编》第三本）。康熙不愿台湾成为独立于中国之外的国家，故谈判破裂。
康熙十七年(1678年)七月，“三藩”乱起，“三藩”之首吴三桂起兵叛乱，另两藩也相继反叛，中原战火弥漫。远在台湾的郑经与吴三桂、耿精忠勾结，趁机起事，渡海反攻，不断骚扰广东、福建沿海地区，占领厦门与漳州、泉州、潮州、惠州各地，此后即以海澄、金门、厦门为据点，与清军隔海对峙。清朝曾四次派员劝说郑经退回台湾，均未奏效。康熙深知平台不是一件易事。康熙十七年(1678年），他就要姚启圣等遴选福建水师提督，条件“非才略优长，谙练军事不可。”据此，姚启圣就力荐施琅。
为了防止郑军窜扰大陆，清朝在福建沿海重行“迁界”，强迫居民内迁十里或二十里，遍筑界墙守望，断绝内外交通，对郑军实行全面封锁。与此同时，任命曾在洞庭湖大破吴三桂有功的万正色为福建水师提督，加紧建造战船，编练水师，准备进攻金、厦。招降活动也从未停止，而且规模更大，条件更加优厚，如对投诚的官员保留原职或按原衔补官，士兵赏银20－50两不等。由于清朝的封锁和诱降，郑军土地日蹙，财源枯竭，士气低落，人心涣散，先后又有5陆镇、 5水镇官兵共10余万人降清。
转战数年，吴三桂失败，郑经孤军难支。康熙十九年(1680年)，郑经在金门、厦门被闽浙总督姚启圣击败；二月，万正色率水师攻下海坛，并乘胜南下厦门；海澄、丙州守将相继投降。郑军水师著名将领朱天贵也率官员600余人，兵2万余名，舰船300余艘献铜山降清。郑经在大陆的最后一块地盘失守，仅领千人逃回台湾，沿海岛屿悉为清军占领。
从此，郑经沉湎于酒色，不问政事，令长子郑克臧为监国主政。康熙二十年(1681年)正月，郑经病死，他的两个儿子为争夺权位而自相残杀。康熙二十年(1681年)二月，郑克塽的岳父、权臣冯锡范与郑经弟郑聪等共谋，杀死郑经长子郑克臧，拥立年仅12岁的郑经次子郑克塽嗣位。实际上，权力全掌握在冯锡范手中，形成“文武解体，主幼国疑”的混乱局面。郑氏集团已成为一个割据政权，丧失了人民的同情和支持。
在军事上，为了防御清军进攻台湾，郑军加紧修理战船，增强防御部署。以中提督武平侯刘国轩为总督守澎湖，在澎湖修筑营垒炮台。以左武卫何祜为台湾北路总督，守鸡笼(今基隆市)、淡水，重修西班牙人遗留下来的城堡。由于兵力不足，只得征集乡兵分守要口，百姓怨声载道，变乱时有发生。
此时，三蕃之乱已经基本平定，西北噶尔丹叛乱也暂告平息，社会生产有了一定恢复和发展。康熙帝得到姚启圣关于台湾内部情况的密报，觉得收复台湾的时机已到。清廷讨论如何解决台湾问题，反对武力攻取台湾的人很多，兵部侍郎温代、刑部尚书介山、户部尚书梁清标为首的少数大臣极力反对收台。康熙排除了众多反对意见，决定采取“剿抚并用”的方针，“底定海疆”。康熙面对台湾海峡和郑军现状（约有四、五万军队）以及满清入关后连年征战，国力不强的情况，根据赖塔、施琅和姚启圣的意见，决定：“恤兵养民，与天下休息”，“以抚为善之方略”，“亦因剿寓抚之指针，可先抚后剿，先礼后兵”。关于“抚为善之方略”是指：“不登岸受制，不剃发易俗，不改换衣冠的优厚条件下称臣归来”。这是康熙历次招抚最优厚的政策。
当时，在郑氏政权中有主战和主合两种势力：主战派是侍卫大臣冯锡范为代表，他积极勾结日本对抗统一，企图成立台湾国；主合派是以谘参军陈永华和监国的郑克臧（郑成功的大儿子）为代表，主张接受康熙提出台湾高度自治的“三不”方案。然而，郑氏政权却拒绝这个方案，把自己推向灭亡。
康熙二十年（1681年），清政府在平定了三藩之乱后，中国大陆已完全统一。7月，内阁学士李光地向康熙启奏：郑经已死，其子年幼，部下争权，攻取台湾时机已经成熟。
