中共黨內正式開始肅清"AB團"發生於1930年5月，當時先由贛西南特委領導，隨之由白區而蘇區、由黨外而黨內、由地方而軍隊迅速展開，到6月下旬，在中央蘇區已相當普遍， 9月進入高潮。此事件曾造成江西紅色根據地的嚴重危機和中共力量的整體削弱。據現有的歷史資料和當事人的回憶資料記載，毛澤東當時是總前委領導，始終處於這場運動的組織者地位。毛認為贛西南蘇維埃政府與地方軍隊中有大批AB團分子，甚至超過1/4，肅反運動有必要進一步加強。因此可以說，毛澤東專斷、殘酷、排斥異己的最早佐證，就是由他親自領導"肅 AB團"大鎮壓。
事發的起因是毛澤東反對李立三中央進攻武漢、長沙、吉安等大中城市的戰略方針。這在中共紅一方面軍內部有不少爭議，出現"罵前委反抗中央命令"的言論與不滿前委領導的情緒，毛澤東與總前委認為這就是"AB團"的進攻。根據有關的黨史資料顯示，打AB團的直接原因是，毛在江西蘇區的權威剛剛建立，卻遭到敢於直批毛澤東的李文林為首贛西南地方紅軍和黨組織對其權威的挑戰。僅僅在一年以前的1929年，紅四軍曾一度將毛驅出紅軍的領導崗位，雖然後來又請了回來，但展示出反對毛的勢力是非常廣泛的。毛不能容忍任何挑戰自己權威與意志的有組織反對力量膨脹，而不管這種反對力量是來自紅軍內部或是地方黨組織。為了維護自己在根據地的權威，毛不惜採用極端手段鎮壓被他懷疑為異己力量的黨內同志。因此，中共內部打 AB團，實質上就是毛的殘酷肅清異己運動。
這場打AB團肅反運動，在不到一個月時間內，僅在特區蘇維埃政府機關就槍殺、逮捕了部長6人，嫌疑犯六七人和25%的工作人員。與此同時，肅反的勢頭又指向主力紅軍。在不到30天內，紅一方面軍有幾十個團長被殺，4000餘名指戰員被抓。有的中共老人回憶說，在當時政治保衛局所在地附近河灘上，屍橫遍地，河上腥紅。老紅軍蕭克則回憶道："軍政治部告訴我們，你們那裡有AB團，並具體指出幾個人......就憑這一句話，根本沒有別的材料，就把他們抓起來了。提審他們時都不承認，一打，一審，就承認了，還供出十幾個人的名字，又把那十幾個人抓起，再打，再審，又供出幾十個"。
當時，最先被逮捕的除了江西行委書記的李文林、二十軍政治部主任謝漢昌等120餘人，以後逐漸株連被捕者達到 4400到5200人之間，被捕的人被"雙手吊起來用牛尾竹竿子毒打"，或者"用香火或洋油燒身"，"一批批一批批綁出去殺了"，就像山匪一樣殘酷。面對如此殘酷的鎮壓 ，毛澤東卻毫不心軟，更不反省，他在當年給上海黨中央的信中說，一個月的工夫，在他的管轄下，整個"紅軍中破獲AB團四千四百以上"。這些人中大多數被殺，所有的人都受到嚴刑拷打。毛對此反說，刑訊是天經地義的，受刑不過亂供本身就有罪："是忠實的革命同志，縱令其一時受屈，總有洗冤的一天，為什麼要亂供，陷害其他的同志呢？"
當紅軍中曾經反對毛的人肅清得差不多了，他便又著手對付江西共產黨人。毛澤東打 AB團，主要用的人叫李韶九。此人是毛的親信，唯毛命是崇，受毛重用，因此爬到一方面軍總行動委員會政治部主任兼肅反委員會主任的高職位上。在不少中共老紅軍回憶錄中，都認為李韶久這個人"素來卑鄙齷齪"，一位中共高官巡視員寫道："李在一縱大部分人不滿意他，因李只於未出發前的訓話非常的勇敢，作戰則畏懼怕死"。1930年12月3日，毛澤東派李韶九去江西領導人所在地富田。當時毛給了李一張單子，單子上都是那些曾開會把毛的親信劉士奇選下臺的人。毛說那個會是反對毛澤東的"AB團取消派的會議"。他下令要"來一個大的破獲，給以全部扑滅"。"各縣各區須大捉富農流氓動搖分子，並大批把他們殺戮。凡那些不捉不殺的區域，那個區域的黨和政府必是AB 團，就可以把那地方的負責人捉了訊辦。"
