随着全国各地、各部门夺权斗争的展开，对高级领导干部的迫害也达到了空前的程度，从一般的批斗，发展到了搞人格污辱，变相体罚，诸如剃"阴阳头"，戴铁帽，画鬼脸，游街等，甚至私设公堂，关押拷打，严刑逼供。一月底二月初，就在周恩来的眼皮子底下，连续发生了煤炭工业部部长张霖之和国防科委副主任赵尔陆被造反派揪斗逼供致死的事件，特别是张死得不明不白，尸体上还留着累累鞭痕，却被安上"自杀"的罪名。
这两件事给周恩来的震动很大，悲愤之情溢于言表。应该说，这并非是在逢场作戏，而是确实感到自己的失职。作为国务院总理，没有尽到保护好部属的责任，无法向中央交待。对张霖之之死，周虽然明知其中大有问题，但却无法认真追究，甚至连向死者致哀都做不到。因为张背著"自杀叛党"的罪名，而且又是被毛泽东点过名的人，所以连追悼会也无法举行。他当时所能做的，只是让公安部报告张的尸体解剖结果，查明死因。
但是，在当时混乱的局势下很难查清，加之中央文革小组从中作梗，袒护造反派，使得调查最后不了了之。不过，周恩来，一直记着这件事情，等到大乱过后，他亲自为国务院起草了《关于张霖之同志死亡处理意见》，决定将张按人民内部矛盾处理，其子女按革命干部家属看待。这已经是后话了。
有鉴于此，周恩来随后和李富春、陈毅、李先念、谭震林等几位副总理共同研究后，决定把国务院各部部长轮流接到中南海里小住，派专人进行照顾，使他们能够在外面频繁的批斗中可以稍稍喘口气，躲避一下。像余秋里、王震、谷牧、廖承志，姚依林等三四十人都曾到中南海里住过。与此同时，周又与上述几位副总理商量后提出名单，以"养病"的名义，把李井泉，宋任穷、叶飞、江华等二三十位大区书记和省委书记接到北京加以保护，安排在京西宾馆等地，指定专人负责他们的安全和生活。这些人经过文革劫后余生，对周恩来心存感激，写了很多缅怀文章，称他为"大树参天护英华"。曾经被保护过的一机部部长段君毅说过这样一句代表了这批老干部心情的话：上帝保佑，总理可别倒，总理倒了，我们这些人就成了没娘的孩子了。
不过，周恩来在保护干部的问题上做得非常小心谨慎，更多的时候是看毛泽东的脸色行事。平心而论，他并下想通过文革运动整什么人，但也绝下会出来对什么人都保。在保什么人的问题上，周煞费苦心，权衡掂量政治上的各种利害关系，除了要力争毛的支持外，还必须同时兼顾林彪和江青两方面的态度，尽可能地在毛、林、江三者往往各不相同的态度中，找出一个不得罪任何一方的立脚点来做这件事。像前述保护党内高级干部的两份名单中，周恩来为了争取毛泽东的首肯，就很少包括党内属于刘少奇、彭真，薄一波北方局系统的人，当然也不是绝对没有，像姚依林就是北方局的人。因此，这批人在后来东山再起后，对周的怨气很大，始终不能给予原谅，也是事出有因的。
这里还必须指出的是，周恩来在文革中利用手中拥有的职权，有选择地保护了一批党内老干部，民主党派和社会知名人士的同时，也签字批准抓了不少人，在所谓"大树参天护英华"的背后，也干了不光彩的事情。对此，大陆官方一直讳莫如深，极力封杀，唯恐捅出来有损周氏的形象。然而，历史的真相是掩盖不了的，总是要大白于天下的。周恩来当时作为中央专案审查委员会主任，同时又是中央文革碰头会的牵头人，而且作为中共最资深的领导人之一，熟知党内各方的历史情况，因此对文革中搞的不少大的冤假错案都逃脱不了干系，有的更负有重大责任。举其荦荦大者，像彭德怀、刘少奇、贺龙、彭真等人的专案，他都直接或间接地分管过，指导专案的审查，罗织罪名，拟定结论，对当事人的含冤而死实乃难辞其咎。
顺便说一下，文革期间，凡是逮捕人，都需要经过中央文革碰头会批准，大人物和北京的由碰头会直接管，各省市的也须上报备案。这些全都经过周恩来的手。在专案审查的问题上，周除了抓总以外，还挂名分管了其中的一些专案，如彭德怀专案、贺龙专案等。作者曾接触过其中的一部分专案审查材料，上面都有周的签名或批示，有的还作过多次批示。写了大段的批语，口气是很严厉的，笔下颇有绍兴师爷的遗风。