康熙二十一年（1682年）十月，清政府决定进攻台湾。台湾地处大海中，波涛万顷，作战需赖水师，满族将士娴习马步，而不习水战，必须另选将帅，训练士卒。康熙决定起用施琅。此次重新起用施琅与施琅的同乡大学士李光地很有关系。据《清史稿》所记，康熙曾先后两次就福建水师提督人选事征求过李光地的意见。第一次李答以施琅“海上路熟，海上事他亦知得详细，海贼甚畏之”。第二次康熙就“命将”问题又一次征求他的意见，他认为“计量起来还是施琅”。理由是施琅是“海上世仇，其心可保。又熟悉海上情形，其人还有谋略，为海上所畏”。在李光地的力荐下，几乎没有经过太多周折，康熙便谕命施琅为福建水师提督，加太子少保，“谋划进取台湾事宜”；原水师提督万正色改任陆路提督。他赞扬施琅熟悉彼处地形、海寇情形，要“克期统领舟师进取澎湖、台湾”。并认为如果不派遣施琅去，“台湾所不能定”。施琅离京赴任前，康熙又语重心长地说：“尔至地方当与文武各官同心协力，以靖海疆。海氛一日，则民生一日不宁。尔当相机进取，以副朕委任至意。”
施琅受命返回福建，相机进取台湾。康熙二十二年（1683年）一月，施琅一到厦门，立即上疏要求专征台湾，即军事指挥由他独自决策。但朝廷内部不断有人上疏反对说：“天下太平，凡事不宜开端，当以静为主。”在其意见被否决后，他又执意坚持，9月再次上书，力主出兵。康熙帝虽然认为人臣不该有这样的“妄奏”，但他还是网开一面，把施琅的意见交大臣讨论。大学士明珠赞成施琅的意见，认为“若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往则未免彼此掣肘”，主张“着施琅一人进兵似乎可行”。有明珠的附和，康熙帝立即破例表示同意明珠意见，下令“施琅相机自行进剿”，福建总督姚启圣只管后勤供应，与施琅和衷共济，保证施琅出征的粮食和物资供应。康熙批准“专征”之后，施琅大受鼓舞，“日以继夜，废寐忘食，一面整船，一面练兵，兼工制造器械，躬亲挑选整搠”，历时数月，使原来“全无头绪”的水师“船坚兵练，事事全备”。
大兵压境，康熙仍没有放弃和平争取回归的努力。1682年12月,福建总督姚启圣派人赴台谈判，可郑氏集团自以为海道险远，大陆无能为力，郑经致书福建总督姚启圣，再次要求：“请照琉球、高丽外国之例，称臣纳贡”，即名义上归顺清朝，实际仍保持独立。康熙帝龙颜震怒，令施琅“相机进攻”。
战略抉择
康熙二十一年(1682年)一月，施琅密疏专征台湾。施琅提出在南风盛发的五六月出兵，首先攻取澎湖的作战方案，姚启圣坚持九、十月北风起时两路出击或先攻台湾，后攻澎湖。十月，康熙帝谕施琅负专征台湾之职。施琅修改了分两路进攻澎湖和上淡水的作战方案，决定集中兵力进剿澎湖，尔后下台湾。这是因为，第一，“澎湖是台湾四达的咽喉，外卫之藩屏，先取澎湖，胜势已居其半”(施琅：《边患宜靖疏》）；第二，郑军的主力集中在澎湖，又是由郑军中威望最高的大将刘国轩指挥，如果将其全歼，则“台湾可不战而下”(李光地：《施将军逸事》)。第三，施琅认为台湾海峡的东北风季势虽猛，却骤发骤息，战船在海上不仅容易被吹散，而且不能抛锚定泊，再加此如果从金门直接攻台湾，有二百多公里，从澎湖到台湾仅五十多公里，后援线太长，如果迂到守军顽抗，进攻就难以持久。攻台应当采取突然偷袭，并且是稳打稳扎，逐步推进的办法。十一月，清军战舰齐集兴化平海卫。十二月二十三日清军出洋，驶往澎湖。不料遇大风，被迫返回。出海受挫，使施琅进一步熟悉了海情。
