平定云南的大将傅友德，父子同时绑赴刑场腰斩。平定广东的大将朱亮祖，父子同时惨死在钢鞭之下。大臣李仕鲁在金銮殿上辞职，朱元璋认为是看不起他这个皇帝，当即命武士将李仕鲁摔下殿堂，脑浆崩裂而死。在所有共患难的朋友中，只有三个人没有被扣上谋反的帽子，一是常遇春，一是徐达，一是汤和。常遇春运气最好，天下还没太平就早早地死掉。徐达的死和处决没啥分别，他患一种疽疮，最忌鹅肉。朱元璋偏偏送一碗鹅肉给他，并命送鹅肉的宦官在旁监视他吃掉，徐达一面吃一面流泪，当晚毒发身死。只有汤和一人寿终正寝，因为他看上去傻乎乎的，不具备承载野心的智商。在朱元璋统治时期，朝中人人自危，每时每刻都担心飞来横祸，官员们每天早上入朝，即跟妻子诀别，到晚上平安归来，合家才有笑容。
李善长是朱元璋的第二大谋臣和功臣，和朱元璋是儿女亲家。但朱元璋对他仍不放心，必欲去之而后快。恰好其弟李存义和胡惟庸联姻，朱元璋便借此大做文章，指使坐罪胡惟庸案的丁斌（李善长的私亲）告发李存义曾串通胡惟庸谋反。狱吏对李存义父子施以重刑，二人熬刑不过，只好按狱吏的主意（实则是朱元璋的主意）“承认”是奉了李善长的指使。那时一班朝臣，希承意旨，联章交劾善长，统说是大逆应诛，一桩“谋反案”就此制造出来。此时朱元璋还要故作姿态，说李善长是大功臣，应法外施恩。偏偏太史又奏言星变，只说此次占星，应在大臣身上，须加罚殛，于是太祖遂下了严旨，赐善长自尽。此时李善长已七十七岁，所有家属七十余人，尽行处斩。只有一子李琪，曾尚临安公主，得蒙免死，流徙江浦。外如吉安侯陆仲亨、延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、江南侯陆聚、宜春侯黄彬、豫章侯胡美即胡定瑞、荥阳侯郑遇春等，一并押赴刑场处斩。
关于朱元璋疯狂屠杀功臣元勋的心理动因，后世历史学家有不同的解释，最有代表性的解释是，朱元璋看到皇太子懦弱，担心他死后强臣压主，所以事先消除隐患。这种解释有一则宫廷秩闻可为佐证：有一天皇太子劝说父亲不要杀人太多，朱元璋把一根长满了刺的棍子丢在地上，命皇太子用手拾起来。皇太子一把抓住刺棍，结果给扎破了手掌并连声呼痛。朱元璋说：我事先为你拔除棍上的毒刺，你难道不明白我的苦心吗！就算上面的解释是真实的，也说明被杀的功臣全蒙受不白之冤，“谋反”根本是莫须有的罪名，而在屠杀功臣的同时也助长了司法制度的黑暗。
皇太子懦弱而皇太孙年幼也许是原因之一，但恐怕不是主要的原因。之所以如此，主要是朱元璋的自卑心理在作祟。朱元璋出生于一个极度贫苦的家庭，父母双双死于瘟疫，很小就成了孤儿。他放过牛，当过干粗活的小和尚，天下大乱时又被迫落草为寇，在底层社会受尽欺凌。因为出身过于卑贱的缘故，朱元璋对上流社会既羡慕又仇恨，既想拼命挤进去又恨不得把上层人士踩在脚下报复蹂躏。他没有机会接受系统的教育，缺少做人的崇高理想和高贵情操，因此不可能把苦难身世演变为改造社会普济天下苍生的动力，相反因为自己没有学问，便对有学问有才能的人嫉妒得发狂。像胡惟庸、李善长、刘基等人，都是运筹帷幄、决胜千里的智囊策士，朱元璋的江山是他们三人智慧的结晶。在本质上，自卑感过重的领袖跟有才干的部属不能并存，因此他们三人在朱元璋的力量不够强大时还可被委以重任，一旦朱元璋意识到自己没有他们也有足够的安全保障时，他们的生命也就完结了。宋濂也是出身贫寒，身世和朱元璋相近，按理会同病相怜，但宋濂太有学问，朱元璋最终还是容忍不了。
如果仅仅是出身低贱和没有文化，朱元璋大可不必有如此浓厚的自卑心理。出身高贵的人也有曾经贫寒的历史，靠自己的努力取得的成就比从祖先那里继承来的果实更能得到社会的认同; 人的才能是多方面的，没有文化的人不见得就没有能力;中国历代的开国皇帝除了李世民出身高贵且受过良好的教育外，其余的不是市井流氓就是草莽英雄，文盲绝不是个别现象。刘邦和朱元璋的身世大同小异，可刘邦没有那么浓烈的自卑心理，对出身和文化比他高的人兼容并蓄，依其才能和特长分别委以重任。刘邦的智囊张良、陈平、萧何和胡惟庸、李善长、刘基是同一类型的人物，但命运有天壤之别;前者一直得到刘邦的礼敬并寿终正寝，后者则被朱元璋处以极刑且屠灭三族。朱元璋屠杀功臣，不仅对当世的社会和国家造成了极为恶劣的影响，而且把人们的历史观导入了一个非常危险的误区：即皇帝屠杀功臣是逼不得已的，是为了国家的千秋大计和王朝的长治久安，不杀掉那些打天下的患难兄弟，他们就会造反作乱。
朱元璋对功臣实行灭种式的屠杀后，以为自此国泰民安，没想到他刚刚进入坟墓，他的第四个儿子，分封在北平的燕王朱棣便举兵反叛，开始了宗族血亲间复仇式的自相残杀。因为功臣被屠杀罄尽，中央军没有杰出的统帅，叛军轻而易举地取得了胜利，皇帝朱允炆在首都陷落之时永远失踪了，野史传说他远逃海外做了和尚。
