中國財政部針對中央預算執行審計查出的問題積極 進行整改。
關於截至2006年底財政部對以前年度安排未用和結 余的專案資金174.22億元長期挂賬未清理繳回預算的問 題，財政部已作了清理和安排，8億元用於農機購置補貼 ，166.22億元用於解決政策性糧食財務挂賬。
而對於應繳未繳預算收入45.36億元的問題。國債轉 貸資金回收專戶存款利息16.11億元已繳入國庫；對14家 中央外貿企業1999年以前欠繳中央財政的利潤等29.19億 元問題的處理，財政部將會同國資委、商務部進一步研 究後上報國務院；對國家農業綜合開發辦截至2005年底 取得的投資參股產業化經營專案股權收益分紅599.11萬 元，財政部已收繳入庫。
財政部從今年起還將中央集中的彩票公益金的收支 納入政府性基金預算，專項用於國家規定的社會公益事 業。並爭取3年內將2006年中央財政統借統還外債項目支 出和國際金融組織貸款還貸準備金年末餘額納入預算。
財政部將建立與完善小額擔保貸款擔保基金的風險 補償機制和小額擔保貸款風險共擔機制，以解決下崗職 工微利專案貸款貼息資金預算執行率低的問題。此外， 財政部將規範企業員工收入稅前扣除的具體範圍和標準 。
此次審計還查出56個中央部門本級存在的問題金額 348.53億元中，已糾正和落實整改措施金額151.34億元 。
在企業職工基本養老保險基金、城鎮職工基本醫療 保險基金和失業保險基金審計查出的違規問題金額87.9 4億元中，已糾正和落實整改措施的金額為86.66億元， 佔98.5%；關於天然林資源保護工程資金審計查出的問題 ，各地已糾正虛報冒領、挪用滯留等違法違規問題金額 1.21億元；關於三峽水利樞紐工程和三峽庫區移民資金 審計查出的問題，針對一些部門單位違規使用、虛報多 得移民補償和政策性補助資金2.89億元的問題，已採取 收回資金、調整專案計畫和賬目等方式糾正的問題金額 為2.59億元，有4人受到黨紀政紀處分；關於收費公路審 計調查發現的問題，有34人被追究刑事責任，5人受到黨 紀政紀處分。
此次審計中，有關銀行對審計發現的問題認真整改 ，並對163名責任人進行了行政處理。此外，審計署還對 8戶中央企業領導人員進行了經濟責任審計，並批捕、起 訴和判刑14人。
