1949年9月，中国人民政协会议选举国家主席，时576名代表投票，毛泽东得575票。众人认为毛谦虚，所以少了一票，但毛是投了自己赞成票的。毛从容地说：“缺一票就缺一票，不管什么人，都有选不选毛泽东的权利，要尊重事实。”但会后，毛要求追查，民盟秘书长张东荪被查出。
1951年张东荪被卷入“美国特务案”，撤消了其民盟内外一切职务，并于1953年5月被开除出民盟。1973年6月2日逝世于北京“秦城”监狱。
一九四九年初,张东荪风雨兼程帮助达成北平政权和平移交着笔，那真是一个天地玄黄的时代背景。二零零九年，北京举行各种活动，以隆重纪念“解放军”入城六十周年。甚至破天荒地免费开放正阳门供百姓参观，导致人潮汹涌，活动被迫中断。然而，人们偏偏忘记了对保全北京城立下首功的张东荪，忘记了这个被扣上“美国特务”的罪名而被囚禁至死的学者、报人和政论家。民国四公子之一的张伯驹当年也曾参与了此事，他这样写道：“东荪先生倡议和平，乃冒险入城奔走斡旋，以为保全。……杯酒之间，化雾瘴为光明。”张东荪本人也将此事当作一生中的最大成就，认为其意义超过了所著的几十本书。那时，即使毛泽东也承认：“北平和平解放，张先生第一功。”一个无权无势的知识分子，在历史的转折关头，很难有机会发挥如此重大的作用。张东荪功成身退，重执教鞭，甘于寂寞，真是书生本色。
一九四九年至一九五一年，张东荪的人生经历了大起大落，从第一届中央人民政府委员的辉煌顶点，跌入“美国间谍”、“卖国贼”的贱民行列。短短两年间，这一切是如何发生的呢？一九五三年，周恩来在一次讲话中杀气腾腾地指出：“民盟出了个张东荪，他在解放后还供给美国情报，这件事是不可饶恕的。”周恩来多年来与张东荪保持着密切联系，对张有着相当深入的了解，为何不惜指鹿为马、颠倒黑白呢？更何况无论怎样追查，当局也没有拿出证明张东荪“卖国”的任何证据来。
一切始于那次西柏坡之行。北平事了，大局已定，中共邀请“民主人士兼大学教授”访问中共中央所在地西柏坡。西柏坡是中共的骄傲，如后来周恩来所说：“毛主席在世界上最小的司令部里，指挥了最大的人民解放战争。”然而，在张东荪看来，西柏坡之于北平，犹如井冈山之于南京、延安之于重庆，象征着流民文化对现代城市文明的战胜，象征着中国当代历史的顿挫。
那一次，他们一行四人，由张东荪带队，同行的有费孝通及雷洁琼夫妇。他们与毛泽东及中共其他高层人士会面，对方此时还颇有礼贤下士之风，但张东荪与其他三人的感受却迥然不同，这也就导致了此后他们的人生际遇有天壤之别：费、雷二人在民盟中的资历远比张浅，他们被毛的枭雄气魄折服，也看到毛席卷天下的大势，遂全心投靠，俯首称臣。后来，虽然屡受政治运动之折磨，费、雷二人总算成为民主党派的领导人，并进而荣登“党和国家领导人”的行列。以张东荪的个性与人格，岂能有如此自我羞辱之举动？如果他要以保全北平之功劳换取荣华富贵，再加上与中共长期之交往，及在知识界的影响力，本来可以轻而易举地获得费孝通、雷洁琼求之不得的地位。但那就不是张东荪了。张东荪要在力所能及的范围之内表达反对者的立场。他主动疏离新政权，在“党天下”的新政权之下，保有一书桌而不得，最后惟一的去处只能是监狱。
