隨著全國各地、各部門奪權鬥爭的展開，對高級領導幹部的迫害也達到了空前的程度，從一般的批鬥，發展到了搞人格污辱，變相體罰，諸如剃"陰陽頭"，戴鐵帽，畫鬼臉，遊街等，甚至私設公堂，關押拷打，嚴刑逼供。一月底二月初，就在周恩來的眼皮子底下，連續發生了煤炭工業部部長張霖之和國防科委副主任趙爾陸被造反派揪鬥逼供致死的事件，特別是張死得不明不白，屍體上還留著纍纍鞭痕，卻被安上"自殺"的罪名。
這兩件事給周恩來的震動很大，悲憤之情溢於言表。應該說，這並非是在逢場作戲，而是確實感到自己的失職。作為國務院總理，沒有盡到保護好部屬的責任，無法向中央交待。對張霖之之死，周雖然明知其中大有問題，但卻無法認真追究，甚至連向死者致哀都做不到。因為張背著"自殺叛黨"的罪名，而且又是被毛澤東點過名的人，所以連追悼會也無法舉行。他當時所能做的，只是讓公安部報告張的屍體解剖結果，查明死因。
但是，在當時混亂的局勢下很難查清，加之中央文革小組從中作梗，袒護造反派，使得調查最後不了了之。不過，周恩來，一直記著這件事情，等到大亂過後，他親自為國務院起草了《關於張霖之同志死亡處理意見》，決定將張按人民內部矛盾處理，其子女按革命幹部家屬看待。這已經是後話了。
有鑒於此，周恩來隨後和李富春、陳毅、李先念、譚震林等幾位副總理共同研究後，決定把國務院各部部長輪流接到中南海裡小住，派專人進行照顧，使他們能夠在外面頻繁的批鬥中可以稍稍喘口氣，躲避一下。像余秋里、王震、谷牧、廖承志，姚依林等三四十人都曾到中南海裡住過。與此同時，周又與上述幾位副總理商量後提出名單，以"養病"的名義，把李井泉，宋任窮、葉飛、江華等二三十位大區書記和省委書記接到北京加以保護，安排在京西賓館等地，指定專人負責他們的安全和生活。這些人經過文革劫後餘生，對周恩來心存感激，寫了很多緬懷文章，稱他為"大樹參天護英華"。曾經被保護過的一機部部長段君毅說過這樣一句代表了這批老幹部心情的話：上帝保佑，總理可別倒，總理倒了，我們這些人就成了沒娘的孩子了。
不過，周恩來在保護幹部的問題上做得非常小心謹慎，更多的時候是看毛澤東的臉色行事。平心而論，他並下想通過文革運動整什麼人，但也絕下會出來對什麼人都保。在保什麼人的問題上，周煞費苦心，權衡掂量政治上的各種利害關係，除了要力爭毛的支持外，還必須同時兼顧林彪和江青兩方面的態度，儘可能地在毛、林、江三者往往各不相同的態度中，找出一個不得罪任何一方的立腳點來做這件事。像前述保護黨內高級幹部的兩份名單中，周恩來為了爭取毛澤東的首肯，就很少包括黨內屬於劉少奇、彭真，薄一波北方局系統的人，當然也不是絕對沒有，像姚依林就是北方局的人。因此，這批人在後來東山再起後，對周的怨氣很大，始終不能給予原諒，也是事出有因的。
這裡還必須指出的是，周恩來在文革中利用手中擁有的職權，有選擇地保護了一批黨內老幹部，民主黨派和社會知名人士的同時，也簽字批准抓了不少人，在所謂"大樹參天護英華"的背後，也幹了不光彩的事情。對此，大陸官方一直諱莫如深，極力封殺，唯恐捅出來有損周氏的形象。然而，歷史的真相是掩蓋不了的，總是要大白於天下的。周恩來當時作為中央專案審查委員會主任，同時又是中央文革碰頭會的牽頭人，而且作為中共最資深的領導人之一，熟知黨內各方的歷史情況，因此對文革中搞的不少大的冤假錯案都逃脫不了干係，有的更負有重大責任。舉其犖犖大者，像彭德懷、劉少奇、賀龍、彭真等人的專案，他都直接或間接地分管過，指導專案的審查，羅織罪名，擬定結論，對當事人的含冤而死實乃難辭其咎。
順便說一下，文革期間，凡是逮捕人，都需要經過中央文革碰頭會批准，大人物和北京的由碰頭會直接管，各省市的也須上報備案。這些全都經過周恩來的手。在專案審查的問題上，周除了抓總以外，還掛名分管了其中的一些專案，如彭德懷專案、賀龍專案等。作者曾接觸過其中的一部分專案審查材料，上面都有周的簽名或批示，有的還作過多次批示。寫了大段的批語，口氣是很嚴厲的，筆下頗有紹興師爺的遺風。
