（截止2004年6月）
2003年4月25日，南方都市报以《被收容者孙志刚之死》为题，客观、公正报道了湖北青年孙志刚因为没有暂住证在广州被收容致死的黑幕。6月5日，广州市23名有关责任人员受到党纪政纪处分。广州市公安局副局长林培坤、广州市卫生局副局长卢彦德被行政记过，广州市民政局副局长唐启畅被行政警告。广州市公安系统12名责任人、市卫生系统3名责任人、市民政系统5名责任人分别被处分，广州市公安局天河分局副局长韩立平被撤职。
6月5日，孙志刚在广州被故意伤害致死涉嫌犯罪的１８名被告人分别在广州市中级人民法院、广州天河区法院、白云区法院接受审判，其中广州市公安局天河分局黄村街派出所民警李耀辉，原广州市脑科医院江村住院部副主任张耀辉，原广州市收容人员救治站负责人彭红军，医生任浩强，护士邹丽萍、曾伟林6人犯有玩忽职守罪被判处有期徒刑2年至3年。
6月18日，国务院总理温家宝主持召开国务院常务会议，审议并原则通过了《城市生活无着的流浪乞讨人员救助管理办法（草案）》。该办法草案经修改后，由国务院公布施行，同时废止１９８２年５月国务院发布的《城市流浪乞讨人员收容遣送办法》。
6月20日，国务院颁布第381号令，《城市生活无着的流浪乞讨人员救助管理办法》自2003年8月1日起施行，旧的收容遣送办法同时废止。6月27日，广东省高级人民法院对孙志刚被故意伤害致死案作出终审判决，除主犯被判死刑、其他11名案犯分别判死缓无期或有期徒刑外，还有6名涉案渎职人员被判刑2-3年。
在此期间，在孙志刚事件报道出来后，南方都市报在一篇后续报道中曾提到，广州市的收容办法是超出国务院和省里规定的范围的，市里分管政法工作的一位领导同志曾在一次会议上强调，凡是没有暂住证的都收起来！此报道出来的当天，广州市政府有关部门负责人就给南方都市报负责人打电话，指责“你们这样报，是否要把责任追到张桂芳书记的头上？想想人家这样一位老同志容易吗？奋斗了这么多年才干到现在这个位置上，按你们这么往上追，岂不是要人家下台？”后来南方都市报没有追踪下去。6月底，广州市委召开有关会议，总结孙志刚案的教训，但会议没有反思广州政法系统在收容方面的错误做法，却指责南方都市报不应该报道。市委副书记、政法委书记张桂芳说，收容案件全国各地都有，南方都市报如果不报道，不就没这事了吗？这次会议确定了要查处南方都市报经济问题的基调，并成立了专案组，张桂芳自任组长。也就是在这个会议后不久的一次饭局上，南方报业集团的同志听到几名警察说，你们南方都市报牛啊！报了一个孙志刚，害得我们的弟兄坐牢的坐牢，处分的处分。这事没完，你们等着瞧吧！
6月下旬以后，广州市有关方面有计划有步骤地安排工作人员，分批传讯了300多家与南方都市报有广告业务往来的广告客户。据许多被传讯过的广告客户反映，执行人员询问的主要问题有三个：为什么要向南方都市报投放广告？为什么能获得广告优惠折扣？和都市报的领导有没有经济利益往来？
7月21日，上午10：00，广州市检察院反贪局二处三名人员，以涉嫌受贿罪，找南方都市报总经理喻华峰谈话；到晚上12点，将喻华峰从报社带走。22日中午，南方日报报业集团纪委派人到市检察院，市检察院要求对喻华峰实行“双规”，理由是三年前喻华峰的儿子满月时收下了“世纪经典”广告公司总经理许俊雄送来的礼金3000元和一条价值一万元的金项链，但南方日报纪委领导同时了解到，喻华峰在许俊雄的孩子出生时也送去了3000元礼金和一部2万多元的摄像机，认为这是朋友之间的礼尚往来，谈不上是受贿，实行“双规”条件不够，并经省委宣传部纪检组长请示省纪委赵副书记后，没有同意。晚上10：00，市检察院宣布对喻华峰实行取保候审，通知南方日报社纪委派人到市检察院办理手续。
7月23日，喻华峰回单位上班的第一件事，就是向报社纪委交出3000元礼金和金项链，并向纪委递交了有关此事的书面报告。
12月中旬，广州市政法委向省政法委打报告，汇报了喻华峰受贿的情况，王华元、梁国聚等领导作了“一查到底”的批示。
12月17日下午，广州市检察院再次找喻华峰谈话，到晚上11：00，再次要求南方日报纪委对喻华峰实行双规，机关党委仍表示要通过一定程序。到凌晨1点，市检察院强行将喻华峰带走，宣布对喻采取监视居住措施，由广州市公安局执行（喻华峰在当日就已被限制人身自由，此后再未回家）。而根据判决书显示，喻华峰被正式羁押和逮捕的时间为2004年1月9日。这期间对喻华峰实际实施的20多天的羁押行为显然是非法的。
从2004年元月份开始，广州市多个部门联合对南方都市报进行大规模清查活动。1月5日下午，市税务局、市公安局一行9人到南方都市报，未出示证件，未说明任何理由，要求查封全部帐目，抄走了南方都市报1997年创刊以后的全部账目。1月5日下午，广州市检察院在未通知南方日报任何人的情况下，原南方日报调研员、协助分管南方都市报的李民英被带走。