张东荪的西柏坡之行使他与中共渐行渐远。他虽然不可能看到直到他去世的时候仍未解密的毛泽东于一九四七年十一月三十日发给斯大林的秘密电报，但他在西柏坡所观察的一切足以支持他读出毛泽东的心里话来，这段电文是这样说的：“在中国革命取得彻底胜利的时期，要像苏联和南斯拉夫那样，所有政党，除中共以外，都应离开政治舞台，这样做会大大巩固中国革命。”
张东荪堪称中共建政之后第一个遭到整肃的自由主义知识分子。他的盟友们纷纷落井下石，也证明反右时候知识分子之间的“自我撕咬”绝对不是第一次、也不是最后一次。毛泽东为何偏偏选中张东荪作为标靶呢？不仅仅因为他的不合作态度，也不仅仅因为他主张同时与苏联和美国保持外交关系、不可“一边倒”。当时持此种态度或此种主张的人并非张一人，但唯独张被打入十八层地狱。
在第一届中央人民政府主席的选举中，张东荪是惟一没有投票给毛泽东的人，毛泽东失去的那一票并不是他自己“谦虚”地没有投给自己的，而是张东荪没有投给他的。张东荪破坏了毛泽东获得“全票”的梦想，伤害了毛泽东脆弱的自尊心。
对于张东荪来说，明知如此投票不会达成实际效果，但仍然要这样投票，戴晴写道：“终其一生，关于这张票，张东荪没说过一个字。……他不说，因为投票，这是属于他个人的神圣权利；他不说，是因为突然明白，原来这样一件普通的事情里，竟蕴含着毁灭性危险。他是一个思维缜密但心地单纯的学者，没有能力揣度当了皇上的农民，对‘冒犯’怀有的切齿之恨。”
在哲学上，张东荪历来就反对唯物主义和马克思主义，二十年代便与若干信奉马克思主义的人士打过笔仗，但他为何在国共之争中倾向共产党一边呢？难道是因为抗战初期共产党的抗日宣传？难道是因为周恩来等共产党人的统战？难道是因为国民党的腐败无能？答案恐怕没有这么简单。张东荪的左倾与章伯钧、黄炎培、费孝通、雷洁琼等人投机的选择有所不同，但他毕竟没有像胡适、傅斯年、雷震、钱穆等人那样更早地便看透本质，这又是什么原因呢？这些疑惑也许要留待后来解决了。
一九七三年，中美《上海公报》已经公布一年，最早倡议新政权与美国保持外交关系并被扣上“美国奸细”的帽子关押在秦城监狱的张东荪病危，他留给亲人的最后一句话是：“还是我对。”是的，历史已然公正地证明：毛泽东错了，张东荪对了。“还是我对”这四个字，石破天惊，又血泪斑斑。“还是我对”这四个字，不仅定格了张东荪后半生的悲情与坚守，更浓缩了千千万万中国人家破人亡的惨剧与灾难。“还是我对”这四个字，让我想起了苏格拉底在喝下毒药之前所说的最后一句话：“现在我该走了，我去赴死；你们去继续生活，谁也不知道我们之中谁更幸福，只有神才知道。”让我想起了马丁•路德在罗马教廷作出死亡威胁的时候发出的誓言：“这就是我的立场，我没有别的话可说了。愿上帝保佑我。”在此意义上，张东荪如同“知其不可为而为之”的孔子一样，如同“虽千万人，吾往矣”的孟子一样，如同拿起长矛冲向风车的堂吉诃德一样，如同推动石头上山的西西弗斯一样，如同力挽狂轮、反抗纳粹的朋霍费尔牧师一样。他们固然失败了，但他们虽败犹荣。
张东荪的精神魅力之所在，也表明人类奋力抗暴、捍卫精神自由的事业将永远薪火相传——剿杀思想者独立精神的战役中，肉体可以蹂躏，精神与理念却是无形的。对宪法、公民等等，毛公或许不屑一顾，但他难道忘记，在中华民族精神遗产中，还有所谓贫贱不移、威武不屈与富贵不淫……”
