刘兆玄6月6日接受金门籍立法委员陈福海质询时说扩大小三通，但之后又说需要等到6月19日行政院会通过，对此外界担忧是由于陆委会的干扰。不过无党籍立法委员陈福海今天表示，他已经跟陆委会主委赖幸媛谈过，陆委会的态度的确是朝著开放三通的方向前进。
他说："赖主委对金门有一些想法，会慢慢地务实地去推动，现在新政府上来以后，朝向的是一个比较积极开放，但有效管理，也就是朝比较自由化的方向去走。"
而刘内阁在三通议题上的反覆，也被批评是施政变变变，是否也反映出之前在野党担心的，在两岸政策上有总统府、陆委会、海基会、国共两党平台等多头马车，行政院无法协调的疑虑 。对此铭传大学新闻系主任许志嘉认为，应该只是新内阁刚上路，还需要一段磨合期。
他说："我觉得比较大的倒不是政策的协调，或是多头马车的关系，我的感觉是院本部，包括跟新闻局在发言当中的协调并不是那么完全掌握一致。第二，我想院里面再这个部分看不出来是陆委会或哪个部会并不同意，因为它必须经过行政院会讨论。而台湾内阁的运作，刘院长呢，阁员是他找来的，所以如果刘院长自己承诺两周之内就可以扩大小三通的话，我想在行政院院会讨论，应该不会有太大的阻力。"
而对于民进党党主席蔡英文说，现在扩大开放小三通，配套设施是否还没准备好，是太快了点。对此立法委员陈福海说，他已经打电话到民进党部去了解，表达抗议。
他说："我特别也打电话给民进党县党部的主委，我说这8年的民进党执政，两岸关系紧张的时候，民进党还是做这一个小三通的政策，这7年民进党的政策完全没有落实小三通的精神，而且在很多基础建设，譬如说港口建设、机场建设、或者说地方产业发展，民进党是漠视了金门。今天，民进党主席蔡英文讲这个话，我觉得很不公道，是不是回问这6、7年，或民进党执政这8年，对金门，它做了什么？怎么可以讲这种话，说小三通太快了。"
对此许志嘉教授认为民进党政府过去原本就没有要开放三通的意思，所以许多准备工作没有做，也是可理解的。不过是否两周之内完全开放小三通真的太快了，许教授认为蔡英文的意见有参考的必要。
他说："蔡英文主席提的应该是整个的配套措施，也就是整个的运作都OK，都可以了，包括飞航行程的规划，或是相关的配套措施，是否都已经规划完毕？12天后一开放，是不是马上就可以开放？如果不能，是不是必须按照步骤来开放？怎么样逐步的来落实，在野党的建议，当然站在监督批评的角色，陆委会本身，或是行政院本身，应该正视。"
对于扩大小三通，立法委员陈福海认为这是在两岸进行更一步直航之后，马上提振金门经济的办法。
他说："周末包机会让小三通的产业流失百分之三十的运量，每年有15万。15万的缺口，要怎样补强？所以我说这是短期的救命仙丹。"
不过扩大小三通除了在经济上的效应之外，其实更有政治上的意义，可当作两岸关系进一步发展的试金石。许志嘉教授分析说："小三通的扩大，可以作为现阶段两岸交流，特别是实践未来大三通规划中，很重要的一步。而这一步就是，让两岸的大三通，能够先做一个先行的示范基地，或示范的实验，先试验这样的情况，会不会产生什么问题。"
