希腊人围攻特洛伊城持续了九年，众多希腊战士、包括拥有半神血统的英勇的阿基理斯，都在历次的交战中战死，特洛伊城依然坚固如昔，据荷马史诗的叙述，特洛伊的城墙乃由奥林匹亚山的神所建。
特洛伊的建造者达达诺斯是奥林匹亚山众神之父宙斯的后代，从希腊来到小亚细亚，当地的国王将女儿嫁给他，并给他一块土地，位于两条河流入海的汇合处，旁依着伊达山。神的子孙从此在这儿定居，附近的海峡，也因此被叫做达达尼亚海峡。
数代后的国王伊洛斯有次受邻国国王之邀参加角力比赛，赢得一头花斑母牛做奖品。邻国国王同时告诉他一则神谕：在母牛躺下休息之地，他必建立一座城堡。
伊洛斯随着母牛走去，母牛在那片被唤作特洛伊的土地上躺下休息，伊洛斯便决定在这个山丘上建造城堡。在建城之前，他祈求先祖宙斯的兆示，是否同意他在此建城。次日他在帐篷里发现了一尊雅典娜的神像，那原本是供奉在宙斯的神庙里，宙斯将神像赐给他，暗示着未来的特洛伊城将处在宙斯及其女儿雅典娜的庇护之下。
到伊洛斯的儿子拉俄墨冬继承王国的时候，特洛伊城仍没有足以防卫城市安全的围墙。宙斯察觉国王想要筑道坚固的城墙把城围起来的心意，便让阿波罗与波塞冬到那儿去帮助国王。这两位神祗在不久前才因为忤逆宙斯的意旨而被逐出奥林匹亚山，现在正在人间流浪着。
阿波罗与波塞冬向国王毛遂自荐，答应以极低的报酬为他做一年的活，阿波罗为国王放牧，而波塞冬则为他建造城墙。国王同意了。一年过去，一道又高又宽的坚固城墙已完成，但国王却不依约付给他们报酬。他们指责国王不守信义，国王将他们两人驱逐出境，并威胁要把他们的手脚绑住、耳朵割下来。两位神祗自此以后就站在特洛伊的对立面，而城的保护神宙斯与雅典娜也从此不再保护它，任凭命运女神安排它悲惨的前途。
若说拉俄墨冬个人的道德沦丧是导致特洛伊灭亡的远因，那么人们对犯罪行为的容许甚至袒护，则是直接的导火索。那是发生在拉俄墨冬的儿子普理阿摩斯统治的时期。他的王后在怀第二胎时作了个梦，梦见自己生了一把火炬，火炬点燃了特洛伊城，将之烧成灰烬。国王将梦境告诉具有预言能力的庶子，得到的解释是：王后即将生出一个儿子，他将毁灭特洛伊。不久王后果然生下儿子，国王与王后让仆人将婴儿丢弃在伊达山上。仆人遵命而行，但在几天后却发现婴儿仍活着，原来是森林里的母熊在抚育他。仆人便把婴儿带回家，当作自己的儿子养育。这个婴儿被命名为帕里斯，他在长大后以王子的身份出使希腊，却趁着斯巴达国王外出时诱拐王后海伦私奔、并将其丈夫的财富掠夺一空。这种违反道德和当时国家都通行的律法的罪行，在特洛伊却不被谴责或惩罚，反而是举全国之力来保护犯罪之人，最后引起希腊各邦联军進攻特洛伊，导致国家的灭亡，这就是发生在西元前1200年左右、著名的特洛伊战争发生的前因后果。
直到19世纪末，德国业余考古家史利曼（Heinrich Schliemann）在土耳其境内挖掘出特洛伊遗址前，特洛伊城是否存在这个问题，千百年来一直被争议着。毕竟长久以来，关于特洛伊战争及木马屠城记的传说，最早只见于据说是古希腊的盲人游唱诗人荷马所口述流传下来的史诗《伊利亚特》和《奥德赛》中，而荷马的生存年代、甚至是否确有其人，在史上也一直都存在争议的情况下，以实证科学的思考模式，有关特洛伊的一切被归类为神话传说，也就不足为奇了。
史利曼根据荷马史诗的描述，在土耳其西北方靠近达达尼尔海峡的一处山丘上挖掘到数层年代依序递增的城镇遗址。后来的考古学家继续向下挖掘，陆续出土的文物年代远至西元前三千年，也就是距今五千年前。荷马笔下的特洛伊，一般认为是从下往上数来的第六层遗址，年代介于西元前1700到1200之间，相当于中国的商朝前期。