鉴于以往的教训，施琅把选择出兵的季节、时间、风等条件作为一件大事，派专人查阅气候资料并进行了实地海情和风的观测，基本熟悉和掌握了海峡地区的气象情况，得出夏季台湾地区高温高温多雨，能见度较好，特别是在偏南风向下，风速和缓顺畅，得出了有利于舟师上横渡海峡的气象条件和结论。
战前清军将领们制定了比较周密的作战计划并做了充分准备。但对于选择北风还是南风的风向出兵这样一个关键问题，当时军内存在不同意见，众将领之间还发生过激烈争论。对“总督、提督称南风不如北风”的争执，施琅批驳说：“夫南风之信，风轻浪平，将士无晕眩之患，且居上风上流，势如破竹，岂不一鼓而收全胜。”面对有的将领主张采用北风进兵，他多次向皇帝上书陈述自己的意见，就南风和北风对航海军事的影响优劣做了比较。他说：“乘夏至南风成信，当即进发捣巢。盖北风刚硬，骤发骤息，非常不准，难以预料；南风柔和，波浪颇恬，故用南风破贼，甚为稳当。”这在当时世界气象科技尚不发达的17世纪是十分难得的，最终他说服了其他将领。
久经风浪的施琅在上报的《密陈专征疏》中专门就气候与风向问题谈了他的认识：“春夏之交，东北风为多，我船尽是顶风顶流，断难道进……莫如就夏至南风成信，连旬盛发，从铜山开驾，顺风坐浪，船得联综齐行，兵无晕眩之患，深有得于天时、地利、人和之全备。”施琅经过了长期对气象和气候规律的观察摸索，了解和认识到夏季里海峡洋面上台风发生率虽高，但是并不是天天都刮狂风，只要能够避开台风等恶劣天气的袭击，就可以挑选出一段良好天气顺利出航进行作战。
鉴于以往遇到大风浪的失败教训，他在挑选出兵季节上反复斟酌，最终重新提出于夏季农历六月份出洋，乘南风进兵的主张。这一方案得到清廷批准。
澎湖之战
康熙二十二年(1683年)正月，刘国轩得知清军即将进攻台湾，乃进一步加强防御。以忠诚伯冯锡范为左提督，守鹿耳门。五月，刘国轩再增兵澎湖，总兵力达2万余人，并有大小炮船、鸟船，赶缯船、洋船、双帆船船等战船近200艘．分戍澎湖各要地。此外，在娘妈宫、风柜尾、鸡笼山、四角山、内外堑、西屿头、牛心湾和醵屿等处，均添筑炮城十四座。在便于登陆的地段，还筑造了二十多里的女墙壕沟短墙，派兵把守。
清·康熙二十二年(1683年)五月，康熙帝见招抚不能成功，遂命施琅进兵。六月，在清收复台湾之战中，福建水师提督施琅率水师于澎湖与郑经水师进行战略决战。
1683年7月8日（康熙二十二年六月十四日）晨，在姚启圣准备了充足饷需的支持下，已经63岁高龄的施琅在福建铜山（今东山岛）誓师，率领大型战船300余艘、中小战船230余艘，以提标署右营游击蓝理为先锋，在夏至前后的西南风风轻浪平时出发，二万多水师分三路向澎湖进击。
经过一天一夜航行，六月十五日，清军到了澎湖的第二大岛西屿（今渔翁岛）的西南边的猫屿、花屿和草屿等岛屿,夜泊澎湖南大门八罩岛。在海上巡逻的郑军哨船发现后，即报知刘国轩，刘国轩闻讯，急命镇守狮屿头、风柜尾、鸡笼山、四角山、内堑、外堑、东峙、牛心湾等各要点之将领，把大炮移到海岸，以防清军寄泊，传令各水师将领驾驶大烦船、鸟船、赶缯船，环泊于娘妈宫前和内堑、外堑、东峙、西峙各要口，准备迎战。宣毅左镇请求乘清军远航疲惫，立足未稳之机主动出击，遭到拒绝。刘国轩认为炮城严密，清船无处可泊，只待风暴突起，将不战而溃。时值天晚，清军战船湾泊八罩以西的水坟澳。邱辉又欲进攻，刘国轩仍坚信日内必有大风，按兵不动。
