一九八八年，中共中央办公厅实行机构改革，调整后设置调研究室、秘书局、警卫局、机要局、机要交通局、中直管理局、中央档案馆、毛泽东纪念堂管理局、特别会计室、老干部局、人事局和机关党委办公室等十二个局级机构，编制两千八百名。
此后，中央信访局虽然对外仍然号称中办、国办信访局，但其编制入国务院办公厅系统。王刚也开始在国务院办公厅系统支领工薪。一九九零年九月，王刚的编制调回中办系统，出任中央档案馆常务副馆长、机关党委书记，级别仍为正局级。当时的中央档案馆馆为王明哲。
一九九三年十二月，正式接任中央办公厅主任职务才半年多时间的曾庆红，亲自主持了中共中央办公厅系统的又一次机构改革，职能作出如下调整：
中央档案馆与国务院系统的国家档案局合并，升为副部级机构，由中央办公厅管理；中央保密委员会秘书组与国家保密局合并，由中央办公厅代管，增加为中央制定党内法规、领导国家立法具体工作的职能。调整后的中央办公厅除设有一个副部级机构(中央档案馆)，还有十个职能局。即调研室、秘书局(其中法规室为副局级机构，设在秘书局)、警卫局、机要局、机要交通局、中直管理局、特别会计室、老干部局、人事局和机关党委。全部中办系统(包括中央档案馆)的行政编制为一千三百七十六名，事业编制为两千四百七十二名，总共为三千八百四十八名。这也是日后王刚担任中办主任后全盘掌控的机构规模。
中央档案馆因为与国家档案局合并升格为副部级的同时，中共中央和国务院分别发出通知，任命王刚为中央档案馆馆长和国家档案局局长。不出一年，王刚又于一九九四年九月被任命为中央办公厅副主任，除继续兼任中央档案馆馆长暨国家档案局局长外，还主要负责对国家保密局的领导工作。
王刚是一九九九年三月正式接替曾庆红中办主任和中共中央直属机关工作委员会书记职务的。但在此之前的十五届一中全会开过之后，也就是一九九七年十月开始，王刚在中央办公厅副主任的排名便已经移至第一位，被内部通知享受正部级待遇。自此，曾庆红已经开始以中央书记处书记身份，协助胡锦涛主持相当一部份党务工作，除中办、中直机关系统的人事和组织工作，也还负责统战，及中共中央对外联络等。而王刚则开始受命实际主持中办系统的常务工作。
一九九九年三月正式接替中办主任职务后，王刚又于一九九九年十二月辞去了中央档案馆馆暨国家档案局局长职务。
毫无疑问，如今的王刚能够被安排为十六届中央政治局候补委员、中央书记处书记(毛泽东时期的杨尚昆只是中央书记处候补书记)，那么他的这一届中共中央办公厅主任就是有职有权的。大前提就是前面所分析的那样，他的政治背景，再加上日后在曾庆红的领导下坚定、忠诚的政治表现一以贯之，决定了曾庆红对他信得过，胡锦涛对他推荐过，温家宝对他欣赏过，江泽民主持的十五届中央政治局和胡锦涛主持的十五届中央书记处一致通过。
王刚，男，汉族，１９４２年１０月生，吉林扶余人，１９７１年６月入党，１９６７年９月参加工作，吉林大学哲学系哲学专业毕业，大学学历。
现任中央政治局候补委员、中央书记处书记，中央办公厅主任，中央直属机关工委书记。
１９６２．０９－１９６７．０９吉林大学哲学系哲学专业学习
１９６７．０９－１９６８．０７留校待分配
１９６８．０７－１９６９．１１建工部七局八公司宣传科干事
１９６９．１１－１９７７．０７建工部七局政治部宣传处干事
１９７７．０７－１９８１．１２新疆维吾尔自治区党委办公厅秘书
１９８１．１２－１９８５．０１中央对台办公室正处级秘书
１９８５．０１－１９８６．１１中央办公厅信访局副局长
１９８６．１１－１９８７．０８中央办公厅、国务院办公厅信访局副局长
１９８７．０８－１９９０．０９中央办公厅、国务院办公厅信访局常务副局长、党委书记
１９９０．０９－１９９３．１２中央档案馆常务副馆长、机关党委书记
１９９３．１２－１９９４．０９中央档案馆馆长、国家档案局局长
１９９４．０９－１９９９．０３中央办公厅副主任，中央档案馆馆长、国家档案局局长
１９９９．０３－１９９９．１２中央办公厅主任，中央直属机关工委书记，中央档案馆馆长、国家档案局局长
１９９９．１２－２００２．１１中央办公厅主任，中央直属机关工委书记
２００２．１１－中央政治局候补委员、中央书记处书记，中央办公厅主任，中央直属机关工委书记
第十五届中央候补委员，十六届中央委员、中央政治局候补委员、中央书记处书记。
