这黄尊素是浙江余姚人，他生了一个后来名震寰宇的大思想家儿子黄宗羲。因和王阳明先生同乡的缘故，多少受心学的影响，讲究知行合一，比起程朱那一派的信徒，更通达知变，更能审时度势。王阳明年轻时也不计后果，死谏皇帝触怒刘瑾几近亡身。龙场一悟后，他能曲身结交宫内有权的大太监，否则既难建立平息宁王叛乱的不世功勋，即使建功后也难在众人的嫉妒中保全身家性命。
杨涟这份将自己置于悬崖上的奏疏还没有递进宫之前，一位给事中说杨涟此举，将成就千古高名。黄尊素沉吟良久说，从来清君侧的，必然有内援。杨公在宫禁之中有内援么？如果一击不中，我等将无遗类。
杨涟疏上，已无可挽回，此时黄尊素想到的补救办法是，杨涟立刻辞官回家避祸。他给杨涟的信中说：“从来阉宦之祸，小臣击之其害止于一身，大臣击之其害及天下……大臣击之不胜而身退，其祸缓，不胜而身不退，其祸亟……孔氏家法，本是平常，身名俱全者，上也；身死名存者，次也。当此之时，有一毫畏死之心，固为非道，即有一毫求死之心，亦为非道。”黄的意思是，级别低的科道官攻击当权的大宦官，只危及自己个人，而像杨涟这样级别高、责任大的大臣，主动攻击大宦官就可能危及天下。大臣击之不胜马上退下来，祸患可能慢一些，而还不身退的话祸患就会来得很快。孔孟圣人的道理，本来合乎平常人情。当今阉党把持朝政危害社稷的时刻，有一丝一毫的怕死的心，固然是不合圣人之道，但有一毫求死而成就声名的想法，也不合圣人之道——他对看不清局势只想做烈士的做法很不赞成。
后来事态的发展，完全在黄尊素的意料之中。高阳评价黄尊素的见识，“心非阳明（即王守仁），必为程、朱。阳明一死，以媚世宗起家的‘大礼议’主角桂萼，首攻阳明，于是复以程、朱为正学，心性空疏、无裨经世致用之学复昌。东林君子，遇到小人，一筹莫展，弄到头来，不过成了为天地留正气的烈士，苛刻而论，无非独善其身。如果东林君子不薄阳明，使吾心与外物贯通，理论与实际一致，如照阳明应付许泰、张忠（武宗时得宠的太监）的办法来对付魏忠贤。换句话说，多能像黄尊素那样，局面必不如此之糟。”此乃中肯之论。
黄尊素让人千百年后敬仰，不仅仅是他在同道者的义愤中保持清醒，更难能可贵的是杨涟的奏疏递上去后，他不顾个人安危，立刻上疏跟进。说天下人对魏忠贤，“无不欲食其肉”。这就好比虽不同意战友的作战方案，但战友一旦向敌营进攻，则就抱着安危共尝、风雨同舟的决心，参加战斗。魏忠贤派数百个小太监去抓御史林汝翥，这林是当朝首辅叶向高的外甥，他跑到内阁避祸，嚣张的太监们追到内阁要人。别人畏缩不前，黄尊素上前喝斥道，内阁重地，即使是司礼监大太监不奉诏不敢至，你们这些人竟然敢无理至此。
魏忠贤欲杀黄尊素一个很重要的原因是他“多智虑”，是东林人士的智多星。世上多智虑的人不少，但很少能像黄尊素这样有勇有谋、品行高洁。
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