十六日晨，施琅直取澎湖本岛，两军在澎湖海面初战。清先锋蓝理率7船冲阵，击沉和焚毁郑船数艘。标右营千总邓高匀等驾船5艘，又击沉郑船3 艘。时值南潮初发，清军数船争先，未能保持好战斗队形，互相冲撞，不成行列。有几艘船被潮水冲近炮城，郑军乘机齐出包围，右武卫林升率船队奋勇冲杀，清军稍却。施琅亲督诸船冲入敌阵，与兴化镇吴英前后夹攻，救出数船，力战得脱。“琅乘楼船突入贼阵，流矢伤目，血溢于帕，督战不少却”(《清史稿·施琅传》)。因天色将晚，清军水师收拢后，在西屿头洋中锚泊。邱辉又建议乘胜连夜出击，刘国轩寄希望于台风，坐失战机，不敢乘胜追击。经一天激战，郑军损失兵将2000余、船只16艘，清军损失小于郑军，施琅右眼负伤。当晚，施琅率舟师泊于西屿头。
十七日晨，施琅率舟师驶回八罩水垵澳湾泊，严申军令，查定功罪，赏罚官兵；并议每镇督大鸟船6只，各配精兵，于十九日再战。
十八日，施琅率师出战，总兵吴英进取虎井、桶盘二屿。
十九日，施琅率罗士珍、张胜、何应元、刘沛、曾成等坐小赶缯船，深入郑军腹地内堑、外堑侦察。
二十日，施琅遣使招降刘国轩，被拒绝。
二十日、二十一日，用赶缯、双帆艍船分作两股，佯攻内堑、外堑，以分敌势，麻痹郑军。
在十六至二十一日6天的战斗里，多数时间内都刮着柔和的偏南风，使处于上风方向的清军可以趁风势扬起风帆快速前进冲击敌人。起初战斗双方互有胜负，但郑军始终处于逆风被动不利的态势，具备了与守御澎湖的郑氏集团主将刘国轩决战的条件。
清军经过3天的休整和准备之后，于六月二十二日（1683年7月16日）发起总攻。战斗打响后，清军得用西南风优势，分前、中、后三路进攻守军。随征都督陈蟒、魏明、副将郑元堂等领赶缯、双帆艍船共50艘，由东畔直入鸡笼屿、四角山，为奇兵夹攻；以随征总兵董义、康玉、外委守备洪天锡领赶缯、双帆艍船共50艘，由西畔内堑直入牛心湾，作疑兵牵制；施琅与朱天贵、吴英等率船56艘，分作8股，每股7船，各作3迭，居中主攻。对中路主力船队，施琅周密部署。将其分为8股，每股7艘战船，又各分作3叠。施琅居中率一股，兴化镇吴英领一股居左，平阳镇朱天贵、前营游击何应元合领一股居右，金门镇陈龙领一股在次左，署中营参将罗士珍、署右营游击蓝理、署后营游击曾成合领一股在次右之右，署铜山镇陈昌领一股在次左之左，海坛镇林贤领一股在末右，厦门镇杨嘉瑞领一股在末左。以上三路清军船队同时向守岛郑军发起总攻，直捣娘妈宫。另有80余只战船留为后援。
第二次大会战开始。此时，刘国轩闻外堑山顶嘹望炮连发，却一反常态，立即指挥各船齐起帆碇，从娘妈宫出而迎战。当时澎湖守军数量略少于进攻方，但郑军占据澎湖各要点，虽占有优势却处于逆风逆水地位。
郑军战船分为炮船、鸟船、赶缯等数种，其中炮船安设红衣大炮1位，重三四千斤，船头两边安设发烦20余门、鹿铳一二百门，有很强的攻击力。但清军士气高昂，按照施琅制定的作战方针，迅速变换成“五点梅花阵”阵法，以5艘战船攻敌船一艘，集中兵力各自为战。“巳刻，南风大发，南流涌起，(施琅) 遂下令扬帆联进。风利舟快，瞬息飞驶，居上流上风之势，压攻挤击，一可当百；又多用火器、火船，乘风纵发，烟焰弥天”。(阮曼锡：《海上见闻录》)两军酣战竟日，声闻数百里。
从早晨到下午“炮火矢石交攻，有如雨点，烟焰蔽天，除尺莫辨。”刘国轩见清军各用命争先，便令刘明督其右镇尤俊、龙骧左镇庄用、侍卫中镇黄德、右镇蔡智、骁翊协蔡添、领旗镇林亮、勇卫前镇曾遂、中提督总理陈国俊、右武卫随征二营梁麟、水师二镇前锋镇营李富、左营张钦、水师三镇右营许瑞、水师四镇右营林耀、折冲左镇左营陈勇、右提督后镇左营王受等，乘鸟船、炮船、赶缯船、双帆艍船，合艅齐击。郑军以数船围一，接连击沉邱辉、曾瑞、黄德、吴逊、吴福、王受等船。刘国轩发火箭喷筒，毒焰冲天。激战中，清总兵朱天贵战死，林贤前来援救，被困于下风，清军数只战船齐来，与林贤内外夹攻，击沉击伤郑船2 艘，郑军退。游击兰理中炮“腹破肠流出，为掬而纳诸腹，持匹练缚其创。理呼杀贼，麾兵进”（《清史稿》卷二百六十一·兰理传）。