毫无疑问，这些东西都是站不住脚的，是周恩来本人历史上的污点，白纸黑字，是抹不掉的。因为其中的情况比较复杂，涉及到众多的人和事，不是三言两语就能说清楚的，这里就不专门展开叙述了，而是从中选择几个有代表性的案子放到本书的有关章节中去叙述。
至于被毛泽东，林彪、江青钦点而落难的，像刘少奇，彭德怀和贺龙等人，周恩来虽然内心不无同情，想做点好事，却十分注意把握政治上的分寸，绝不越雷池一步，最多只是在枝节上做点文章，或者始保终弃。前者如刘，彭，后者如贺龙。即便如此，也可以从中看出周非常会做人，手腕圆通，善于左右逢源。他为了自保，不会挺身而出为他们仗义执言，却会在职权范围内做出某种有人情味的表示和举动，让革难者感激下已。
比如，清华大学造反派在中央文革的挑唆下，为了揪斗刘少奇的妻子王光美，设下圈套，谎称刘的女儿在车祸中轧断了腿，将王骗到医院，当场扣押，演了一出" 智擒王光美"的闹剧，周恩来闻讯后连夜派秘书前去交涉，把王要了回来。在随后一个夜深人静的时候，他又亲自给王打电话，说："光美呀，要经得起考验。"十四年后，当刘少奇的冤案卒反昭雪后，他的儿女们撰文回顾这一往事时写道："这在当时是多么大的信任和同情呀！一句话激起妈妈心中的千言万语，然而，几句言语又如何能表达呢?妈妈只说了一句：'总理，你真好。'"
一九六六年十二月下旬，北京地质学院和航空学院的造反派学生奉中央文革之命把彭德怀从四川成都劫往北京批斗。周恩来获知后，下达了三条电话指示：一、由成都军区派部队与红卫兵一道护送彭德怀同志到北京，沿途不许任何人截留，不得对他有任何污辱性的言行，绝对保证他的安全。二、不坐飞机，由成都军区联系火车来京。三、由北京卫戍区派部队在北京站等候，并负责安排彭德怀同志的住宿和学习。
彭德怀的警卫员后来在《在彭总身边》一书中回忆了当时的情景时，这样写道："趁没人的时候，我向彭总传达了周总理的三条指示。彭总沉思了一会儿，问：' 真的?'我说：'真的?'他又问：'还称我同志?'我说：'对!对!两次，清清楚楚。'彭总抱着头，转向墙壁。我看到他双肩在激动地抽搐。好一阵，他才转过身来......"
在贺龙的问题上，周恩来和毛泽东一样，一开始是采取保的态度。应该说，毛、周两人对贺龙是很了解的，特别是周与贺龙的交往更是长达四十年，是对贺龙投身革命乃王整个人生产牛过重大影响的人物。尽管贺龙并不在毛发动文革的打倒之列，却是林彪必欲剪除的对象。
林彪之所以视贺龙为眼中钉，有着历史和现实两方面的原因。贺龙的战功虽然远比不上林彪，但军中资历却比林彪老得多。当年南昌暴动时，贺龙是起义军的总指挥，而林彪才只是一个连长。加之贺龙为人豪爽，重义气，关心部下，在军队中享有很高的威望，而且还有他自己二方面军的山头，是军中唯一有实力和林彪抗衡的人物，被老帅们称为"龙头大哥"。就连毛泽东也不得不承认这一点，称贺龙是"二方面军的一面旗子"。更让林彪窝了一肚子火的是，文革前，贺龙在代他主持军委日常工作期间，与罗瑞卿打得火热，一唱一和，在全队中搞大比武，获得了毛泽东以及中央一线领导人的好评，大出风头，而把他这个军委第一副主席抛在一旁。
文革一开始，林彪在扳倒罗瑞卿之后，为了让自己手下的人马在军中形成一统天下的局面，很快便开始对贺龙下手，指使他的亲信纷纷向毛泽东写告状信，指贺龙插手军委总部和各军、兵稀的运动，企图篡军夺权。并且通过康生散布贺龙私自调动军队，搞"二月兵变"的谣言，弄得满城风雨。稍后，林彪亲自出马，以接班人的身份，在军委常委扩大会上向各方打招呼说：贺龙的问题很严重，担心主席百年之后，贺龙会闹事。在倒贺的问题上，林彪和江青两人联手，不断掀风鼓浪，社会上打倒贺龙"之风愈演愈烈。
