長今的父親天壽是一位皇家禁衛軍軍官。有一天他奉皇帝之命送毒酒去鳩死被廢的皇后。他並不想做這種傷天害理的事，但是皇命難違，人又老實，不敢像他的倆位同事一樣耍滑頭溜掉，硬著頭皮逼著廢後喝下了毒酒。從此，他悲劇性的一生便被注定了。因為「善有善報，惡有惡報」是天理，無論一個人出於什麼樣的無奈，傷害無辜就一定要償還。
逼廢後飲下毒酒後，天壽痛苦難過，跌下山谷，被一位修行的老道救醒。這老道有宿命通功能，他一眼就看出這年青人相貌倒是忠厚，但兩手的血腥氣很濃。他也看出來這年青人從今天開始，由於害了第一個女人，他的命運將被後兩個女人掌握：他將救了第二個女人，而第三個女人將會殺了他，但她會救活許多人。天壽當然不願意遇見第三個女人，他請求道長指點迷津，道長只丟下一句話 「只要不遇到第二個女人，就不會遇到第三個女人」，就飄然而去了。
天壽千方百計的要逃脫自己的命運，他辭官隱居，不敢看任何一個女人。可惜他不懂得「天命難違」。他「恰巧」救活了一個女人，與她相愛，結婚，生了一個可愛的女兒長今。他一步步的走在老道預測的命運之路上。
幼小的長今早已被父母親反覆叮嚀，不可將父母親的過去說出去，否則新皇正到處追捕當年殺害他母后的人，一家人的性命就會處於危險之中。但是，有一天，長今在好勝心的驅使下，慫恿父親去與人比武。當輸了的對方誣陷長今父親時，長今一時激動，喊出了「我爹是皇帝身邊的軍官」，暴露了父親的身份，致使父親被捕被殺。
長今雖然沒有直接傷害她父親，但她父親因她而死，所以，按照「善有善報，惡有惡報」的天理，她也要償還這些業債。由於她身負救人之天命，老天不會讓她以命償命，但她要身受許許多多一般人難以忍受的痛苦和磨難，以此來償還她的殺父之業。
8 歲時，長今便父母雙亡，成為寄人籬下的養女，小小年紀就得拖著沈重的酒車去各戶送酒；進宮做小宮女後，又被其它小宮女欺負和誣告，不得聽課，不得參加小宮女的考試；在內人考試前夕，好心將自己的麵粉送出，只得以樸瓜，白菜做成饅頭(包子)，又差一點被趕出宮外；好心幫今英尋找丟失的金雞並救了閔政浩一命，卻因為回宮晚了，又被趕去多栽軒…
長今還數次差點送命。她被仇家崔尚宮陷害，被判「逆謀大罪」，本要被處死刑，後為正直的從事官閔政浩所救，被貶為官婢，流放濟州島。為了重回宮內，她開始學習醫術。因為為了保護島民的性命而治療了倭寇頭領，又被誣告為「通敵」，押回朝廷治罪。在這件事得到澄清後，她考上了醫女並因成績拔尖，品格高尚而分到皇宮內的內醫院做醫女，又被妒嫉的同事騙到被隔離的流行疫病村，她染上了疫病，又差一點被燒死…
看著長今還業的過程，真是驚心動魄，催人淚下。好在長今在許多好心人的幫助下，走過了這些磨難，愈發善良，真誠，以治病救人為要。她沒有怨天尤人，也沒有用任何手段去害人。在對自己有救命之恩的皇后要求她用醫術害死患有心臟病的元子(太子)時，她沒有像父親那樣屈從，她寧願自己被殺頭也不肯執行皇后的命令，從而避免了父親的悲劇命運。而皇后的壞心卻使得她的獨子慶源大君得了凶險的痘瘡。這也是皇后算計別人所得到的報應。
長今的治病救人也給她帶來了很大的福報：她得到了人間稀有的，至純至真至美的愛情。文武雙全，英俊儒雅的副提調閔政浩對她非常欣賞，非常珍惜。他時時處處幫助她，保護她。在她要被判殺頭的時候，他跪地苦苦求情；在她被流放的時候，他千里相隨保護她；在她被騙入流行疫病村，他也主動要求進去並將她從火海裡救出；他寧願被罷官流放也支持皇帝任命她為主治醫官；他也開開心心的與長今過著四處飄泊的生活…
長今也得到了從百姓到皇室的尊重和愛戴，也被皇帝封為惟一的一位女性主治醫官，並被封為 「大長今」，寫入了朝鮮的史書。
看了長今父女的命運，令人感慨「天理昭昭，善惡必報」。當今天下，有多少人心存善念，不怕恫嚇威脅，不與邪惡為伍，為自己的未來開創了美好；又有多少人膽怯無知，做了邪惡的幫凶，為自己的未來造成了悲劇？