施琅督清军拚死力战，东西两翼清军战船亦至，施琅命3路齐进，以众击溃，用火船乘风纵发。当天共焚毁、击沉和俘获郑军大小战船近200艘（其中大贡船三十七艘，大乌船五十二艘，其他船一百零七艘），郑军死伤各级将领三百多名，歼灭郑军主力一万二千多人，缴获许多船只和武器装备，很快攻克澎湖列岛。澎湖陆上守备将领果毅中镇杨德等165人、士兵4853人投诚。清军官兵阵亡329人，负伤1800余人，船只无损失，可谓大获全胜。
刘国轩惨败，浮尸遍海。吼门水浅，清军未加堵御。刘国轩见诸军已丧没大半，恰遇水涨风顺，只是因地形熟悉，刘国轩才率领小炮船3艘、小鸟船2 艘、赶缯及双帆船26艘和几百名将士从水浅礁险的吼门岛屿遁逃回台湾。施琅令陈蟒率快哨追擒。陈蟒港路不熟，未及。时至黄昏，施琅鸣金收军，打旗招降。
此战，交战双方的兵力大体相当，郑军经营澎湖多年，设防据守，以逸待劳；清军渡海作战，远来疲惫。郑军处于有利态势，而结果却一败涂地，全军覆没。除政治腐败，士气不高以外，指挥上的失着应是一个重要原因。首先是防御部署上的错误，郑军只注意防守八罩水道以北的北大山、西屿、北山等大岛，而忽视了在八罩水道以南的八罩、虎井、桶盘、花屿、猫屿等诸小屿设防，使南来的清军水师得以乘虚入据，成了清军驻泊、休整和出击的前进基地。其次是消极防御，贻误战机。当清军水师经过30多小时的航行，抵近澎湖时，郑军宣毅左镇邱辉对刘国轩说：“乘彼船初到，安澳未定，兵心尚摇，辉愿领烦船十只，同左虎卫江胜贯阵却之。”建威中镇黄良骥也说：“先发制人，半渡而击，正合兵法。”刘国轩却说：“炮台处处谨守，彼何处湾泊?当此六月时候，一旦风起，则彼何所容身? 此乃以逸待劳，不战可收全功也。”遂按兵不动，使清军水师得以顺利到达澎湖，环泊花、猫二屿。邱辉又建议“乘夜潮落，冲舟宗击之”，又遭拒绝。十六日，清军出战不利，千帅受伤。邱辉建议乘胜夜袭，刘国轩仍以等待飓风使彼自覆为由未予采纳。邱辉说：“兵法有云：半渡可击，立营未定可击，乘虚可击；今敌患三者，而不乘其势，若早晚无风，合万人为一心而死战，将奈何?”刘国轩不听部属的合理建议，三次放弃歼敌的有利战机，把取胜的希望完全寄托在可期而不可必的风暴上，结果是风未至而兵已败。第三是冒险决战，全军覆没。郑军的作战方针本来是以澎湖为重点设防固守，刘国轩本人也不愿主动出击，而是指望海上风暴会使清军不战而败。既然如此，那末就应该充分利用防御工事，保存有生力量，避免与清军决战。刘国轩见不及此，当施琅发起总攻时，亦率全部海上兵力迎战，终于全军覆没。
清军之所以取胜，除战船装备精良，将士作战勇敢之外，也是与作战指挥的正确分不开的。清军水师统帅施琅“治军严整，通阵法，尤善水战，谙海中风候”(《清史稿·施琅传》)，在指挥上有许多独到之处。在渡海时间上，他一反在东北风季节渡海的传统，选在西南风始发的六月中旬。有人间这是什么原故，琅曰：“北风日夜猛，今攻澎湖，未能一战克，风起舟散，将何以战?夏至前后二十余日，风微，夜尤静，可聚泊大洋，观衅而功，不过七日，举之必矣。”(同上)这种选择曾经遭到姚启圣等人的强烈反对，但施琅始终不为所动。实战证明，这一选择是正确的，它保障了清军水师在发起总攻前的安全锚泊。在渡海航路上，以往从大陆到台湾，都从金、厦出航，而施琅一反惯例，把出航点选在靠南的铜山岛。因为水师从铜山出航后可利用西南风，直取澎湖以南郑军未设防的诸岛屿，以作为前进基地，然后向北转入澎湖海域，这样便始终处于顺风顺流的有利阵位。实战证明，这种选择是正确的，取得了预期的效果。在战术上，集中兵力，速战速决。澎湖海域六月多风，深谙海情的施琅是知道的，在初战小挫之后，便立即抓紧再战准备，并不失时机地发起总攻。施琅除分兵二路，从东、西两个方向进行佯动和箝制以外，在主攻方向上集中了56艘主力战船，并以五船合攻一船，逐次歼灭了郑军主力，而清军水师却无一船损失，这在海战史上是不多见的。
