明代司法機構分為中央三法司和地方司。三法司為刑部、大理寺和都察院。刑部是國家最高審判機關，有點像現在的最高法院；大理寺掌覆核，也有部分最高法院的功能；都察院是監察機關，兼理刑名，有點像現在的最高檢察院。地方司則包括依照行省設置的提刑按察使，府縣兩級的知府、知縣等。
但在國家法定的以三法司為首的司法機構之外，明代還存在由皇帝直接支配和操縱（有時實權也落於宦官之手）的秘密警察系統，從偵查、拘捕到審訊及執行，做足全套。所謂「緝訪於羅織之門，鍛練於詔獄之手，裁決於內降之旨」，法律失去自己的位置，司法受到極大扭曲。這套系統，歷史學家一般稱作「廠衛」，主要功能是偵察官員和民眾的言行，不經正式司法機構之手，也無須遵循嚴格司法程序，可將嫌疑人直接下獄刑訊並處罰。
廠衛之酷，貫穿有明一代，即使在以寬厚著稱的孝宗朝，也未能取締。廠衛之反法制本質， 《明史·刑法志》論曰：「刑法有創之自明，不衷古制者，廷杖、東西廠、錦衣衛、鎮撫司獄是已。是數者，殺人至慘，而不麗於法。踵而行之，至末造而極。舉朝 野命，一聽之武夫、宦豎之手，良可嘆也」。有遺民在明朝覆亡後，發出「明不亡於流寇而亡於廠衛」之嘆，泣血錐心，實不誇大。
廠衛之機構，包括錦衣衛和東廠、西廠（明憲宗時汪直創建，監視錦衣衛與東廠，後被廢）及內行廠（明武宗時增設，監視錦衣衛與東西廠，只短期存在）。廠衛總部設於京師，在地方也有諸多分支機構。
東廠胡同
錦衣衛俗稱「緹騎」，最多達到15、6萬人。其由朱元璋創立，除傳統儀仗、警衛職責外，還兼管刑獄，名喚「詔獄」，專門偵察「不軌妖言」，可不經司法機關，直接逮捕拷訊有危害國家安全嫌疑的人員，其刑罰決定三法司也無權更改。
廠則是由司禮太監主管的秘密警察系統，只有東廠一直持續到明朝覆亡，此處姑且專敘東廠。東廠役長、番役均自錦衣衛中挑選，輪流外出偵查，一是聽記刑部、大 理寺、都察院和北鎮撫司審案，一是打聽官員情況及各種民情。偵查結果通常會寫成報告，直接送交皇帝。東廠同樣有獨立的逮捕、審訊和判決權，除非有聖旨，司 法機構甚至內閣都不能過問。
廠衛的秘密警察性質，可由其職權充分體現。首先是秘密拘捕權。明代官府抓人，需要「符」（逮捕者的身份證明）以及逮捕證明，但廠衛無須「符」，只憑「駕 帖」（逮捕證）就可千里之外跨省追捕。到明中期以後，廠衛甚至無須「駕帖」即可任意逮人。其次是秘密審判權，廠衛均可自設法庭，秘密審訊。再次是秘密關押 權，一下詔獄、廠獄，即如墮十八層地獄，少有生機。若冤死獄中，也無從投訴。最後是獨立處罰乃至處決權，旁人無法過問。
廠衛之酷烈，於成化汪直、正德劉瑾、天啟魏忠賢三個時期最甚，又以魏忠賢時期最為黑暗和漫長。
天啟年間，魏忠賢以司禮秉筆太監兼掌東廠，是實際上獨裁最高權力的「九千歲」。其時秘密警察多如牛虱，不論百姓或官員，莫不置於嚴密監視之下。有平民與朋友在密室喝酒，大罵魏忠賢，立被東廠番役捕去，凌遲處死。當然廠衛監控更多的還是官員、士人中的持不同政見者，而且一人犯忌，親朋好友皆受株連，隨時有送命可能。魏大中被逮，有司不通知其家屬所系何地，大中的兒子只能偷偷跑到京師，想刺探父親的消息，還得「變姓名匿旅舍，晝伏夜出。」楊漣被捕下獄，他的一個朋友蘇繼歐，已經削籍回鄉，且為人低調隱忍，本不至於招殺身之禍，但為同裡閹黨恐嚇，竟自己上吊而死。周順昌被下詔獄，朱祖文進京訪周的朋友，戰戰兢兢如新娶之婦，和人接洽，只在蕭寺古廟之中，信件常折成指頭大小，藏於鞋襪，或糊之壁間。秘密警察的恐怖，將有良心而未附閹黨的知識份子個個逼成「余則成」。
