九屆二中全會上發生的激烈的黨內鬥爭，是文革開始以來黨內的一次重大的政治事件，毛澤東如何處理這一事件顯示了毛澤東晚年對文革的病態式的堅持，充分認識這一點對人們深入研究林彪事件以及文革日後的發展變化有極為重要的意義。而國內的黨史教材對這一問題大都採取輕描淡寫的手法，以毛澤東的是非為是非，缺乏像樣的研究。這是十分令人遺憾的。
（1）毛澤東嚴辭批判陳伯達，指責陳伯達參加了「軍事俱樂部」。毛將陳伯達找去談話，嚴厲批陳，指責陳陷入了「軍事俱樂部」。陳後來又去見了康生，康生則指責陳伯達「綁上了林副主席戰車，我（康生）準備讓你陳伯達殺我的頭。」（頁463）1959年的廬山會議，毛澤東就把彭德懷等人打成「反黨集團」，也是用了「軍事俱樂部」這一專有名詞。如此，軍委辦事組前途堪虞。毛澤東在《我的一點意見》裡放過在廬山上發起批張的林彪，而將鬥爭矛頭指向陳伯達。
（２）毛澤東拒絕吳法憲面談的請求。軍委辦事組諸人認為吳法憲應該爭取主動，主動求見毛「請罪」。但是毛卻予以拒絕，回話說「1、思想上不要太緊張；2、要犯得起錯誤；3、我們都照‘孔夫子打牌’（和為貴）的方法辦事。吳李邱三人研究後雖然覺得緊張空氣有所減輕，但毛拒絕見吳仍非好兆。（頁464）
（3）毛澤東一手掌握了全會的進程，將林彪與陳伯達排除在外。周恩來、康生則每天去毛處開會。毛僅僅讓林彪找軍隊中的政治局委員開會，而此時的汪東興已經與軍委辦事組主任「劃清界限」，不僅不再來往，向毛匯報林彪主持的這幾次會議情況也頗多歪曲。毛對林彪更加不滿。
（4）毛澤東的又一張「大字報」－－《我的一點意見》出臺。毛澤東經過幾天的思考，發出了聲討陳伯達的戰鬥令。首先，毛翻臉不認人，將陳伯達一棍子打死，毛用了極為刻薄的字眼，完全用對待敵人的態度對待陳伯達；其次，毛將林彪與陳伯達區隔開來，聲稱「我與林彪同志交換過意見，我們倆一致認為……」云云；再次，毛將打擊上海幫的人定性為「受騙上當」，對軍委辦事組提出了「警告」。
（5）毛澤東要求黃永勝「反戈一擊」。毛將在京的黃永勝召上山談話，批黃說「對人家搞突然襲擊，張春橋整手無寸鐵的搞他幹什麼，還那樣厲害！」毛還說，「你們一方面軍的幹部驕傲自大，沒有四方面軍的幹部謹慎。」（頁477）毛澤東此時的真意是要黃「揭蓋子」，揭發林彪和軍委辦事組反江青、張春橋的內情。但是黃永勝如同1959年廬山會議上的黃克誠，沒有聽從毛的暗示，只是表態說對張春橋等人有意見，有錯誤。
林彪對毛澤東處理廬山會議鬥爭的態度：
（1）林彪出面保護吳法憲。有人在會上揭發吳法憲說假話，攻擊誣陷張春橋。這裡不僅牽涉到政治局裡的一些要人，更牽涉到主持日常工作的周恩來。林彪此時出面保吳。林說：「吳法憲跟了我幾十年，我沒有聽他說假話，也沒有聽過別人說吳法憲是一個說假話的人。在憲法小組裡，大家運用毛澤東思想修改編寫憲法，有過爭論，這是很正常的事情。我們絕不能說，誰提出了不同的意見就是說假話。那樣就是以勢壓人，而不是以理服人了。」
（2）林彪對毛處理廬山會議鬥爭採取「三不主義」：不改變自己的觀點、不做什麼解釋、不干擾毛對問題的處理。在這一期間，林彪閉門謝客，不見任何人，不找人談話。廬山會議期間林彪沒有任何單獨活動。林彪後來向軍委辦事組解釋說「一個人搗鬼還是沒有搗鬼，自己說了不能算數，要別人說了才能算數。我不出門、不說話、不找人談話。不是有什麼顧慮，而是少讓別人製造緊張空氣和給人以把柄。」（頁461）
周恩來在廬山會議上的態度：
（1）周恩來在政治問題上十分謹慎，不輕易表態。當會議升溫批張春橋時，周恩來卻叮囑邱會作說：「不要心血來潮就不顧後果，要考慮成熟，看一看時機再說。」周還說：「現在事情剛剛開始，要注意保持聯繫。」（頁449）毛澤東沒有發話批判張春橋時，周恩來絕對不會主動上陣批張。