此后，施琅又一面加紧军事行动，一面对郑氏集团施以大义，进行招抚。澎湖战败，郑克塽等极为恐慌。施琅进行政治争取工作，澎湖海战结束后，他对郑军官兵无论是归顺的，还是被俘的，一律采取优待安抚政策。对郑军将领以礼相待，士卒给以钱粮，负伤者代为医治，有欲归见妻子者派小船送至台湾。800 名伤残者医治之后，释放回台，令他们宣示招抚之意。对澎湖居民，除多方抚慰之外，还宣告免除3年徭税差役，以利休养生息。所有这些，对安定台湾的民心士气，起了重要的作用，台湾民众“莫不解体归心，唯恐王师之不早来”（《海上见闻录》）。
施琅以澎湖为据点，整船治军，拟于八月或十月，乘北风进军台湾。台湾闻郑军在澎湖惨败，人心惶惶，兵无斗志。此后，清廷对台湾加紧招抚，对台湾郑氏集团的上层人物，开展了政治攻势，把重点放在郑军的统帅刘国轩身上。施琅派员以厚爵游说刘国轩，促使刘国轩极力主降，并派兵监视郑氏子孙。
在施琅大军压境之下，郑氏已无抵抗能力，于7月5日遣使到施琅军中奉表纳降，呈交延平王金印和户口土地册籍。驻守上淡水的虎卫镇何义也向施琅投降。康熙帝接到奏报，召集百官商议，有大臣建议诛灭台湾郑氏九族，以报郑成功举兵抗清之仇。康熙帝严厉斥责道：“君子以德报怨，不可耿耿于怀于旧隙。台湾兵民同为炎黄子孙，理应共乐升平。”于是传旨施琅：“澎湖已克，台湾荡平似秋风之扫落叶。如能诚心归降，则既往不咎，可将前罪尽行赦免，仍加恩安插，务令所得。”7月19日，施琅派人到东宁出示军民髡发及各项投降清单。当一些部众劝施琅对郑部“急扑灭之，以雪前仇”时，他说：“吾此行上为国下归民耳，若其衔璧来归，当即赦之，毋苦我父老子弟幸矣！何私之为有？”八月十一日，施琅留水陆官兵3000名、大小战船30艘守澎湖，亲率舟师开往台湾。8月13 日，施琅率领舟师进入台湾，到达台湾鹿耳门港（今台南市西北），登陆台湾。刘国轩等带领文武官员军前迎接，各乡社百姓亦沿途“壶浆迎师”。十五日，举行受降仪式，郑克塽率领已经髡发的东宁王国文武百官投降。二十三日，施琅率吴英、刘国轩等巡视台湾南北两路。十一月二十二日，清军班师至澎湖。二十七日返抵厦门。
施琅攻取台湾之后，疏请朝廷礼待投降的郑氏幼主及其将帅。清·康熙二十二年（1683年）十月初六，施琅派船遣送郑克塽、冯锡范、刘国轩等并眷属由台湾至泉州，并把他们送往北京。康熙接受投降，优待郑氏，称：“尔等从前抗违之罪，全行赦免。仍从优叙录。”（《清圣祖实录》卷一百一十一）。郑克塽受封正黄旗汉军公，刘国轩授天津卫左都督总兵，台湾遂告统一。
台湾弃留之争
台湾刚统一的那年，即1683年年底，清廷特派大臣、侍郎苏拜赴福建，与总督、巡抚及施琅商讨对台湾的善后方略。会上竟有人认为对台湾留无益弃有害，有人干脆提出：“迁其人，弃其地”，“任夷人居之”。朝中也出现了关于台湾弃留问题的争论。内阁大学士李光地认为“应弃”，“空其地，任夷人居之而纳款通贡，即为贺(荷)兰所有亦听之。”(《榕村语录续集》卷十一)；廷议大多倾向“弃台”，认为：“得其地不足以耕，得其人不足以臣。”“孤悬海外，易薮贼，欲弃之”。甚至连康熙帝也一度错误地认为：“台湾仅弹丸之地，得之无所加，不得无所损。”(《清圣祖实录》卷一百十二)