考古学家推测，在西元前1300年，也就是3千年前的古希腊文明里，普遍处于城邦即是王国的社会结构。与其它希腊城邦相比，特洛伊应该属于相对富庶之都，因为它掌控着达达尼亚海峡的出入口，而当时的船仍无法逆风而行，必须停泊在港口里等待有利的风向才能驶入海峡。靠着收取过路关税及港口的船舶停靠费，特洛伊就可以轻易的累积财富、组织强大的舰队出使希腊，并与邻近邦国结盟来和希腊城邦的联军相抗衡。
最新的考古研究认为，建造在15米高的山丘上、面积约五万平方米的遗址应该只是特洛伊的卫城而已。如同当时希腊本土各国的城市结构一样，神庙及宫殿所在的卫城建于高地上，用城墙围住，城市则延着卫城四周发展。卫城在平时是祭祀、会议与王族居住之地，到了战时则为山脚下的居民提供避难的场所。
巍峨的特洛伊城墙易守难攻，数年来希腊联军屡次攻击，从来没能将城门击破，或成功爬上城墙。面对着久攻不下的城堡，希腊人改变了策略，采纳了狡诘的奥迪休斯的计谋：内藏战士的巨型木马加上口舌便给的间谍以说服特洛伊人自毁城墙，将高大的木马当作战争的胜利品拉回城里。
希腊人对于是否使用计谋、或者仍旧凭战斗一决高下，存在着不同的意见。宙斯在希腊人意见不一时，以响雷与闪电昭示他的旨意；雅典娜在希腊人的梦中指示木马的建造方法。当劳孔（Laocoön）──特洛伊城里阿波罗神庙的祭师──怀疑木马被拔营离去的希腊人留置在此是个危险的诡计，并拿长矛刺入木马的腹部，发出中空的回音时，神使众人听而不闻。接着劳孔和他的两个儿子在举行祭祀时被大蛇咬死，大蛇随即游入雅典娜的神庙里。特洛伊人认为劳孔是因为怀疑木马才遭到惩罚，便不再犹豫，动手在城墙上打个大洞，将木马拖進城里，并彻夜饮酒狂欢，来庆祝他们的胜利。
希腊人在特洛伊人醉烂如泥时悄然而至，焚烧屋舍、掠夺财物、屠杀男人、俘虏女人及儿童作为奴隶带回希腊。全特洛伊只有二个家庭幸免于难，一个是当希腊和平使节前来交涉时以礼相待、并保护他们在特洛伊不受主战派攻击的老臣；另一个则是维纳斯女神与凡人所生的儿子埃涅阿斯，他见大势已去，便背着父亲、拉着儿子，仓皇出逃。他之所以能全身而退，据史诗记载，一方面是由于作为女神的母亲随侧保护，使射向他们的刀剑失去准头，另一方面则因为埃涅阿斯负有自己所不知的使命，他将在遥远的异乡土地上留下后代，一支在未来统治着庞大帝国的民族（有关埃涅阿斯的部分在论及罗马时再行叙述）。
特洛伊从此荒弃了300年之久，直到西元前8、9百年前，才又有希腊人移民至此，这段时期也是荷马史诗流传于希腊化世界的年代。此后特洛伊起起伏伏，几历兴衰，到西元数世纪，随着西方世界的逐渐基督化而慢慢没落，终致为人所遗忘。若非荷马的史诗流传下来，特洛伊的一切痕迹就消失在历史的洪流之中。今日的特洛伊只剩下考古挖掘出来的残砖断瓦，作为联合国文教组织认定的世界文化遗产供人凭吊。
史利曼发现的珍贵文物如黄金饰品等，原本收藏于德国柏林的博物馆里，二次世界大战纳粹德国战败后，这批特洛伊的出土文物便被占领柏林的苏联军队带走，目前收藏在莫斯科的博物馆里。
后代对特洛伊覆亡的原因有诸多解释，史诗中占重要篇幅的关于神的部分被逐渐忽略，或视为艺术上的想象力而未认真对待。其实很多神话传次未必只是先人的幻想，经过时光的淘洗后能流传下来的东西，必有它寓世的意义，也许是高级生命有意采用各种隐喻的方式来传递着他们想要人们领悟到的一些讯息。