（2）當毛澤東責令停止回憶討論林彪講話，情勢發聲變化時，周及時叮囑軍委辦事組，將邱會作找去說：「會議出現了複雜的情況。主席對解決上海的問題（他未用‘幫’字，是習慣）還考慮不成熟，可能會暫時放一個時候，待大家腦子比較清醒的時候再處理。如果是這樣的話，對你們不利，但不會出現什麼大的問題。主席、林副主席之間沒有什麼了不起的大事，陳伯達問題可能會突出出來。對你來說，不管事情如何複雜，都不會有大的問題。可是吳法憲現在成了局中人，他腦子現在比較亂，要想的事也多，你和李作鵬要很好地幫助他。除此之外，你要把你們的情況及時告訴我，以便我有所幫助。」（頁464）
（3）周恩來努力設法平息風波。據邱會作的回憶，當時周恩來處理廬山會議事務貫徹了三條宗旨：1、完整地傳達毛的指示；2、實事求是地處理問題；3、對各方面反映上來的意見，謹慎小心有選擇地上報給毛澤東。從而做到息事寧人，使會議能繼續進行，完成預定的任務，不再發生其他意外。（頁466）幾個例子很能說明問題。例一，吳李邱三人因心情鬱悶出門觀賞廬山風景，路過陳伯達門口，被中央警衛團匯報到周處，指責他們暗中串聯。周恩來詳細詢問了情況後批評中央警衛團匯報不實。例二，周恩來幫助吳法憲過關，配合林彪平息了所謂的「吳法憲假話風波」。例三，幾個大軍區司令許世友、楊得志、韓先楚寫信給毛林，批判張春橋，措詞嚴厲，許世友甚至提出應該把「犯錯誤的人下放農村改造」云云。周恩來鑒於廬山形勢已發生變化，遂將信壓了下來，轉給了林彪。並留條說「請林副主席閱，並存葉群處」。一來可以減少對毛的干擾，二來防止被康生、江青等人利用生事，三來也保護了軍隊的將領。此外，周還保護陳毅，不同意康生批陳毅的看法。周還幫助吳法憲寫檢查，並在毛寫《我的一點意見》時為吳法憲解脫。毛則刪去了《我的一點意見》中涉及吳法憲的字眼。周恩來還要求李邱二人幫助吳法憲過關，以求避免因為吳倒臺而牽扯到林彪的情事發生。（頁468－－472、頁479）
（4）周向邱等人透露毛澤東處理廬山會議問題的想法。周私下向邱會作轉達了毛的一些說法，周恩來說，「主席提到，廬山上發生的問題本來是一般的思想認識問題，但發生在不同人的身上就有一定的嚴重性。這就是說，在林副主席和陳伯達身上發生一般的問題，也必須嚴肅對待。」周恩來又講，「主席說他們（上海幫）並不是沒有什麼問題可說的，但是對他們採取突然襲擊的方法不許可，此例如果成立，今後就會接二連三地發展下去。」（頁483－484）
為何毛澤東此時採取了保張、倒陳、饒吳、拉林的方式暫時結束廬山上的鬥爭？邱會作對此作了精闢的論述：「在沒有經過毛澤東點頭的情況下，中央裡就發生了打倒一個政治局委員的事，那今後他的絕對權威就會蕩然無存。毛澤東對於向他權威挑戰的人，無論是有意或是無意，他都迎頭痛擊，絕不手軟。當然，毛澤東對‘林彪問題’還有更深的考慮。毛澤東把林彪立為自己的接班人，主要是為了他身後，讓文化大革命受到維護。然而，從「九大」政治報告起草中，毛澤東看出了林彪不是他文化大革命思想的繼承者，而是上海幫。到了廬山會議，毛澤東發現林彪不但不是他的思想繼承者，也難說是組織上的繼承者，而且對他文化大革命思想的繼承者上海幫都不能容了。現在他還活著，林彪就對上海幫這樣，今後林彪接班了，那些人肯定沒有好結果，那麼文化大革命也得被否了，或是名存實亡了。那樣一來，毛澤東立林彪為接班人的初衷就落空了。毛澤東抓住陳伯達的小辮子一棍子打死，外人很難理解。其實，他這是在警示林彪。」（頁486）這的確是真知灼見。
