沈阳故宫在380余年历史中，留下不少皇苑秘闻、宫廷轶事。
秘闻轶事之文溯阁挂错门额
一般说来，无论是单檐、重檐建筑，门额都要悬挂在顶檐正中。然而，曾珍藏《四库全书》的沈阳故宫文溯阁，却将门额挂错了位置。
文溯阁为单檐建筑，因在底层前后又增加通廊廊庑和抱厦，便又多出一个二层檐。按照惯例，门额应该悬挂到顶层檐下。但是，文溯阁门额却被悬挂在低矮、昏暗的下层廊檐内，并且形体硕大，比沈阳故宫其他门额要大出好几倍，显然与清代宫廷建筑规制不符。
据记载，乾隆四十六年（1781年），为分别收藏《四库全书》，乾隆皇帝在沈阳故宫西侧修建文溯阁，将《四库全书》分期分批从北京护送到沈阳故宫文溯阁入藏。乾隆四十八年春，北京故宫总管内务府造办处，将这块硕大的“文溯阁云龙毗卢帽斗匾”送到沈阳故宫，还带来安装文溯阁门额的图样。
但是，施工工匠们没想到，这块按照北京文渊阁量体设计制造的门额，拿到沈阳文溯阁后，却成了庞然大物，根本无法安装到沈阳故宫文溯阁顶层檐下。当时的盛京将军永玮见状，便上报朝廷总管内务府造办处，请求重新制造文溯阁门额。但因乾隆皇帝将到沈阳东巡祭祖，重新造门额时间来不及。内务府总管大臣和珅，将此事奏请乾隆皇帝。乾隆皇帝下旨：按照圆明园文源阁门额挂法处理。于是，沈阳故宫文溯阁门额，便悬挂到如今这个位置上。
秘闻轶事之最后的太监
经查阅《满文老档》等史料，清初，努尔哈赤、皇太极便在宫室里使用太监。清朝入关后，宫中太监一道随皇室入关，过了百余年后，已成为“陪都”的沈阳故宫内，又重新出现了太监。
乾隆八年（1743年），乾隆皇帝弘历来沈阳祭祖，并在沈阳故宫清宁宫举行祭天还愿典礼。由于皇帝东巡已成为制度，每隔若干年就要来沈阳祭奠祖宗，为妥善保管清宁宫祭器、管理祭祀神堂，乾隆皇帝决定，留下李进福、曹斌、刘翰学、徐国相等5名太监，在沈阳故宫长期留守。
乾隆十五年（1750年），沈阳地区连降大雨，粮食颗粒无收，沈阳故宫太监们难逃此难，他们书写呈子向沈阳官府借粮。及至乾隆二十五年（1760年），5名太监中，相继故去4人，仅剩下曹斌一人。乾隆三十年（1765年）沈阳发生地震，太监住房倒塌，曹斌生活更为艰难。曹斌去世后，清廷不再向沈阳故宫派遣太监。
秘闻轶事之翔凤阁丢失东珠
1914年农历正月十七，盛京内务府总管突然接到报告：沈阳故宫翔凤阁库房失盗，一颗头号东珠丢失。东珠产于松花江、牡丹江等处，为名贵珠宝之一。清代官府设有“珠轩”机构，专门采购珍珠，并定制：“得珠重八分以上者充贡。”沈阳故宫翔凤阁库房内所藏珍珠，均为贡珠。
接到报告后，内务府官员立即行文给奉天警察厅，派员侦查此案。侦查人员来到翔凤阁勘察，竟未发现任何蛛丝马迹，门窗也没任何损坏。警察厅怀疑此案为“内盗”。当时，翔凤阁库房只有管理人员文璞掌握钥匙，其他人无法进入。警察厅将文璞带回审问，多次过堂、受刑，文璞矢口否认盗窃东珠。警察厅无奈，只好“取保勒限”，将文璞释放。
一天，文璞请求内务府总管允许他回到翔凤阁重新查找东珠后，文璞竟从装珠宝的“兴字柜”下面灰土中，找到了那颗东珠。于是，案件撤消，文璞恢复自由，但失去翔凤阁库使一职的肥缺。后人们纷纷议论沈阳故宫翔凤阁丢失东珠案件：一说，文璞施计谋，演出一出灰土中找到东珠的闹剧，以掩盖他监守自盗东珠的罪行。另一说，文璞真的不小心将东珠失落在灰土中。孰是孰非，近百年来一直莫衷一是。
秘闻轶事之档案房失火
嘉庆二十三年（1818年），沈阳故宫发生一起重大火灾。此次火灾的发生时间，与崇德八年（1643年）沈阳故宫发生火灾的时间完全相同，都是4月24日下午，这在当时引起不小的揣测和波动。
1818年4月24日下午5时许，突然从沈阳故宫大清门前东侧的档案房里，冒出滚滚浓烟、火舌，当班官兵立即敲锣报警。沈阳故宫的大火惊动了沈城内的百姓，盛京将军富俊、钦差大臣普恭、盛京工部侍郎诚安、盛京副都统和福等等官员，纷纷从四面八方赶到沈阳故宫。由于档案房内满是沾火就着的文书档案，以致大火从档案房一直蔓延到前面的东朝房。大火被扑灭后，档案房、东朝房几乎全部烧毁，大量文书档案付之一炬。
火灾发生后，盛京将军、盛京刑部侍郎彻查火灾原因时，有人招供说，平时，档案房内经常点燃一支香，供大家点烟用。每天散班前，都将这支香熄灭。想必是香火死灰复燃，最终酿成火灾。盛京将军富俊将火灾调查结果上呈嘉庆皇帝后，嘉庆皇帝下旨重新细致审理，落实事故责任人。
经审理后查明，4月24日午后，档案房内共有4人，香火最后由任得付负责熄灭。由于任得付马虎大意，散班前未能仔细检验香火是否完全熄灭，以致死灰复燃，酿成火灾。结果，任得付被处以“杖九十，徒二年半”。由于任得付为旗人不受杖刑，凡处以杖刑者一律改成鞭责，在场另外3人一律革职。