毛泽东本来对贺龙一直怀有好感。虽说在打下红色江山的过程中，贺龙并没有立下多少战功，但毛对他的评价却很高，称赞他对党忠诚，团结同志，在军队中有威信。原因在于行伍出身的贺龙曾在历史上帮过毛的大忙，一件事是当毛执意要和江青结婚而遭到党内众人反对时，时任陕甘宁晋绥联防军司令的贺龙力排众议，乃至耍起粗来，说："堂堂一个大主席，讨个女人有什么了不起，谁再议论我枪毙了他。"另一件是毛泽东在与王明争夺党内领导权的斗争中，贺龙虽只是一介武夫，却坚决站在毛这一边，说：毛主席的方向就是我们党的方向，王明懂什么?他要骑在主席头上，我就一枪撂倒他。贺龙的这番话当时轰动了整个延安。文革中，毛泽东一开始的态度是保贺龙的，试图调解林彪与贺龙之间的矛盾，撮合两人在一起谈谈，但没有成功，不得已退而考虑在林、贺二人之间的取舍。这里有一个插曲，可以说明毛在这个问题上的踌躇心态。在一次毛主持召开的中央碰头会上，在倒贺的问题上，与林彪联手的江青突然出来将毛的军，离开会议原定的议题，提出"为什么下把贺龙揪出来?"毛沉吟了一下，表示："此事现在不议，"谁知江青不依不饶，说："主席，不让群众起来，我要造你的反!"弄得毛当众出丑，尴尬已极，只得宣布散会，匆匆离去。
周恩来本来也是力主保贺龙的，而且可以说是文革初期在几位副总理和老帅中花精力最多的一个，曾多次出面为贺龙讲话，化解社会上的倒贺风波，鲜为人知的是，为了表明贺龙是"毛主席司令部的人"，给处境困难的贺龙一点支持，周还利用毛泽东第二次检阅红卫兵的机会，有意把贺龙安排在毛所乘坐的第一辆检阅车上，而把林彪放在第二辆车上。为此，周恩来遭到了中央文革的围攻，说这张新闻照片不能发，因为不能反映林彪的接班人地位。双方斗了一个晚上，最后还是周本人想出来个补救的办法，提出在林彪的那张新闻照片中，另外加上"毛主席的亲密战友"的文字说明。这样，林彪在政治上的分量超过了贺龙，这场风波才算过去。这也是林彪在文革中被称为毛的"亲密战友"的由来。
但是，后来"打倒贺龙"的势头越来越猛。周恩来看出来者不善，背后是林彪在指使时，态度开始有了变化，对保贺龙的顾虑日深--他不愿意为此而得罪身为副统帅的林彪。不过，好在毛泽东的态度还没有大变，因此还可以利用毛作为挡箭牌，来抵挡来自林彪、江青两方面的压力。一九六六年底，随着整个形势的恶化，贺龙的处境也愈加困难，在北京东交民巷的家数次被抄。国家体委的造反派日夜纠缠，逼得贺龙东躲西藏，无处安身。在这种情况下，周代表组织出面建议贺龙暂停工作，搬到西郊新六所去休息，表示"家中的事情由我来管"。关于周恩来把贺龙接到自己家中加以保护一事，早已成为表现他在文革动乱中"大树参天护英华"的一段广为流传的佳话。其实，真实情况并不完全如此，应该说，并不是周主动去"接"的，而是贺龙"谏宫"的结果。根据大陆官方出版的《贺龙传》说，贺龙搬至新六所后，造反派立即追踪而来，扬言要结队前来揪斗贺龙。为此，贺龙的妻子薛明曾三次向周告急，但都没有得到答复。在下得已之下，贺龙决心返回东交民巷的家中，坐等被揪。在路过中南海时，贺龙觉得应该向周报告一下，就临时决定去了西花厅。当时周不在家，他的秘书经请示后，贺龙夫妇便留在西花厅暂时住了下来。
贺龙夫妇的不请自来，对周恩来来说不啻是一个"烫土豆"。但在当时情况下，无论于公于私都不能把落难的贺龙推出门外。据知情者说，贺龙与周见面后的第一句话就是：总理，贺龙今日有难，我这次是来求你来了!在贺龙看来，四十年前，大革命失败后，正是中共最困难的时候，周代表党组织请求他率部参加南昌起义，如今自己有难，周理应搭救。周本人当然也不会忘记这一点，而且眼下贺龙确实无处可去，在这种情况下，周只好硬着头皮，顶住外界的压力，把贺龙暂时收留在自己的家中。
