日报冲绳时报于九月二十四日刊载了对李登辉的专访报导。该报为了“亚洲的观点”企划案，于十六日专访了李登辉，访问中谈及有关冲绳及钓鱼台列屿（日本称为尖阁群岛）的归属问题。
李登辉对日本媒体表示，冲绳有其复杂的历史，也多少受到中国文化的影响，但是至今仍然留有其独特的地方色彩。因为日本是个民主国家，所以冲绳归属日本还是好的。
东森新闻报导，针对李登辉言论，台湾外交部发言人张小月25日表示，外交部一向主张钓鱼台属于中华民国，而捍卫主权是外交部既定立场，从国际法的角度来看，钓鱼台一向是中华民国的主权所管辖的地区，这是无可妥协的。
有关钓鱼台的归属问题，李登辉则对冲绳时报表示，钓鱼台是属于冲绳的，所以也是日本的领土。中国大陆再怎么主张其领土权仍是没有凭据的，从国际法来看，并没有任何明确的依据。在国际法上既没有“中国领土权”的根据，又没有“曾驻兵的事实”，所以中国大陆根本没有资格争取钓鱼台领土权。
李登辉这样的说法立刻引起各方激烈对立，台联立委廖本烟高分贝附和李登辉。国民党团书记长李全教则挺身捍卫中华民国对钓鱼台主权，不过，曾是保钓运动健将的台北市长马英九却不愿多表示意见。
李全教表示，他不清楚李登辉的讲法不予置评，但政府应该坚持钓鱼台主权，无庸置疑，他强调，历史就是历史，不容抹杀，过去很多前辈，包括海外留学生都曾发动大规模抗议活动，包括台北市长马英九当留学生时都参加了抗议活动，身为台湾人，应该坚持钓鱼台主权，不应轻率放弃。
新党主席郁慕明则谴责李登辉卖国。他说，钓鱼台属中国的领土，新党支持者将会对李登辉言论展开反制动作。郁慕明表示，过去为了争取钓鱼台岛的主权，多少大学生及民众走上街头，在国内外热烈展开“保钓运动”，当时不表态的中国大陆就遭到不少的谴责，如今，李登辉公然说出钓鱼台是日本领土的说法，新党不仅反对此一言论，更谴责李登辉此举是“卖国”。
他说，钓鱼台是中国领土，而所谓“中国”则是“历史中国”而非“政治中国”，何况，李登辉任内还一度考虑把钓鱼台划入宜兰县管辖，如今卸任后就态度丕变，令人无法接受。
郁慕明强调，不论钓鱼台未来是中华民国或中华人民共和国领土，但最后绝不会是日本的领土，新党支持者将会对李登辉的言论展开反制动作。
针对李登辉指钓鱼台是日本领土的说法，台湾团结联盟立法院党团副总召集人廖本烟表示，这是依国际事实的认定“务实的说法”。
廖本烟说，钓鱼台列屿主权问题与台澎金马的问题是一样的，都应从第二次世界大战日本战败所签订的国际公约来看，日本在“旧金山公约”中声明放弃韩国、琉球及台澎主权时，并未指明主权归还问题。
他强调，“钓鱼台”战后经美国托管后交给日本，这是依国际事实的认定，相对的，也说明台湾是主权独立国家，因此，李登辉的意见是务实的说法。
李登辉在受访时还说，对于台湾的渔民来讲，重要的是渔权问题。战前日本的国会将钓鱼台、与那国岛、基隆的渔权让给了台湾，但是战后日本政府却没有任何表示，希望日本政府能认真考虑。
李登辉认为，台湾渔民之所以会介入钓鱼台纷争，是“受香港人煽动”，对于李登辉的说法，台湾学者认为，李登辉任内施行的“中华民国领海及邻接区法”里面就已明确记载中国领土含钓鱼台列屿在内。
学者指出，李登辉任内，1998年1月施行的“中华民国领海及邻接区法”，中华民国领土明确包含钓鱼台在内，行政院在1998年12月31日公布的第一批领海基线、基点的范围，主要内容包括：一、台湾本岛及其附属岛屿，含钓鱼台列屿；二、东沙群岛；三、中沙群岛的黄岩岛；四、南沙群岛。
而正在台北访问的日本众议员、前日本外务省大臣水野贤一则表示，对于冲绳时报所公布的信息，他没有看到，因此不能做评论，但是在推动台湾与日本之间的关系上其实有很多事情需要双方共同努力，钓鱼台事件只是台湾与日本关系之间的一个小事件而已，他认为两国应该朝其他方向一起来努力，不必局限于钓鱼台的问题上面。