魏忠賢的秘密警察統治，可謂網羅森嚴，為達到「未雨綢繆」、「一網打盡」的目的，他和廠衛中人擬了不少黑名單，以防範、監視名單中人，隨時將之構陷、逮捕、刑訊、處罰。
當時最著名的黑名單，是魏忠賢的干將王紹徽擬進的《東林點將錄》和崔呈秀的《同志錄》，此外魏應嘉、邵輔忠、盧承欽、岳和聲、阮大鋮等人也都擬有名單。後來魏的劊子手許顯純逮人，就以上述名單為基礎，錢謙益回憶說，「顯純操刀，每出片紙，姓名纍纍如保牒。」
王紹徽擬《東林點將錄》，為增加「可讀性」，將水滸群雄分配於欲構陷的朝臣名士，如東林黨領袖李三才被封為托塔天王晁蓋，葉向高被封為宋江，趙南星被封為盧俊義。名單一共109人，魏忠賢看了很喜歡，讚美王紹徽說：「王尚書斌媚如閨人，筆挾風霜乃耳，真吾家之珍耳。」大約是說，王紹徽這嫵媚的小甜甜，卻有殘酷羅織的刀筆本領，真是咱家的寶貝小豬玀。
據說魏忠賢曾拿此名單去給朱由校看，這昏帝不讀水滸，不知道托塔天王是何物種，魏忠賢就為述晁蓋於溪頭移塔之事，誰知這皇帝竟鼓掌叫好，「勇哉斯人！」魏忠賢大無趣，只好偷偷揣著名單走掉。
在魏忠賢掌權時期，大獄屢興，前後誅殺朝臣名士不下百人（《先撥志始》記：每死一公，許顯純就剔其喉骨，以小盒封盛，交給魏忠賢以示信），無辜平民則以千計，基本上都是依靠廠衛之秘密警察系統。其獄之酷，《明史》諸傳及明末野史有詳盡記述，太過殘忍，暫不徵引。只摘方苞記史可法獄中見左光斗之《左忠毅公逸事》一段，可見一斑：「左公……席地倚牆而坐，面額焦爛不可辨，左膝以下筋骨盡脫矣。史前跪抱公膝而嗚咽。公辨其聲，而目不可開，乃奮臂以指撥眥，目光如炬……（史可法）後常流涕述其事以語人，曰：‘吾師肺肝，皆鐵石所鑄造也’。」
左光斗之肺肝雖鐵石鑄造，終未能熬過黑獄，慘死其中。與他一同下獄的清流名士，也多遭酷刑致死。至今讀這段歷史，猶覺胸中耿耿，如有陰冷劍戟攪動活人生肉。
後來崇禎帝即位，魏忠賢倒臺，此前的黑暗詔獄部分得到昭雪。但秘密警察統治並未結束，因為崇禎帝自己又搞起來，不但加強廠衛偵緝，還弄許多經濟特務和軍事特務。秘密警察的勢焰較魏忠賢時代一點也不減弱，特務們對官員可玩弄於股掌，有次竟將京師附近各縣縣官一起免職，對老百姓更是生殺予奪，常因搶掠不成，將平民肆意逮虐。這幫秘密警察一到甲申明亡，又帶頭投降，期盼在新統治者手中「再建新功」。不過李自成沒待見他們，不是打殺，就是趕走。淪落民間的過去的秘密警察們，被民眾追逐喊打，只得「哀號奔走，青腫流血」，衣服被扯得稀爛，隨身的錢也被搶得精光。
其實秘密警察頭子，還真沒幾個有好下場。前面說的魏忠賢，只落個自殺結局；再早的劉瑾，則遭凌遲處死；而西廠的締造者汪直，最終被放逐南京御馬監，廢棄而死。「始作俑者，其無後乎？」有明一代，廠衛領袖基本都是宦官，這句格言，不但印證了他們的生前，也落實了他們的身後。
