在中国五千年的历史中，有文字纪录的，最早使用过“奇门遁甲”大概要首推黄帝了！
介绍奇门源由前，先再简单介绍一下“奇门”，陈怡魁指出，奇门遁甲基本上是一种可以供我们掌握“时间”、“方位”，从而能有效掌控对自己有利的天时、地利、人和的条件，并实现自我愿望的最有效的一门学术。
(1)黄帝与指南车
在中国五千年的历史中，有文字纪录的，最早使用过“奇门遁甲”大概要首推黄帝了，他在和蚩尤的战争中，因为蚩尤非常擅长烟雾战，使黄帝的行军部阵及挥军实战时大受困扰，所以在历史上，只提到黄帝因为发明了“指南车”，所以终于打败了蚩尤，成为中国的共主，却从未有人提到过有关和“指南车”配套的其它战略……
但是，“指南车”只是指示方位的工具，并不是武器，黄帝不可能把“指南车”一推出去，蚩尤就被吓的大败而逃，所以，黄帝一定还有拥有一套可以运用到“指南车”来协助定位的方式，或者说是一套行军部阵的战略，并且还一定要靠着“指南车”指出正确的方位，才能有效运用，到此，这套东西大概已经呼之欲出了，那不正是“奇门遁甲”吗？黄帝因为拥有由伏羲制作的八卦衍生而来的这套东西，在蚩尤制造的漫天烟雾，不辨方向情形中，可以有效的指挥军队，掌握时机，利用地形地貌，并且完全突破烟雾的迷惑，在最有利的方位切入敌阵，攻敌人于不备，杀他个措手不及。
这正是黄帝能够致敌机先，掌握整个战局并因此攻破蚩尤最擅长的烟雾迷魂阵，获得最后胜利的主要原因。从这里来看，黄帝是因为先有了至少是类似“奇门遁甲”这种可以有效掌握对自身有利的时间方位的秘法，又必须确实掌握正确的方位才能生效，所以才会绞尽脑汁，终于发明了大概是以齿轮惯性原理制作出来的“指南车”。所以我们后代人，不是只说到“指南车”就结束了，更要深究到相关的配套方式才对，那不正是一种奇门遁甲雏形的发轫吗？
(2)大禹治水与奇门
后来，到了夏朝，大禹治水，疏导了这么多的江河水系，使其顺利的流向大海，不再泛滥成灾，造福了全中国一向苦于水患的苍生黎民，他的功劳是难以笔述的，但是，在中国上古时代，科技还不算发达的时代，这么艰巨的水利工程，不只是要订定正确的方位，还要运用到高深的测量学，工程学，但是，那时，中国不但还没有进入铁器时代，甚至还没有进入铜器时代，大概还在新
石器时代的晚期，就是说，大家还在用石器作工具的时代，要靠什么来决定正确的方位、高度、角度来挖凿河道，移除山岭呢？大禹是否也必然拥有一套我们还不甚明了的特殊方法呢？他用来确定方位，从最有利的方位，最有利的时机切入的攻角，不也正是奇门遁甲的雏形吗？
(3)周汉朝名人与奇门
到了周朝时，武王伐纣成功并取而代之，到了周公卜吉而营建东都洛邑，奇门遁甲不但逐渐成型并且成了王室专属的一门秘术，到了春秋战国时代，由“鬼谷子学派”私下研发并代代相传，不论是苏秦、张仪，或者庞涓、孙膑，都是出自鬼谷子学派，可以却又互相勾心斗角，各显神通，不论是苏秦、张仪的运用在外交谈判，或者庞涓、孙膑的运用在军事交战，我们都可以看到奇门遁甲非常出色和出人意表的能力展现。到了孙武的孙子兵法时，论述和运用的已经是非常完备的奇门遁甲学术精髓体系。
之后，中国历史上最成功的商人陶朱公，不但在之前为越国重臣时运用在军事外交策略上，连后来弃官经商，由于能利用奇门遁甲来掌握有利的方位和时机，从事投资买卖，竟然因此而顿成富可敌国的巨富。
汉朝开国帝王刘邦本身只是个不学无术的无赖，但是，由于靠着汉初三杰，特别是在张良运筹帷幄之下，才能打败势力比他强上百倍的项羽，建立了汉朝。