毫無疑問，這些東西都是站不住腳的，是周恩來本人歷史上的污點，白紙黑字，是抹不掉的。因為其中的情況比較複雜，涉及到眾多的人和事，不是三言兩語就能說清楚的，這裡就不專門展開敘述了，而是從中選擇幾個有代表性的案子放到本書的有關章節中去敘述。
至於被毛澤東，林彪、江青欽點而落難的，像劉少奇，彭德懷和賀龍等人，周恩來雖然內心不無同情，想做點好事，卻十分注意把握政治上的分寸，絕不越雷池一步，最多隻是在枝節上做點文章，或者始保終棄。前者如劉，彭，後者如賀龍。即便如此，也可以從中看出周非常會做人，手腕圓通，善於左右逢源。他為了自保，不會挺身而出為他們仗義執言，卻會在職權範圍內做出某種有人情味的表示和舉動，讓革難者感激下已。
比如，清華大學造反派在中央文革的挑唆下，為了揪鬥劉少奇的妻子王光美，設下圈套，謊稱劉的女兒在車禍中軋斷了腿，將王騙到醫院，當場扣押，演了一出" 智擒王光美"的鬧劇，周恩來聞訊後連夜派秘書前去交涉，把王要了回來。在隨後一個夜深人靜的時候，他又親自給王打電話，說："光美呀，要經得起考驗。"十四年後，當劉少奇的冤案卒反昭雪後，他的兒女們撰文回顧這一往事時寫道："這在當時是多麼大的信任和同情呀！一句話激起媽媽心中的千言萬語，然而，幾句言語又如何能表達呢?媽媽只說了一句：'總理，你真好。'"
一九六六年十二月下旬，北京地質學院和航空學院的造反派學生奉中央文革之命把彭德懷從四川成都劫往北京批鬥。周恩來獲知後，下達了三條電話指示：一、由成都軍區派部隊與紅衛兵一道護送彭德懷同志到北京，沿途不許任何人截留，不得對他有任何污辱性的言行，絕對保證他的安全。二、不坐飛機，由成都軍區聯繫火車來京。三、由北京衛戍區派部隊在北京站等候，並負責安排彭德懷同志的住宿和學習。
彭德懷的警衛員後來在《在彭總身邊》一書中回憶了當時的情景時，這樣寫道："趁沒人的時候，我向彭總傳達了周總理的三條指示。彭總沉思了一會兒，問：' 真的?'我說：'真的?'他又問：'還稱我同志?'我說：'對!對!兩次，清清楚楚。'彭總抱著頭，轉向牆壁。我看到他雙肩在激動地抽搐。好一陣，他才轉過身來......"
在賀龍的問題上，周恩來和毛澤東一樣，一開始是採取保的態度。應該說，毛、周兩人對賀龍是很瞭解的，特別是周與賀龍的交往更是長達四十年，是對賀龍投身革命乃王整個人生產牛過重大影響的人物。儘管賀龍並不在毛髮動文革的打倒之列，卻是林彪必欲剪除的對象。
林彪之所以視賀龍為眼中釘，有著歷史和現實兩方面的原因。賀龍的戰功雖然遠比不上林彪，但軍中資歷卻比林彪老得多。當年南昌暴動時，賀龍是起義軍的總指揮，而林彪才只是一個連長。加之賀龍為人豪爽，重義氣，關心部下，在軍隊中享有很高的威望，而且還有他自己二方面軍的山頭，是軍中唯一有實力和林彪抗衡的人物，被老帥們稱為"龍頭大哥"。就連毛澤東也不得不承認這一點，稱賀龍是"二方面軍的一面旗子"。更讓林彪窩了一肚子火的是，文革前，賀龍在代他主持軍委日常工作期間，與羅瑞卿打得火熱，一唱一和，在全隊中搞大比武，獲得了毛澤東以及中央一線領導人的好評，大出風頭，而把他這個軍委第一副主席拋在一旁。
文革一開始，林彪在扳倒羅瑞卿之後，為了讓自己手下的人馬在軍中形成一統天下的局面，很快便開始對賀龍下手，指使他的親信紛紛向毛澤東寫告狀信，指賀龍插手軍委總部和各軍、兵稀的運動，企圖篡軍奪權。並且通過康生散佈賀龍私自調動軍隊，搞"二月兵變"的謠言，弄得滿城風雨。稍後，林彪親自出馬，以接班人的身份，在軍委常委擴大會上向各方打招呼說：賀龍的問題很嚴重，擔心主席百年之後，賀龍會鬧事。在倒賀的問題上，林彪和江青兩人聯手，不斷掀風鼓浪，社會上打倒賀龍"之風愈演愈烈。
