与此同时，中国大陆国台办3月26日发表声明警告，如果台湾局势陷入混乱，中国大陆当局不会坐视不理。此前，中国大陆当局一直对此次选举作低调处理，媒体也低调报道。不过这两天大陆媒体已经开始重点报道台湾的“抗争”。
新华社发表的“大陆国务院台办发言人就台湾选务机构发布公告发表谈话”，全文如下：
“我们注意到，台湾地区选务机构不顾参选一方的强烈反对，迳行发布有关选举结果的公告。我们也注意到台湾参选的一方表示对此不能接受，并在继续进行抗争。我们密切关注事态的发展。台湾同胞是我们的骨肉兄弟。如果台湾局势失控，造成社会动荡，危及台湾同胞的生命财产安全，损害台海地区的稳定，我们将不会坐视不管。”
据中央社报道，对北京发出措词强硬的书面声明，民进党中国事务部主任陈忠信表示“非常遗憾”，他说，在台湾人民发生纷争之际，北京发表这种说法，会刺激台湾内部相互对立，无助于台湾解决民众暴乱纷争。这种说法也会严重损害台湾人民感情，妨害两岸和平的交往，对两岸和平互动、秩序建构是无益的。
台湾行政院陆委会今晚发布新闻稿表示，举办总统选举，是台湾内部事务，中共对台湾内政作无理批评，是粗暴地干涉台湾内政，陆委会对此表达高度不满。
陆委会指称，台湾是法治国家，选务机关一切依法行政，且对于少数民众的抗争行为，警政及司法主管机关自会依法处理，不须中共粗暴干涉台湾内政事务。陆委会指称，如果中共企图为引发两岸冲突而找寻藉口，将是徒劳无功，并会驱使台湾人民更团结一致，共同唾弃中共的举措。
据CNN资深中国问题分析家林和立3月22日撰文(Beijing plots to undermine Chen)分析，北京正在规划策略，以暗中削弱在颇受争议的选举中胜出的台湾总统陈水扁的权力，然后把自己放入台湾2千3百万民众真正支持者的位置上。
据报道，北京可能利用选举欺骗的要求，及对陈刺杀未遂的事件，指控民进党领袖是一位不道德及渴望权力的赌客。新华社等政府媒体据说正在准备长篇大论进一步攻击陈水扁。
