中华民国98年国庆庆祝大会因莫拉克风灾取消，但马总统今天上午9时仍在总统府主持国庆典礼，并以「挑战中成长，重建中进步」为题，发表国庆谈话。
两岸关系是马总统国庆谈话主轴，他在谈话中强调「重建两岸关系，扩大国际参与」。总统认为，1年多来两岸合作范围日益扩大，善意与互信逐步累积，未来包括两岸「金融监理合作备忘录」（MOU）与两岸「经济合作架构协议」（ECFA）等有利於两岸人民福祉的工作，等待开展。
马总统也将提到，两岸间的差距与疑虑有其历史因素，不可能一步跨越，旦夕消弭，将来两岸关系的和平发展仍需双方抱持耐心，正视现实，循序渐进，以扩大互信，求同化异。
马总统将表示，和平发展两岸关系的同时，国内一部分同胞仍有疑虑，担心国家主权与台湾利益受损。政府愿经由国会与政党等各种管道的对话与沟通，凝聚全民大陆政策的共识。
他说，台湾是一个民主社会，政府处理两岸议题，一定会以维护国家主权与增进人民福祉为最高指导原则，并接受民意与国会的监督，这点他念兹在兹，绝对身体力行，确实做到。
马总统同时也提及，两岸关系虽大幅改善，但政府不会轻忽对岸的军事威胁，仍坚持「防卫固守，有效吓阻」的国防战略。
在防灾议题上，马总统强调「打断手骨颠倒勇，化危机为转机」的理念，宣示将做好国土规划，告慰莫拉克风灾罹难灾民。总统说，要把每个台风当成莫拉克，把每一种传染病疫情当成严重急性呼吸道症候群（SARS）防范，损害一定可以大幅减少。
此外，马总统将提出「开创具有台湾特色的中华文化」，强调「台湾精神」不是空泛口号，而是展现在曾为这块土地打拚奋斗人民身上的价值与风范。
他将表示，这种精神延续到今天，有像世运丶听奥那些奋战不懈的运动选手；有像灾难中捐款救人的志工及慈善团体；有像9月间在情况危急下牺牲自己丶抢救全车乘客的两位大客车司机苏胜裕与侯文田，各个角落几乎时时呈现这种典范，成为「台湾精神」的象徵。
马总统并将宣布成立「中华民国建国一百年庆祝活动筹备委员会」，由副总统萧万长担任主任委员，结合政府与民间，规划一整年的庆祝活动，彰显「承先启後，庆祝建国百年」的重要意义。
