至于他在2008年前将推动的宪政改造，阿扁说，不会涉及国家主权及统独议题。
陈水扁在典礼上，发表了近一小时的就职演说。其中后半段几乎都涉及两岸关系。
陈水扁说，"台湾人民爱好和平，我们绝对比任何人更关心自己的国家安全，面对海峡对岸持续增加的武力威胁，朝野全民应该凝聚坚强的国防意识，积极强化有效的防备，提升自我防卫的能力，也盼望国际社会继续关注并协助维护台海的和平与亚太地区的稳定"。
除向国际社会喊话，陈水扁也向大陆当局喊话。他说，海峡两岸新世纪的领导人，为了创造人民最大的福祉，应该以全新的思维和格局，共同来面对和处理两岸未来的问题。
陈水扁表示，两岸人民曾经拥有共同的血缘、文化和历史背景，过去一个世纪以来也都遭逢强权的欺凌和专制的统治，如今，两岸人民都有站起来当家作主的坚强意愿，这一点应该能够获得彼此充分的理解。
陈水扁说，"我们可以体会海峡对岸源于历史情结与民族情感，无法放弃对于一个中国原则的坚持，相对的，北京当局也应该要充分了解，台湾人民要民主、爱和平、求生存、求发展的坚定信念"。
他进一步表示，如果两岸之间能够本于善意，共同营造一个"和平发展、自由选择"的环境，未来中华民国与中华人民共和国，或者台湾与中国之间，将发展任何形式的关系，只要2300万台湾人民同意，他们都不排除。
陈水扁并指出，未来台湾会在既有的基础之上，持续放宽并且扩大两岸新闻、信息、教育、文化、经贸交流的相关措施，推动两岸恢复对话与沟通的管道，拉近彼此的距离，建立互信的基础。
他说，"唯有两岸致力于建设与发展，协商建立一个动态的和平稳定互动架构，共同确保台海的现状不被片面改变，并且进一步推动包括三通在内的文化经贸往来，才能符合两岸人民的福祉与国际社会的期待"。
陈水扁并表示，个人愿意在此重申，公元2000年520就职演说所揭橥的原则和承诺，过去四年没有改变，未来四年也不会改变，在此基础之上，阿扁将进一步邀集朝野政党及社会各界共同参与，成立"两岸和平发展委员会"，凝聚朝野的智慧与全民的共识，拟定"两岸和平发展纲领"，共同策进两岸和平稳定、永续发展的新关系。
关于这点，台湾舆论大多认为，陈水扁是巧妙避开了"四不一没有"的敏感问题，制造了模糊空间。因为他2000年520就职演说时即提出了"四不一没有"承诺，而近来独派人士公开要求他既已连任，就别再提"四不"；但美方及台湾部份人士都希望他能重申"四不"，以稳定两岸。
换句话说，陈水扁这次的就职演说，可说是既没"说出"四不一没有，又"重申"了四不一没有。
至于催生台湾新宪法问题，陈水扁也巧妙的将其定位成台湾"宪政改造工程"。他在演说中表示，宪政改造的工程是为了政府的良好管理及效能的提升、为了确立民主法治的根基，更是为了国家的长治久安，其中，立即而明显的问题包括：三权分立或五权宪法、总统制或内阁制、总统选制为相对多数或绝对多数、国会改革及相关的配套条文、兵役制度的调整等。
陈水扁并指出，"涉及国家主权、领土及统独的议题，目前在台湾社会尚未形成绝大多数的共识，所以个人明确的建议这些议题不宜在此次宪改的范围之内"。
他也承诺，将邀请朝野政党、法界、学界及各领域阶层的代表，共同筹组宪政改造委员会，针对宪政改造的范围及程序，寻求社会最大的共识，并且接受人民及舆论的监督。
他说，希望"在2008年阿扁卸任总统之前，能够交给台湾人民及我们的国家一部合时、合身、合用的新宪法"。
就在陈水扁发表就职演说的同时，台湾反对党阵营则在国父纪念馆（孙逸仙纪念馆）举行群众集会，国民党主席连战向支持者发表演说，持续质疑陈水扁就职总统的合法性与正当性。
陈水扁这次是以2万多票的些微差距赢过连战。反对党阵营针对大选提出的"当选无效"与"选举无效"诉讼仍在进行。
陈水扁在就职演说中也表示，这一次的总统大选空前的激烈，身为现任的总统，阿扁以最大的诚意表达完全尊重司法的独立公正，不论结果如何，个人绝对愿意坦然接受。
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