1月6日中午，市检察院到集团带走南方日报报业集团分管广告工作的社委罗裕潮和前南方都市报编委会成员邓海燕，罗裕潮被关三十个小时以后才被放回，邓海燕至今仍被羁押。据了解，罗裕潮被叫到市检察院后，遭到了非人道的待遇。办案人员解掉他的腰带和手表，要他面对墙壁十公分距离站立，对一个五十多岁、身患多种疾病的老同志来说，这是极其严厉的体罚，十几个钟头后，他坚持不住，瘫坐在地上，依然被办案人员粗暴地推搡，粗口谩骂，进行人格污辱和人身攻击，要他交待问题。罗在这种逼供的情况下，实在想不出有什么违法行为，但为了躲避这种逼供，就主动交待：前两年他女儿出国留学时急需一笔办理手续的押金，自己家中又一时拿不出这么多钱，他所分管的广告部有人听说这件事后，就告诉他，你分管广告以来，我们每年都给你发了奖金，单独存着，如需要，可临时支用这笔款。罗说，奖金我不能拿，但可否将这笔款的存折影印件拿去做抵押，办完手续后立即归还。后来，罗将这笔23万元的存折影印件交给指定银行，作为抵押，办完女儿出国留学手续后就迅速还回广告部，前后不出六个月。就是主动交待了这点问题，检察机关也要求将罗逮捕。在有关领导的过问下，罗才被放回。
1月6日下午16：00，市检察院三人开着警车，没有告知任何人，直接来到南方都市报，将南方都市报党支部书记、南方都市报负责人、东山区人大代表程益中带走。警车一直停放在南方日报大门口，走时高鸣警笛。南方日报报业集团领导晚上八时将人大代表被非法拘留的情况向省人大副主任似志广同志报告。当晚12点，程益中才被放回，外界舆论一片哗然。
1月中旬的一次广州市委常委会议上，张桂芳提出把南方都市报那个东山区人大代表免掉。
1月13日上午9：00，市检察院通知南方都市报副主编任天阳、宋繁银到市检察院问话。二人当晚21：00才被放回。
1月14日上午9：00，市检察院通知南方都市报副主编庄慎之、副主编陈朝华到市检察院问话，二人当天上午12：00回到办公室。
1月14日、15日，广州市检察院对喻华峰、李民英下达逮捕通知书，对南方都市报副主编、财务负责人王培兴进行取保候审。
1月16日，广州市检察院办案人员对被取保候审的王培兴说，回去告诉邓海燕的家属，不要来麻烦我们了，分奖金的事我们不追究了，邓海燕可以回家过年了。可是春节前夕，张桂芳到市检察院慰问时，询问案情后特别强调，南方都市报的人，一个都不能放，要严查。办案人员还多次向被传讯人员透露，市里领导指示，南方都市报这个案子是省里主要领导交办的，要当成大案要案来办，市里张书记亲自挂帅，我们压力很大。
1月20日上午，广州市检察院通知家属对邓海燕实行逮捕，并下达逮捕通知书。
2月1日， 非法剥夺喻华峰获得法律帮助的权利。喻华峰在2003年12月17日被实施监视居住后，家属和单位无一人知其被关押地点。家属为喻华峰聘请的律师在2003年12月26日向广州市人民检察院递交了委托书，先后三次申请会见喻华峰 ，检察机关没有给出合法理由，不安排律师会见。直到30多天后，也就是在2004年2月1日，律师才得以第一次见到喻华峰。
2月3日，在省直全体厅级干部参加的全省纪检工作会议上，张德江同志发表重要讲话，王华元同志插话说，南方都市报“领导班子私分公款”。案件还没有开庭，领导已在大会上定性。
2月3日，广州市检察院通知邓的律师，邓的有关材料已转到东山区检察院起诉科。
2月4日，律师到东山区检察院，再次申请约见当事人，但东山区检察院答复经办人不在。
2月5日，律师再次联系东山区检察院，答复依然是经办人不在。
2月7日，喻华峰家属收到了喻华峰从看守所写来的第一封信，也是迄今家属收到的唯一一封信。从喻华峰1月9日被关押在广州市第一看守所，喻华峰一共写了20多封家信寄出，家人只收到了第一封。将近半年时间，家属写给喻华峰的10来封信，喻华峰一封也未收到。但自始至终没有人告诉喻华峰以及家属，你们的信件有什么样的问题，或者你们现在没有通信的自由、不用写信。
2月16日，广州市东山区检察院对喻、李两人提起公诉。
3月4日上午，广州市东山区法院对喻华峰进行一审。
3月5日上午，广州市东山区法院对李民英进行一审。
3月19日上午，东山区人民法院宣布一审结果：李民英，受贿罪，11年。李民英表示不服要上诉。九点半，法官宣读喻华峰的判决，贪污罪10年6个月，行贿罪2年，合并执行12年。
3月19日凌晨3点，正在四川出差的程益中被广州警方刑事拘留，其涉嫌两个罪名：“贪污罪”和“私分国有资产罪”。下午1点到4点半之间，检察人员在程益中家和办公室里进行大规模搜查。
3月20日，《财经》发表《‘南都案’一审开庭》报道，记录了庭审过程中公诉人和辩护人围绕“贪污”、“行贿”展开的争议。
3月21日，采访孙志刚案的记者陈峰，给广州市
