「中調部」所有工作人員都要有其他身分作掩護。（網絡圖片 ）
神秘的「中調部」在中共黨政文件中都不能直接稱「中調部」，而是改稱「在西苑的機關黨委」（西苑也就是「中調部」總部，詳細地址是在北京市海澱區西苑一百號。）。
此外，「中調部」從上到下的所有工作人員都要有其他身分作掩護，例如真實身分為中調部部長的李克農以外交官身分作掩護，李克農對外公開身分是中共外交部副部長。
外交官的掩護身分還分做公、密兩種，與駐外國家有情報合作的特務，其身份多是公開，例如駐外使館的「武官」就是總參「情報部」駐外公開的情報人員。
而中調部派駐海外的工作人員，如果是從事秘密情報工作者就不會公開身份，多以經貿活動作掩護，例如1962年李克農去世後，接任「中調部」部長的孔原，則以經貿官員的身份作掩護，當時外界還稱孔原是中共「最重要的外貿專家」。
對於香港一地，「中調部」派駐的工作人員更多以貿易公司負責人、職員的身分作掩護。不過，在海外各地用得最多的掩護身分還是「記者」。因此，新華社必須配合並提供協助。1962年捷克政府就曾對新華社發出指控並勒令關閉新華社駐布拉格辦事處，理由是其從事間諜活動。
1973年3月，周恩來將「中調部」從總參「情報部」分出來，由羅青長擔任負責人、熊向暉任副部長。自羅青長後，中調部最常用的身份就不是外交官，而是以商人、學者、記者作掩護。
為何秘密成立「中調部」？
1950年韓戰開始，為時三年多的戰爭結束後，司令員彭德懷自韓戰前線返回北京主持中央軍委日常工作，1954年出任國防部長。韓戰期間因情報不明屢屢受挫的彭德懷主張對情報機關進行改組。
蘇共也建議中共仿效蘇聯的情報體制，分別成立黨務和軍事兩大情報系統。而周恩來、李克農不僅接受蘇共建議，也把政務系統的情報機構總參「聯絡部」直接歸還給中央書記處，合併為「中央調查部」（簡稱「中調部」）。不過，其軍事情報部仍保留在中央軍委總參「情報部」內，即「總政治部」、總政「聯絡部」。
1955年在臺灣的蔣經國十分重視國安情資，3月1日成立了「國家安全局」，明確情報任務分工，由「情報局」（原「保密局」）專責中國大陸的情報工作。同年7月，中共「中調部」也正式成立，李克農為部長。不過，時任中央辦公廳主任的楊尚昆披露：日常工作他與李克農聯繫，重大事件請示鄧小平（時任中央書記處總書記）。
此外，也就是在1955年，中共中央就在「中調部」內成立「中央對臺工作領導小組」，簡稱「對臺辦」，由周恩來兼任辦公室主任。
1966年5月16日《五一六通知》由中共中央發出，開啟了長達十年的文化大命，紅衛兵對這些「中調部」特務頭子個個都不放過。值得一提的是，孔原在文化大革命時期被康生打倒，冠以「黑幫」、「特務頭子」的名號，入獄關押七年，整得死去活來的；而孔原妻子徐明也被迫害，徐明1966年底服安眠藥於辦公室內自殺，他們的兩個兒子也被下放到農村勞動。
孔原副手鄒大鵬（曾任情報總署署長）也同樣被殘酷批鬥，鄒大鵬夫婦最終自殺。對於身陷絕境、曾為中共立下汗馬功勞的特務親信，周恩來也無伸出援手，可謂「狡兔死，走狗烹」的真實寫照。