对此，施琅坚决反对，力排众议力陈留台的重要性，坚持保有台湾。康熙二十二年（1683年）12月，施琅呈《恭陈台湾弃留疏》，说他“行年六十有余，衰老浮生”，他到过台湾，了解台湾的情况，现在讲台湾的弃、留问题，他“不敢不言”。给康熙皇帝剖析弃留利害得失。
施琅首先阐述台湾地位的重要性：“台湾地方，北连吴会，南接粤峤，延袤数千里，山川峻峭，港道纡回，乃江浙闽粤四省之左护，一日弃之，必不免为逃军流民土番等啸聚巢穴，或为荷兰人再据，此所谓藉寇兵而齐盗粮，沿海诸省难保安然无事，且澎湖乃不毛之地，不及台湾什一，若无台湾，澎湖亦不能守。加之寓兵于农，于治台必能有济。”明末，郑芝龙“将此地税与红毛（指荷兰殖民主义者）为互市之所。红毛遂联络土番，招纳内地人民，成一海外之国，渐作边患”。至郑成功时代，“纠集亡命，挟诱土番，荼毒海疆，窥伺南北，侵犯江浙”。他征讨台湾，亲历其地，台湾“野沃土膏，物产利博，耕桑并耦，鱼盐滋生，满山皆属茂树，遍处俱植修竹。硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮，以及一切日用之需，无所不有”，“舟帆四达，丝缕踵亚”，实在是“肥饶之区，险阻之域”。在施琅看来，台湾土地肥沃，物产丰富，风景优美，人烟稠密，真是一个宝岛。纳入清朝“版图”，管理好台湾，可资东南之保障，可“资皇上东南之保障，永绝边海之祸患”。施琅的家乡在沿海，他小时候就听说沿海父老兄弟遭受倭寇的糟蹋蹂躏，他也亲眼看到为了割断郑氏政权和沿海人民的联系，沿海人民饱受“迁界”之苦。台湾“地方既入版图，土番人民均属赤子。善后之计，尤宜周详”。怎么能够放弃呢？
施琅高瞻远瞩，尤其注意荷兰殖民主义者的动向。他告诫说，对台湾这个地方，外国侵略者无时不想吞食，指出：“此地原为红毛住所，无时不在涎贪，亦必乘隙以图。一为红毛所有，则彼性狡黠，所到之处，善能蛊惑人心。重以夹板船只，精壮坚大，从来乃海外所不敌。未有土地可以托足，尚无伎俩；若以此既得数千里之膏腴复付依泊，必合党伙窃窥边场，迫近门庭。此乃种祸后来，沿海诸省，断难晏然无虞。”台湾一旦再被外国侵略者所侵占，那时再来“勤师远征，两涉大洋，波涛不测，恐未易再建成效”。
据此，施琅得出结论，台湾“弃之必酿成大祸，留之必永固边圉”。他大声疾呼：台湾“断断乎其不可弃。”他以敏锐的战略眼光提出建议：“汰内地溢设之官兵，分防两处：台湾设总兵一、水师副将一、陆营参将二，兵八千，澎湖设水师副将一、兵二千。初无增兵添饷之费，已足固守……”施琅还绘制台湾地图上呈，供康熙决断。
在施琅等人的力争下，康熙权衡利害关系，最后赞同施琅的意见，决定留住台湾，说：“台湾弃取，所关甚大。弃而不守，尤为不可”（《康熙起居注》二十三年正月二十一日）。康熙二十三年（1684年)四月台湾第一次被纳入中国版图，设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，设官治理，与厦门合设道官1员，在台澎分别驻兵1万名戍守。
治台
施琅率师到台湾后，在《祭台湾山川后土文》中说：“（台湾）幅员既入舆图兮，版籍已登庙堂。”在《谕台湾安民生示》说：“念（台湾）土地既入版图，则人民旨属赤子，保抚绥，倍常加意。”同时，发布《严禁犒师示》等三个告示，严申纪律，严禁骚扰，严禁犒师，买卖公平，减租四成。