12月5日，李韶九帶著一連人馬日夜兼程，趕往富田，幫助江西省行委、省蘇維埃政府和紅二十軍整肅AB團。李韶九到達富田，立即逮捕段良弼、李白芳、謝漢昌（紅二十軍政治部主任）、金萬邦（省蘇軍事部長）、周冕（省蘇財政部長）、馬銘（省蘇秘書長）、劉萬清（原四軍政治部主任）等8人。從7日到11日，李韶九不分白天黑夜，四處捕人、審訊。僅在省行委、省蘇兩機關和政治保衛隊即破獲"AB團"120餘名。10日夜，李韶九下令槍斃要犯17人；11日夜，又下令處決24人，其中有省行委員7 名。毛澤東為通過殘酷肅反來清除內部反對勢力，12月8日又派總前委秘書長古柏到富田，加強肅反的領導力量。9日，富田肅反人員兵分三路，掀起更大規模的捕人狂潮。由於李韶九等人的濫捕、濫殺，終於釀成了富田事變。15日夜晚，事變者段良弼、李白芳在河西永陽召開擴大會議，宣布他們是合法的江西省行委。會上，省行委常委叢允中揭露說：李韶九捕捉AB團是受毛澤東指使，是毛澤東希望將江西老幹部一網打盡，造成清一色的毛黨，好安安穩穩地當皇帝。
事情過後的1931年11月，中央蘇區舉行了著名的贛南會議，總結前一段時間的打AB團和富田事變。從流傳到今天的會議發言中我們可以看出，當時項英、任弼時等人都認為打AB團肅反擴大化的原因是幫派主義，毛澤東應負責任。當時中央派來的三人團之一的顧作霖，嚴詞斥責毛澤東："毛澤東從來不檢討自己，而一味武斷的把反對你的同志當作反革命殺了！你是什麼立場？"
毛澤東領導的總前委肅 "AB團運動"，導致了非常嚴重的政治後果。據蕭克上將回憶，僅在其四軍即打AB團，佔全軍人數五分之一。黃克誠在回憶錄中引述一位紅四軍老資歷幹部何篤才的話，即批評毛澤東"過於信用順從自己的人，對持不同意見的人不能一視同仁，不及朱老總寬厚坦誠"，黃克誠說："如果不是毛澤東在組織路線上失掉了一部分人心，要想在中央蘇區排斥毛澤東，當不會是一件容易的事。"
從1931年11月贛南會議結束後的數年間，到1935年的遵義會議召開為止，是毛澤東逐步淡出紅軍領導崗位的開始。但經過多年的鬥爭，權術老辣的毛澤東又改變了他在中共領導層內的孤立處境。特別是在延安整風運動中，毛澤東與劉少奇政治配合得很緊密。在劉少奇的全力支持下，毛澤東的個人主張與權威，在中共核心層內得以凸現。當年在贛南會議上當面嚴詞斥責毛澤東的顧作霖，雖在1934年1月中央六屆五中會議上當選為中央委員和政治局委員，但當選幾個月後便神秘死亡，成為中共歷史謎案之一。中共建制後，此謎案在黨史上被埋葬，至今無人敢於問津。
1935年遵義會議後至1937年間，毛澤東運用其在中共領導層中所獲得的絕對優勢地位，對中共政策及領導機構作出很大調整，這種調整在1938年中共六屆六中全會後迅速轉變為毛澤東對中共政治路線、組織機構進行控制的權威資源。1938年秋，在延安舉行的中共六屆六中全會，將毛澤東於1935年後在軍權、黨權方面的權力擴張予以合法化。到1941年 9月政治局擴大會議時，毛澤東當面向王明發起挑戰，並獲得全勝而告結束，極大地凸現出毛澤東在全黨中的"教主"地位。1942年毛又為整肅異己，發起著名的延安整風運動。毛澤東在延安整風運動中有意放縱其專斷的個性，使之有機地配合於自己的政治目的，再次專橫地以我劃線，創造並利用一切機會打擊異己，並在延安和各根據地策動整肅全黨幹部的"搶救運動"，製造出恐怖的政治氣氛。由此可見，毛澤東1930年領導打AB團的政治大清洗和1942年策動全黨整風運動，目的都是不惜借恐怖政治排斥異己，確立個人領袖權威。從此，中共高層再無可能對毛澤東的個人專斷肅清異己行為予以有效的約束。毛澤東的極左式審乾和肅反政策，經過全黨整風運動，已固化成中共政黨性格的一部分，這為1949 年後的中國必然製造出一大批政治冤案提供了合理性。
1980年以後，胡耀邦執掌中共中央權柄，開始全面平反冤假錯案。半個世紀前被誤殺的所謂AB團的子女藉機進京上訪，江西省委黨史室主任戴向青也蒐集了大量有關AB團的冤案資料，同時送到了胡耀邦的面前。當時胡耀邦委派兼管黨史的中央領導人馮文斌親自前赴江西一一核實，歸來後又將全部真情報告了胡耀邦。這份由胡耀邦派人收集的黨史資料，後來被楊尚昆批轉給黨中央的有關負責領導們傳閱。正當胡耀邦要為平反這件棘手政治大冤案，前後耗費了幾年時間進行資料準備時，卻遭遇了1987年中共黨內極左派勢力發動的反對"資產階級自由化"運動，胡耀邦被鄧小平等政治老人逼迫下臺，致使這一案件至今未能平反。
