由台湾大学主办的这项研讨会为期两天，分就宪政、民主与良治、司法改革、教育文化、科技产业、医疗保健、财经议题、外交与两岸、社会、农业及媒体议题提出建言。
台大校长李嗣涔指出，很高兴看到台大校友当选总统，今年是台大建校八十周年，台大善尽知识份子责任，八年前第一次政党轮替时也曾举办向政府建言的研讨会；期盼新政府把均衡与和谐原则发挥在施政中，领导人更应严以律己，树立典范。
马总统说，中华民国行宪六十年来历经蒋中正、蒋经国、严家淦、李登辉、陈水扁与他六位总统，其中民选的总统通通是台大人，六十年中有二十年都是由台大人执政，台大人的影响不可谓不大，但台大人执政是功是过？给人民带来幸福或灾难？都要经过舆论及历史学家检验评价。
马总统并回应台大人建言指出，新政府未来定位方向包括：找回台湾核心价值、重振台湾经济实力、确保台湾真正尊严、开创台湾的美好未来。
他强调，新政府将是愿意倾听反省的政府，二次政党轮替反映人民对政府的信赖掉到最低点，政府要倾听民意并彻底反省，才能重拾人民信赖，并牢记权力使人腐化，绝对的权力使人绝对腐化。
马总统并强调，新政府要建立宪法尊严，过去十六年修宪七次，但对新兴年轻民主国家而言，尊宪行宪比修宪重要，要让五权宪法充分发挥功能并尊重独立机关。他举例指出，日前他决定暂不补实考试院秘书长、考选部、铨叙部、保训会等首长职缺，就是要避免造成宪政困扰，让独立机关真正独立。
马总统说，新政府重视价值与台湾精神，首长要清廉自持、以身作则，更要创造机会，小国要小而美小而强，秉持开放、务实、弹性、灵活，才有和平的机会。
他指出，必须要开创机会让台湾有国际参与的空间，就职后他接见近二十批外宾，深有感触，台湾究竟作错什么事，要在国际场合受到打压？
马总统进一步表示，中国大陆打压是一回事，我们够不够灵活务实也是一个原因，我们要自求多福，自己创造机会，在尊严、效率、机会之间寻找动态平衡；此外，更要寻求和解，国内要和解、两岸也要和解，追求和解是新政府不变且持久的政策，总的来说，新政府将是能倾听反省、建立宪法尊严、重视价值、创造机会的政府。
