《山海經》最重要的價值也許在於它保存了大量神話傳說,這些神話傳說除了我們大家都很熟悉的如誇父逐日、精衛填海、羿射九日、鯀禹治水等之外,還有許多是人們不大熟悉的。如《海外北經》中載:「共工之臣曰相柳氏,九首,以食於九山。相柳之所抵,厥為澤溪。禹殺相柳,其血腥,不可以樹五穀種。禹厥之,三仞三沮,乃以為眾帝之臺。在崑崙之北,柔利之東。相柳者,九首人面,蛇身而青。不敢北射,畏共工之臺。臺在其東。臺四方,隅有一蛇,虎色,首沖南方。」這個禹殺相柳的傳說充滿了神奇色彩,既可從文學或神話學的角度來研究,也可以從中看出共工、相柳、禹三人之間的關係,由此可見古代民族部落之間的鬥爭。《山海經》中大量存在的這些神話傳說,是今天我們研究原始宗教的難得材料。例如:巫咸國在女醜北,右手操青蛇,左手操赤蛇。在登葆山,群巫所從上下也。(《海外西經》)有靈山,巫咸、巫即、巫盼、巫彭、巫姑、巫真、巫禮、巫抵、巫謝、巫羅十巫從此升降,百藥爰在。(《大荒西經》)
在《山海經》的神話中,不僅可以看到巫師的活動,也可以看到古代民族的信仰、崇拜等。在《山海經》中,存在著大量的神奇動物的記載,這些動物主要是鳥、獸、龍、蛇之類,它們往往具有神奇的力量。這些動物很可能就是古人的圖騰崇拜。如上文所引的《海外西經》中的文字。「巫咸國在女醜北,右手操青蛇,左手操赤蛇。」蛇可能就是巫咸國的圖騰。研究中國古代的宗教信仰,《山海經》是必不可少的參考資料。
《山海經》中的神話傳說不僅僅是神話傳說,同時,在一定程度上它又是歷史。雖然由於濃厚的神話色彩,其真實性要大打折扣,但是,它們畢竟留下了歷史的影子。把幾條類似的材料加以比較,有時還是可以看到歷史的真實面貌的。例如上文所引《大荒北經》中黃帝戰蚩尤的記載,剔除其神話色彩,我們可以從中看到一場古代部落之間的殘酷戰爭。又如《大荒西經》、《海內經》中記載了一個黃帝的譜系:黃帝妻雷祖,生昌意。昌意降處若水,生韓流。韓流擢首、謹耳、人面、豕喙、麟身、渠股、豚止,取淖子曰阿女,生帝顓頊。(《海內經》)顓頊生老童,老童生重乃黎。帝令重獻上天,令黎邛(印)下地。下地是生噎,處於西極,以行日月星辰之行次。(《大荒西經》)這個譜系具有傳奇色彩,具有神譜的性質,但是,它與《大戴禮記·帝系篇》、《史記·五帝本紀》、皇甫謐《帝王世紀》基本相同。
同時,《山海經》又是一部科技史,它既記載了古代科學家們的創造發明,也有他們的科學實踐活動,還反映了當時的科學思想以及已經達到的科學技術水平。例如,關於農業生產,《大荒海內經》載:「後稷是始播百谷」,「叔均是始作牛耕」。《大荒北經》載:「叔均乃為田祖。」關於手工業,《大荒海內經》載:「義均是始為巧倕,是始作下民百巧。」關於天文、曆法,《大荒海內經》載:「噎鳴生歲有十二。」《大荒西經》載:「帝令重獻上天,令黎邛下地。下地是生噎處於西極,以行日月星辰之次。」諸如此類的記載不勝枚舉。有一些自然現象的記載尤其珍貴,這在其他書中是看不到的,如《海外北經》載:「鐘山之神,名曰燭陰。視為晝,暝為夜;吹為冬,呼為夏;不飲、不食、不息、息為風。身長千里。在無{上啟下月}之東。其為物,人面,蛇身,赤色,居鐘山下。」
現在,許多學者均認為,《山海經》在這裡記載的是北極地帶半年為晝,半年為夜的極地現象,只不過是古人無法解釋這種現象,於是就用神話來解釋。這種記載無疑是寶貴的科學資料。類似的例子還有不少。
例如《大荒東經》載:「湯谷上有扶木,一日方至,一日方出,皆載於烏。」又如《海外東經》載:「湯谷上有扶桑,十日所浴,在黑齒北,居水中。有大木,九日居下枝,一日居上枝。」這兩條記載,有人認為前者記載的是太陽黑子活動和北極的極地現象,後者記載的是極地附近的假日現象。此外,從《山海經》中,我們也可以看到古人對大地的探測活動。《海外東經》載:「帝命豎亥步自東極至於西極,五億十選(萬)九千八百步。豎亥右手把算,左手指青丘北。」《中山經》說:「天地之東西二萬八千里。南北二萬六千里。」這些記載,數字未必確實,但已反映出中國古人的探測活動。總而言之,《山海經》是一部充滿著神奇色彩的著作,內容無奇不有,無所不包,蘊藏著豐富的地理學、神話學、民俗學、科學史、醫學等學科的寶貴資料,細心鑽研,深入探討,就不愁沒有新發現。