人权观察说，上海合作组织由俄罗斯、中国、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦和乌兹别克斯坦六国组成，在反恐名义下严重践踏人权和人道法则。该组织成员国在引渡、法外处决，以及对待恐怖主义嫌疑人、宗教异议者和寻求和平独立的少数民族人士等方面的记录都受到特别关注。
人权观察恐怖主义和反恐项目部主任乔安妮．马里纳说：“一些上合组织国家将国内异议分子等同于恐怖主义，加以迫害镇压。尽管作为一个建设性的区域合作组织在打击恐怖主义方面有可能起到重要作用，但是也有理由担心该组织只会强化各成员国的恶劣行为。”
2001 月15日上合组织签署了《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义上海公约》，标榜自己是国际反恐斗争的“先头组织”。公约清楚规定了成员国在交换情报、建立共同法律构架和承担镇压恐怖活动实际援助方面的义务。2002年，上合组织在塔什干建立地区反恐机构。2005年地区反恐怖机构公布镇压恐怖主义行动250 起，该机构一名官员称，机构在“不遗余力收集极端组织、恐怖分子嫌疑人的信息，并公布到互联网上”。
中国以反对“恐怖主义”、“分离主义”和“极端主义”为借口无情镇压新疆省内主要少数民族维吾尔族，肆意拘留关押宗教人士、镇压宗教活动，有数千名受害者通过简单粗暴的不公正审判后被判刑甚至处死。上合组织帮助中国政府歪曲中国维吾尔族矛盾，将其与国际伊斯兰恐怖主义联系起来，以获得国际认同。北京政府长期以来把宗教独立运动和政治活动等同于“分离主义”，但在此之前从未明确指出新疆境内所有异议分子与恐怖主义之间有联系。在北京政府要求下，上合组织亚洲几个主要成员国极力打击本国境内维吾尔独立组织的活动，强制遣返中国政府索要的流亡人士，有些人回国后既被判处死刑。中国政府没有提供这些恐怖主义武装力量活动细节，却辨称即使那些人没有采取暴力方式，还在继续传播分裂主义思想。
人权观察亚洲部副主任索菲．理查森说：“中国以打击恐怖主义做掩护，逐步打压国内以和平手段提倡政治权利、宗教自由、独立自主的声音，我们希望这种行为早日停止，而不是扩展到其它国家。”
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