日本是全球交通最发达的国家之一，也许初来咋到会被东京如蜘蛛网一般的地铁、电车线路图吓到，但习惯以后就能体会到它的舒适与便利。
航空
日本是个岛国，到日本去的最为方便的交通工具是乘坐飞机。日本的航空公司"日本航空(JAL) "、"全日空(ANA) "都有连接欧洲、亚洲和美洲各主要城市的庞大的航线网络。另外，世界各国的主要航空公司也有飞往日本各主要城市的飞机航班。
日本主要的国际机场是成田国际机场、位于名古屋近郊的中部国际机场以及位于大阪近郊的关西国际机场。从这三个机场出发，有很多搭乘方便的飞往日本国内各城市的飞机航班。
另外，位于东京都大田区的另一个国际机场羽田机场也开也开通多条直飞北京、上海的航线，缩短了到达东京以后进入城区的距离与时间。
从机场到市内的移动也可以根据自己的预算和时间来选择合适的交通工具。比如从成田机场到市内光是利用铁道交通就有数种选择。
铁道
日本的人口密度比北京、上海还高，为了防止交通出现超负荷现象，多年来东京和日本其他地区都一直致力于发展公共轨道交通。无论是都市内运输，或是都市间的运输，铁道都担当着重要角色，日本铁道是世界上最准时，提供最佳旅客服务的铁道之一。
其中连接日本各大城市的新干线被人们称为“理想的超级特快”，安全、快捷。日本最大的铁路公司是JR(日本铁道)集团。新干线列车通常被列为向外国旅客推荐的交通工具。新干线每隔十几分钟就有一班从东京开往国内各主要城市的列车。
日本的列车票价除了根据乘坐距离远近而不同之外，还根据特快列车、快车或是不同等级的车厢以及是否是对号入座等有相应的价格差。无论长途还是短途，购买车票时可到各车站的自动售票机处购买或在车站内的“绿色窗口”处向服务人员购买。
日本有多条新干线路线。除利用率极高的连接东京与博多间之“东海道·山阳新干线”外，还有连接东京与八户（青森县）间之“东北新干线”、连接东京与新泻间之“上越新干线”、连接东京与长野间之“长野新干线”、于九州运行之“九州新干线”（目前新八代（熊本县）至鹿儿岛中央（鹿儿岛县）间已开通）等各路线。
东京和大阪两地都有以JR(日本铁道)集团营运的环状铁路线（东京：山手线/大阪：环状线）为中心的多条铁路线。除此以外还有多条非JR营运的私营铁路线和地铁。
在日本的大城市里几乎所有的上班族都会利用铁道交通，所以距离车站近的房子的租金或售价都会比较高。在日本，所有轨道交通的开车时间和运行时间都有明确表示，用手机也可以随时查询乘车的时间和票价，所以人们上班、开会、约会都养成了倒算时间的习惯，即根据目的地需要坐多少站来计算出路上需要的时间，然后再决定出发的准确时间。
其他
日本的公路也很发达，不论是城际巴士、市内巴士还租车都很方便。
大城市和名胜区有观光游览车，东京、京都的观光游览车常备有英语导游。
在日本租车一天费用在1万日币左右。需要有国际驾照。
东京、大阪、名古屋、京都、横滨等均以2公里起价700日元左右。