毛澤東本來對賀龍一直懷有好感。雖說在打下紅色江山的過程中，賀龍並沒有立下多少戰功，但毛對他的評價卻很高，稱讚他對黨忠誠，團結同志，在軍隊中有威信。原因在於行伍出身的賀龍曾在歷史上幫過毛的大忙，一件事是當毛執意要和江青結婚而遭到黨內眾人反對時，時任陝甘寧晉綏聯防軍司令的賀龍力排眾議，乃至耍起粗來，說："堂堂一個大主席，討個女人有什麼了不起，誰再議論我槍斃了他。"另一件是毛澤東在與王明爭奪黨內領導權的鬥爭中，賀龍雖只是一介武夫，卻堅決站在毛這一邊，說：毛主席的方向就是我們黨的方向，王明懂什麼?他要騎在主席頭上，我就一槍撂倒他。賀龍的這番話當時轟動了整個延安。文革中，毛澤東一開始的態度是保賀龍的，試圖調解林彪與賀龍之間的矛盾，撮合兩人在一起談談，但沒有成功，不得已退而考慮在林、賀二人之間的取捨。這裡有一個插曲，可以說明毛在這個問題上的躊躇心態。在一次毛主持召開的中央碰頭會上，在倒賀的問題上，與林彪聯手的江青突然出來將毛的軍，離開會議原定的議題，提出"為什麼下把賀龍揪出來?"毛沉吟了一下，表示："此事現在不議，"誰知江青不依不饒，說："主席，不讓群眾起來，我要造你的反!"弄得毛當眾出醜，尷尬已極，只得宣布散會，匆匆離去。
周恩來本來也是力主保賀龍的，而且可以說是文革初期在幾位副總理和老帥中花精力最多的一個，曾多次出面為賀龍講話，化解社會上的倒賀風波，鮮為人知的是，為了表明賀龍是"毛主席司令部的人"，給處境困難的賀龍一點支持，周還利用毛澤東第二次檢閱紅衛兵的機會，有意把賀龍安排在毛所乘坐的第一輛檢閱車上，而把林彪放在第二輛車上。為此，周恩來遭到了中央文革的圍攻，說這張新聞照片不能發，因為不能反映林彪的接班人地位。雙方鬥了一個晚上，最後還是周本人想出來個補救的辦法，提出在林彪的那張新聞照片中，另外加上"毛主席的親密戰友"的文字說明。這樣，林彪在政治上的份量超過了賀龍，這場風波才算過去。這也是林彪在文革中被稱為毛的"親密戰友"的由來。
但是，後來"打倒賀龍"的勢頭越來越猛。周恩來看出來者不善，背後是林彪在指使時，態度開始有了變化，對保賀龍的顧慮日深--他不願意為此而得罪身為副統帥的林彪。不過，好在毛澤東的態度還沒有大變，因此還可以利用毛作為擋箭牌，來抵擋來自林彪、江青兩方面的壓力。一九六六年底，隨著整個形勢的惡化，賀龍的處境也愈加困難，在北京東交民巷的家數次被抄。國家體委的造反派日夜糾纏，逼得賀龍東躲西藏，無處安身。在這種情況下，周代表組織出面建議賀龍暫停工作，搬到西郊新六所去休息，表示"家中的事情由我來管"。關於周恩來把賀龍接到自己家中加以保護一事，早已成為表現他在文革動亂中"大樹參天護英華"的一段廣為流傳的佳話。其實，真實情況並不完全如此，應該說，並不是周主動去"接"的，而是賀龍"諫宮"的結果。根據大陸官方出版的《賀龍傳》說，賀龍搬至新六所後，造反派立即追蹤而來，揚言要結隊前來揪鬥賀龍。為此，賀龍的妻子薛明曾三次向周告急，但都沒有得到答覆。在下得已之下，賀龍決心返回東交民巷的家中，坐等被揪。在路過中南海時，賀龍覺得應該向週報告一下，就臨時決定去了西花廳。當時周不在家，他的秘書經請示後，賀龍夫婦便留在西花廳暫時住了下來。
賀龍夫婦的不請自來，對周恩來來說不啻是一個"燙土豆"。但在當時情況下，無論於公於私都不能把落難的賀龍推出門外。據知情者說，賀龍與周見面後的第一句話就是：總理，賀龍今日有難，我這次是來求你來了!在賀龍看來，四十年前，大革命失敗後，正是中共最困難的時候，周代表黨組織請求他率部參加南昌起義，如今自己有難，周理應搭救。周本人當然也不會忘記這一點，而且眼下賀龍確實無處可去，在這種情況下，周只好硬著頭皮，頂住外界的壓力，把賀龍暫時收留在自己的家中。