在此期问，周恩来大妇对贺龙大妇在生活上关怀备至，嘘寒问暖，不过却敬而远之，竭力避免谈论贺龙本人的问题。因为向深知这件事在政治上的利害，知道贺龙有一肚子的委屈，急于找他倾吐，而他却不愿为此得罪林彪。周的这种回避态度，让贺龙感到相当失望和伤心。当时他每大站在窗前，盼着周恩来回来，渴望能够有一个机会向了解自己的老领导说说心里话，申辩一下林彪横加在自己头上种种罪名，希望为他说句公道话，而周却始终没有给他这样一个机会。
后来真正导致贺龙大难临头的，是毛泽东的态度有了变化。毛出于发动"全面夺权"的考虑，在政治上需要林彪的支持，因而在贺龙的问题上开始改变态度，听任林彪搞下去，就像一年前对待罗瑞卿那样。有了毛的默认，林彪立即升高了批贺的调子。一九六七年一月九日，他在军委碰头会上说：贺龙是个土匪，几十年来灵魂深处是个大野心家，经常请客吃饭，拉拢干部，在各军区、各兵种都有他的人，是反毛主席的。他到处夺权，是个"刀客"。在这种情况下，周恩来就非常为难了。既然毛泽东改变了态度，他也就失去了保护贺龙的挡箭牌，本来，他还想再拖一下，但林彪追得很紧，亲自出面找他谈话，向他摊牌。在这种情况下，周权衡政治上的利害关系，即使此时对贸龙心存同情，也只好对不起他了，屈从林彪的压力，把贺龙从家中交出来。不仅如此，周本人还奉命扮演了一个十分尴尬的角色，代表中央找贺龙正式谈话，实际上是宣布在组织上对贺龙采取隔离措施。
关于这一幕，大陆官方的《贺龙传》这样写道：
一九六七年一月十九日下午四时，周恩来与李富春一起来找贺龙正式谈话，周恩来说： "本来这次谈话还有江青同志，但她临时说有事不来了。"周恩来告诉贺龙：林彪说你在背后散布他历史上有问题，说你在总参、海军、空军、装甲兵、通信兵到处插手，不宣传毛泽东思想，毛主席百年之后他不放心，遗育，关于洪湖肃反扩大化问题，你、夏曦、关向应都有责任。你要好好想一想。贺龙几次按捺不住，站起来想说话，但没有等他说话，周恩来紧接着说："你不要再说了。毛主席不是保你嘛。我也是保你的。给你找个地方，先去休息一下，等秋天我去接你回来。"周恩来还勉励贺龙说： "要活到老，学到老，改造到老。"贺龙听了周恩来的话，伤心地说："我没有想到把我看成这样的人。"
贺龙的厄运并没有到此结束。在他被周恩来送到西[U象鼻子沟军委前指所在地，名为"保护"实则失去人身自由以后，当年派遣熊贡卿充当说客前往对贺龙进行劝降的国民党南昌行营第二厅厅长晏勋甫之子晏章炎写信给中央文革，把这件事翻腾出来，诬指贺龙向蒋介石"乞降"，企图"叛变投敌"。这正蕾好给了林彪人做文章的由头，立即批转周、江等人，并指派空军组织人"调查"。
本来弄清这件事情并不难，贺龙当即处决了熊贡卿一事，领导层中很多人都知道，而且当年湘鄂西中央局为此事写给中央的报告就存放在中央档案馆里。可以说，身为中共资深领导人的周恩来对这件事的来龙去脉很清楚，不过当调查组按照林彪的旨意给贺龙加上"叛变投敌未遂"的罪名上报以后，他却没有出面为贺龙辩诬，相反还在中央文革碰头会上附和了叶群的提议，正式决定对贺龙立案审查。
就在这一年的秋天，正当贺龙在囚禁之地天天望着通向山下的小路，眼巴巴地盼着周恩来兑现许愿而接他出去的时候，中央在九月十三日正式批准了对贺龙立案审查。而向中央报送的审查报告正是经过周本人的手。他在上面亲自动手作了修改，写下了大段的批诰，无论人们可以找出多少理由来为周恩来辩护开脱，诸则贺龙平日重用的某人向中央写信揭发贺龙的"历史问题"，从背后捅了一刀，让中央一时真假难辨，但周在贺龙后来被迫书致死的问题上，是无论如何也难辞其咎的。"
事实上，周恩来本人心里是非常清楚自己是欠了贺龙的账的，为此一直受到良心的谴责，后来在他病重的时候，强撑着一定要去参加贺龙的骨灰安放仪式。当人们再三劝阻时，周表示：我已经对不起贺老总了，我不能不来啊!并在贺龙的遗像前先后连连鞠了七个躬，以多少减轻一下他内心的负疚。这已经是后话了。
