中时晚报报导，6月8日晚7点左右，台湾约有8艘渔船，一度前后包夹日本水产厅舰艇，渔船还联合用扩音器大喊“抗议侵占我国传统渔场，日本船舰滚回去”口号，双方僵持近1个多钟头，海巡署舰艇担心冲突一触即发，在一旁戒护进行现场调停，双方船舰才退回自己的海域。
冲突现场大约在三貂角东方43海里处，由于该处海域为台湾传统渔场，渔民认为日方船舰“得寸进尺”，已经公然踏进别人家厨房，附近渔船透过无线电得知渔友有难，纷纷放弃作业往该地集结，准备与日方船舰拼命。
海巡署接获苏澳区渔业电台报告后，发现事态严重，立即大规模派遣谋星舰、基隆舰、巡护六号、台中舰大型舰艇以及编号5025、10025巡逻艇火速前往现场护渔。
60余艘台湾渔船6月9日早晨集结在台湾与日本海域交界处，抗议日本水产厅舰艇，经台湾海巡署派出大批船舰调停戒护，酿成最严重的台日海上冲突事件。（路透社
大约凌晨5点左右，海面上弥漫着一股紧张的气氛，台湾40余艘渔船已经集结在台日两方水域交界线，有的拉起布条，有的用扩音器喊口号，海巡署6艘舰艇则在渔船周边戒护，当时在现场观察的1艘日舰，见我方官民2方出动大阵仗船队，在势单力薄下只好悻悻然离去。
根据上午海巡署船舰回报，清晨日方派出1架螺旋桨定翼机在现场上空盘旋10余分钟，观察台湾船舰的动态，渔民决定抗争到底，因此渔船还是不断的增加当中，最后达到近100艘，目前也没有离去的打算，为了避免冲突扩大，海巡署上午再增派和星舰及6001号警艇前往增援。
引爆这次海上冲突的导火线在于8日上午，5艘南方澳籍渔船在东北角外海被5艘日本巡逻艇驱逐，导致长达数公里的延绳钓渔具和渔获无法收回，损失严重，日舰甚至强行拦截，强制塞给船主“不准进入日本海域”的宣导单。
日舰“鸭霸”的举动引发台湾渔民极度不满，包括在东北角附近作业渔船及停泊在港内的渔船，在得知日方不合理的行动时，纷纷放弃渔捞作业，几乎同仇敌忾“冲”往现场。
渔民表示，根据日本划定的经济海域界线，台湾渔船作业范围现在几乎只限于东部沿岸，“根本已经将台湾纳为日本领土”，如果这次政府不能好好解决渔业争议，将会在回航后，号召渔民前往海巡署及相关部会进行大规模抗议行动。
东森新闻说，台湾渔民在东北角海域捕鱼时，经常遭到日本驱逐、查扣，8日又有渔船在与那国岛海域附近作业，遭日本巡逻艇驱逐，渔民群情激愤，连夜动员上百艘渔船前往抗议，但是没有见到日本巡逻舰的踪影，于是渔民将矛头指向海巡署，大骂海巡署通风报信，是日本走狗。
渔民们之所以会这么生气，导火线是8日上午7时，一艘苏澳籍的鱼津128号渔船在台湾的经济海域捕鱼，竟遭到日本巡防艇驱赶。2小时后，金满祥6号、圣宏胜、新复兴266号，以及金胜财66号4艘渔船，同样在台湾经济海域捕鱼，日本巡逻艇又来加以警告。
渔民忍无可忍，近百艘由苏澳前往日本主张排他性经济海域抗议的渔船，9日上午没有遇上日本巡逻舰，渔船挂上国旗、抗议白布条宣示主权后返航；但抗议渔民对海巡苏澳队5025巡逻艇，故意放走被稍早在海域作业渔船包围的日本巡逻舰，十分愤怒，不能谅解。
主发36号船长李源昌等人指出，昨天傍晚6点30点分左右，约有10多艘渔船，先赶到北纬25度、东经122度56分的纠纷海域，发现日本巡逻艇白岭丸号，越过中心线驱赶我落单渔船，立即左右包抄，正准备与日本巡逻艇拚命，海巡苏澳队PP5025艇适时出现，让日本舰离去，阻止渔船攻击。
愤怒的渔民气得用三字经大骂，不耻海巡署平时惧怕日本，不敢护渔，渔民受不了起来反抗，却又去帮助日本人，政府无能有如清朝“军阀”，海巡官兵简直是日本“走狗”；艇上官兵被骂，心有不甘，警告渔民，进港后将予以法办。
这话更激起渔民不满，集结的渔船决定全部返航，相约10日上午一起将船开进海巡苏澳队部，抗议政府无力护渔，又阻止渔民自力救济的作法。海巡苏澳队表示，为避免两国发生不必要争端，抗议目的已经达到，才阻止渔民过激行为。
日本片面划设排他性经济海域，2年来强行扣押7艘南方澳渔船，警告百余艘渔船，被驱离渔船更难以计算，南方澳渔民忍无可忍，昨日集结南方澳、淡水、新港、高雄等渔船近百艘，相约今天到争议海域找日本巡逻舰算帐。
苏澳区渔会理事长陈建忠表示，这是一次渔民对日本的宣战行动，如果日本继续蛮横驱赶我渔船，将有上千艘渔船前来拚命。渔民对谋星舰等巡逻舰，敢出面与日本对抗，让日本人闻风闪避，十分称赞。