在此期問，周恩來大婦對賀龍大婦在生活上關懷備至，噓寒問暖，不過卻敬而遠之，竭力避免談論賀龍本人的問題。因為向深知這件事在政治上的利害，知道賀龍有一肚子的委屈，急於找他傾吐，而他卻不願為此得罪林彪。周的這種迴避態度，讓賀龍感到相當失望和傷心。當時他每大站在窗前，盼著周恩來回來，渴望能夠有一個機會向瞭解自己的老領導說說心裏話，申辯一下林彪橫加在自己頭上種種罪名，希望為他說句公道話，而周卻始終沒有給他這樣一個機會。
後來真正導致賀龍大難臨頭的，是毛澤東的態度有了變化。毛出於發動"全面奪權"的考慮，在政治上需要林彪的支持，因而在賀龍的問題上開始改變態度，聽任林彪搞下去，就像一年前對待羅瑞卿那樣。有了毛的默認，林彪立即升高了批賀的調子。一九六七年一月九日，他在軍委碰頭會上說：賀龍是個土匪，幾十年來靈魂深處是個大野心家，經常請客吃飯，拉攏幹部，在各軍區、各兵種都有他的人，是反毛主席的。他到處奪權，是個"刀客"。在這種情況下，周恩來就非常為難了。既然毛澤東改變了態度，他也就失去了保護賀龍的擋箭牌，本來，他還想再拖一下，但林彪追得很緊，親自出面找他談話，向他攤牌。在這種情況下，周權衡政治上的利害關係，即使此時對貿龍心存同情，也只好對不起他了，屈從林彪的壓力，把賀龍從家中交出來。不僅如此，周本人還奉命扮演了一個十分尷尬的角色，代表中央找賀龍正式談話，實際上是宣布在組織上對賀龍採取隔離措施。
關於這一幕，大陸官方的《賀龍傳》這樣寫道：
一九六七年一月十九日下午四時，周恩來與李富春一起來找賀龍正式談話，周恩來說： "本來這次談話還有江青同志，但她臨時說有事不來了。"周恩來告訴賀龍：林彪說你在背後散佈他歷史上有問題，說你在總參、海軍、空軍、裝甲兵、通信兵到處插手，不宣傳毛澤東思想，毛主席百年之後他不放心，遺育，關於洪湖肅反擴大化問題，你、夏曦、關向應都有責任。你要好好想一想。賀龍幾次按捺不住，站起來想說話，但沒有等他說話，周恩來緊接著說："你不要再說了。毛主席不是保你嘛。我也是保你的。給你找個地方，先去休息一下，等秋天我去接你回來。"周恩來還勉勵賀龍說： "要活到老，學到老，改造到老。"賀龍聽了周恩來的話，傷心地說："我沒有想到把我看成這樣的人。"
賀龍的厄運並沒有到此結束。在他被周恩來送到西[U像鼻子溝軍委前指所在地，名為"保護"實則失去人身自由以後，當年派遣熊貢卿充當說客前往對賀龍進行勸降的國民黨南昌行營第二廳廳長晏勛甫之子晏章炎寫信給中央文革，把這件事翻騰出來，誣指賀龍向蔣介石"乞降"，企圖"叛變投敵"。這正蕾好給了林彪人做文章的由頭，立即批轉周、江等人，並指派空軍組織人"調查"。
本來弄清這件事情並不難，賀龍當即處決了熊貢卿一事，領導層中很多人都知道，而且當年湘鄂西中央局為此事寫給中央的報告就存放在中央檔案館裡。可以說，身為中共資深領導人的周恩來對這件事的來龍去脈很清楚，不過當調查組按照林彪的旨意給賀龍加上"叛變投敵未遂"的罪名上報以後，他卻沒有出面為賀龍辯誣，相反還在中央文革碰頭會上附和了葉群的提議，正式決定對賀龍立案審查。
就在這一年的秋天，正當賀龍在囚禁之地天天望著通向山下的小路，眼巴巴地盼著周恩來兌現許願而接他出去的時候，中央在九月十三日正式批准了對賀龍立案審查。而向中央報送的審查報告正是經過周本人的手。他在上面親自動手作了修改，寫下了大段的批誥，無論人們可以找出多少理由來為周恩來辯護開脫，諸則賀龍平日重用的某人向中央寫信揭發賀龍的"歷史問題"，從背後捅了一刀，讓中央一時真假難辨，但周在賀龍後來被迫書致死的問題上，是無論如何也難辭其咎的。"
事實上，周恩來本人心裏是非常清楚自己是欠了賀龍的賬的，為此一直受到良心的譴責，後來在他病重的時候，強撐著一定要去參加賀龍的骨灰安放儀式。當人們再三勸阻時，周表示：我已經對不起賀老總了，我不能不來啊!並在賀龍的遺像前先後連連鞠了七個躬，以多少減輕一下他內心的負疚。這已經是後話了。
