扁宋会后，独派反应随着时间沉淀越来越激烈。一开始只是语带讥讽的说要”好好恭喜宋楚瑜”，但因为李登辉的反应，及陈水扁近日发言，益发造成独派不满；过去一向力挺陈水扁政府制宪正名主张的总统府资政辜宽敏、吴澧培，国策顾问黄昭堂，无给职国策顾问金美龄等独派大老，纷纷丢出辞呈以为明志，使得这场绿色风暴一发不可收拾。
然而追究这场矛盾之始，还是要回到李登辉与陈水扁间的微妙关系。
扁李关系本身就存在许多矛盾。李登辉被独派尊称为台湾之父，陈水扁则被视为李登辉接班人，独派以”台湾之子”称之，一位自认是摩西，一位自称为约书亚，在巩固政权及台湾自主的道路上，两人既相互需要，又无形中相互竞争。需要的是，李登辉需要陈水扁政府给予他卸任后的礼遇与尊重，陈水扁则需要李登辉的台联党在政策及意识型态上予以支持；竞争的是，只要有机会，李登辉和陈水扁都将毫不考虑乐意登上台湾独立建国的国父宝座。不过因为彼此利益相互结合，两人一路走来，倒也能彼此扶持，相濡以沫。
然而扁宋会后，坊间即盛传台联精神领袖李登辉对扁宋会共识内容十分不满，李登辉也曾对媒体亲口说过扁宋会是”抓鬼的被鬼抓去”，认为陈水扁在会中没有坚持立场，反而让对手抢占上风。媒体报导，李登辉对于扁宋会共识第一条极有意见：“依照中华民国宪法所揭橥的国家定位，即为两岸目前在事实与法理上的现状，此一中华民国主权现状必须受到两岸与国际社会的承认与尊重”。据传李登辉认为，这等于就是承认了“宪法一中”，而且对于陈水扁签署台湾主权现状必须受到“对岸”同意这点，极为不满。
更糟的是，就在独派还在私下对扁宋会议论纷纷之际，陈水扁不知为了安抚还是为了卸责，连续两天爆料指出，扁宋会的促成，是李登辉在立委选后向他建议应进行政党和解而成的，并表示，对于更改国号一事，不但他在任期内做不到，”就算现在总统给李登辉做，他也做不到”。陈水扁并直言，要在目前国会结构下更改国号其实是”自欺欺人”。
对于陈水扁指出是李登辉促成扁宋会一事，李对此虽未否认，但透过台联成员转述看法：”叫他和解，没叫他卖台”。
维系在台独价值利益上的扁李关系，自此裂痕已深。
台联方面也开始对陈水扁炮火全开，立院党团总召罗志明批评说，台湾之子陈总统站在台湾之父李登辉的肩膀上，才造就今天本土政权政党轮替，陈总统应怀有感恩之心，不应瞻前顾后，否则将被人民唾弃。
辞去总统府资政的独派大老辜宽敏也痛批，陈水扁昨天要制宪、今天改口要修宪，不知道明天又要说什么，“总是摇摇摆摆，抓不住这个人”。出于对于陈水扁的失望，辜宽敏也表示将不排除接受台联的邀约，帮助台联壮大。
就连民进党内传出批评陈水扁的声音，立委王幸男表示，如果台独建国做不到，陈水扁第一任就该早讲，“第二任干脆选别人。”
事实上，扁宋会后便陆续传出有民进党乡镇市党部主委打算加入台联，台联亦大开方便之门，不但将入党费降为新台币两百元，更放宽年满六十五岁党员可免缴年费。台联拉人动作明显，公开喊出“绿卡换金卡”，呼吁民进党党员把绿色党证换成金黄色的台联党证。
扁宋会后续效应是否造成台联壮大，潜在台独意识被唤起，值得观察。
无独有偶，在因应中国制定”反分裂国家法”上头，民进党与台联也大有”各玩各的”之势。两党都选在三月六日当天举办反并吞活动，然而不同的是，民进党的活动在台北，台联的活动在高雄，在此敏感时刻，无形予人两党南北拚场的印象。
其实，如果回到事件本身，陈水扁与宋楚瑜签署的十点共识并没有超出“四不一没有”范畴，并且是陈水扁在总统任内不只一次宣示过的内容及意涵；真正让独派感到失望伤心的是，陈水扁从头到尾不但没有强调台湾意识，甚至以教训的口吻说“更改国号是自欺欺人”，这才让一向认为陈水扁是“自己人”的独派无法接受，终于演变成一场绿色风暴。
扁宋会意外引发独派反弹虽是始料未及，但或许也提供了一个机会让台湾人民思考：当政治人物因选票利益而煽动国家认同、族群议题时，民众是否仍要不惜造成家人反目、邻里成仇，满怀理想而又热情澎湃的回应？毕竟对于政客多于政治家的台湾政坛来说，所谓的“理想”，很多时候只是换取选票梦话呓语罢了。