施琅的父亲和弟弟为郑成功所杀，其后，在郑经时代，他的家族又有70余人死于郑氏之后。但施琅不修旧怨，从未对郑成功的后代采用过任何的报复手段，不杀郑氏一人，郑氏人众俱得妥善安置。还在清军攻下澎湖时，其部下向他进言：“公与郑氏三世仇，今郑氏釜中鱼，笼中鸟也，何不急扑灭之以雪前冤？” 施琅曰：“吾此行上为国、下为民耳。若其衔璧来归，当即赦之，毋苦我父老子弟，幸矣！何私之有？”他还向郑氏手下的人保证：“断不报仇。当日杀吾父者已死，与他人不相干。不特台湾人不杀，即郑家肯降，吾主料不杀。今日之事，君事也，吾敢报私怨乎？”入台后，施琅果不食言，不仅不杀郑家一人，还于康熙二十二年（1683年）八月廿二亲自庙祭郑成功，“亲为文，祭成功，语简要，得大体，而微寓其不仇故主之意。”(《施襄壮受降辩》，见《靖海纪事》第17页) 情深意笃，言辞恳切，对郑氏父子开辟台湾的功绩作了高度的评价，表示自己率部克台是为国为民尽职，对成功毫无怨仇，充分表现了坦荡的胸怀，得到康熙好评。
通过这些措施，迅速地安定了人心，维护了社会秩序。康熙二十二年（1683年）十二月二十二日，施琅上《恭陈台湾之利害弃留疏》，提出治理台湾方案。
施琅一向关心沿海百姓的安宁，一开始就坚决反对“迁界”。他说：“自古帝王致汉，得一土则守一土，安可以既得之封疆而复割弃？”可惜，他的这一高见，一直到1683年他率兵统一台湾后再“请于朝”，沿海迁民才“悉复其业”。于是被弃的民田“渐次垦辟”，从福建到广东，沿海“禾麦”，“一望良畴”。民众无限感激，称：“台湾未平，此皆界外荒区。平后，而荒烟野草复为绿畦黄茂，圮墙垣复为华堂雕桷。微将军平海，吾等无以安全于永久也。”
身后
施琅从1662年上疏议请复台，至1683年统一台湾，20余年百折不挠，终酬夙愿，卒成大业。康熙把台湾的归附看成是施琅为清朝“扫数十年不庭之巨寇，扩数千里未辟之遐封。”施琅复台、郑氏“乞降，请命纳土归诚”的捷报抵京时，正值中秋佳节。康熙见玉宇银盘圆洁，华夏金瓯无缺，喜不自胜，即解所御龙袍驰赐，亲制褒章嘉许，封施琅为靖海侯，世袭罔替，令其永镇福建水师，“锁钥天南”。他在施琅封侯的“制诰”中，对施琅大加表彰，指出：“（台湾）自明朝以来，逋诛积寇，始克殄除。海外遐陬，历代未录疆索。自今初辟，悉入版图。此皆尔矢心报国，大展壮猷，筹划周详，布置允当，建兹伟伐，宜沛殊恩。”准许在澎湖大山屿妈宫城内及台南城内样仔林街建生祠，称为“施将军祠”，并赐以在台湾广大的勋业地称为“施侯租田园”、“施侯大租”的收纳统归清朝在台衙门代行，并保送至北京转交施琅世袭业主。台南县的将军乡即因施琅将军而得名。
在福建水师提督任上，施琅先后两次向康熙提出年老退休要求，康熙两次挽留。
施琅晚年致力于公益事业，于晋江、泉州、厦门等地修桥造路，兴办学校，兴建衙口施氏大宗祠和厦门水师提督府，扩建厦门城池，兴建厦门南普陀，修建厦门朝天宫。
康熙三十六年（1697年）农历三月二十一，施琅因病卒于厦门任上，葬在惠安黄塘虎窟口（1991年3月，施琅陵墓被列入省级重点文物保护单位）。康熙加赠太子少傅，谥襄壮，命官3次谕祭，并于泉州府学前建祠祀之。其时，“两岛八闽皆顷德”，纷纷为之树碑扬誉。十九都有“靖海侯”坊，阳义辅立康熙制诗句“上将能宣力，南纪尽风流”，同安等地立“绩光铜柱”、“泽普南天”、“勋高大树”、“泽沛甘棠”等碑坊，表彰施琅的丰功伟绩。他的后人把他戎马生涯中的奏折文章辑成《靖海纪事》一书传世。
《浔海施氏族谱》、《晋江县志》、《泉州府志》、《福建通志》、《清史稿》等均有施琅的记载。
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