周恩来与毛泽东在天安门城楼。（网络图片）
在刘少奇专案组请示报告上，周恩来批示“该杀”。原属于刘少奇专案组的绝密件中有两份原稿，都写的是给刘少奇定罪的结论，一份由江青主持草拟，一份由周恩来主持草拟，计有四条，是周恩来亲笔写下。比较起来，周恩来给刘少奇定的罪名，要重于江青给刘少奇定的罪名。中共八届十二中全会关于刘少奇问题的决议，基本上是按周恩来所亲笔拟出的结论定调子
八届十一中全会开幕前的一天，周恩来在7月31日两次找清华蒯大富谈话。蒯大富回忆说：我现场给周总理提供的实际是刘少奇和王光美的材料。蒯大富两次同周恩来谈话共6个小时。蒯大富的告状，为毛泽东的大字报提供了炮弹，也成了毛整刘的利器，而穿针引线的则是周恩来。以后王光美和清华的所有纠葛都是由周恩来一手控制。包括王光美是否可以去做公开检查和被清华师生批斗。
1967年4月1日《人民日报》刊登戚本禹文章《爱国主义还是卖国主义？——评反动影片〈清宫秘史〉》，这实际是把刘少奇定为敌我矛盾的一篇公告。戚本禹说，写文章是毛泽东在1966年12月26日提出来的，题目是自己定的。文章写出来之后先请毛主席看，主席看过第一稿就退回来讨论。周总理主持中央碰头会，一句一句念。因为文章较长，讨论好几次。
为了消除群众对此的疑惑，周恩来在4月6日，4月14日，4月18日，连续向社会、群众解释为什么要集中火力批判“党内最大的走资本主义道路当权派”。三次讲话的主题基本一致，中心思想是：一个人犯了错误，如果不改，总是积少成多的。不会是一下子从犯错误那天起，就把他的错误定下性质。从刘少奇提出“和平民主新阶段”到说什么剥削的功绩是“永垂不朽”的，再到刘少奇不赞成农村搞合作社、“八大”报告，刘少奇的错误是逐步发展起来的。
周恩来对一同经历过战火的刘少奇加以重罪罪名。
刘少奇专案组成立之后，所有关于刘少奇的罪证材料能否上报都是由刘少奇专案组组长周恩来决定的。没有周恩来的同意这些材料根本上报不了。在所有中央领导人中，周恩来对刘少奇的历史情况最为熟悉。
王年一说：送给毛泽东看的只有证明刘少奇有罪的“人证物证”，而证明刘少奇没有罪的人证和物证却没有送给毛泽东看。对毛要打倒的人，周恩来总是可以递上让毛满意的材料。在贺龙专案中，周恩来也是采取了如此做法。
李锐说：大约在1983年至1984年间，中组部奉命销毁一大批档案材料。在销毁之前，中组部部长陈野萍让我（时任中组部常务副部长——引者）看了一个原属于刘少奇专案组的绝密件。这个绝密件中有两份原稿，都写的是给刘少奇定罪的结论，一份是由江青主持草拟的，一份是由周恩来主持草拟的。由周恩来主持草拟的那份结论计有四条，是周恩来亲笔写下的。我认识他的字。比较起来，周恩来给刘少奇定的罪名，要重于江青给刘少奇定的罪名。中共八届十二中全会关于刘少奇问题的决议，基本上就是按周恩来所亲笔拟出的那个结论来定调子的。
曾经是中央专案组成员的某位将军的儿子则披露，周恩来的批示是“此人该杀”。金冲及后来亦承认：有此事，大意如此，个别字可能不同。意指“此人该杀”实为“刘贼该杀”。
1968年9月25日，周还亲笔起草了由他本人和陈伯达、康生、江青共同签名上送的报告，把刘少奇所谓历史上三次叛变的“罪行材料”送给毛泽东、林彪审阅。报告称：“刘贼少奇是长期埋伏在党内的大叛徒、大工贼、大内奸、大特务、大汉奸，现在专案组所掌握的人证、物证和旁证材料足以证明刘贼是一个五毒俱全、十恶不赦的反革命份子。”在八届十二中全会上，周恩来亲自宣读这份报告，以增加这报告的严肃性、真实性、可信性。
