由於上次莫拉克颱風在臺灣造成50年來最慘重的災情，慘痛的前車之鑒，讓馬英九政府各部會首長全都繃緊神經，並劃分責任區，分別進駐不同縣市，進行防台大作戰。
史上最高撤離記錄
馬英九在防臺會議上宣示，面對颱風應該要"料敵從寬，禦敵從嚴"。他並親自到臺東勸說危險部落的民眾撤離。馬英九強調：「人不與天鬥，走為上策。」許多山區民眾在中秋節緊急連夜撤離，目前總共撤離了6千6百多人，創下史上最高記錄。
近兩個月前的八八水災，從一場天災演變成了馬英九的政治風暴，各界對馬政府救災不力的批評導致前行政院長劉兆玄下臺，而號稱行動內閣的新任行政院長吳敦義更是不敢掉以輕心。
部署3萬4千多名兵力救災
臺灣國防部喊出"救災視同作戰"的口號，部署3萬4千多名兵力，出動空中預警機以及裝甲運兵車進駐高危險地區。在嘉義基地開設前進指揮所, 在35個鄉鎮預置救災兵力與機具, 官兵協助嘉義阿里山的村民撤離。
學者：「馬政府救災危機意識提高」
臺灣成功大學政治系教授楊永年從1999年九二一大地震開始，對臺灣的救災體系有長達10年的研究。他在接受美國之音記者專訪的時候指出，發生災難的第一時間，最有效率的方法就是請求軍隊支持，而行政首長應該扮演的救災角色，包括信息的蒐集與傳輸、動員、以及促進組織之間的合作。
楊永年教授認為，和應對八八水災相比較，馬英九政府這次的反應的確有進步。他說：「如果從這次緊張的程度、危機意識來看，因為過去八八水災的慘痛經驗，這一次的確是進步蠻多的，部會首長都戰戰兢兢」。
兩岸體制不同救災動員力比一比
有許多人將馬英九的救災能力拿來與海峽對岸的領導人相比。對此，成功大學政治系教授楊永年表示：「兩邊的體制不一樣，就動員力來說，我認為臺灣比大陸動員快，中國大陸那邊是從中央直接下令，我們看到媒體只有一個聲音。而臺灣的媒體有很多不同的聲音，體制完全不一樣。其實臺灣動員速度快，原因其實也是在於臺灣媒體比大陸的快很多，這就是民主制度最大的一個優點。」
楊永年教授認為，除了臺灣媒體掌握的災情信息快速、監督政府的力量強大之外，臺灣民間的救災力量也是對岸望塵莫及的。
他說："因為我其實看過四川大地震的救災現場，大概就是軍人，其它的民間團體力道不太夠，而臺灣救災的力量是全面的，救災體系的動員，除了國軍之外，還有民間團體。就我的瞭解，我去高雄的重災區看，其實第一時間動員的都是民間團體，很多民間的力量和資源比軍隊還要快。"
災損情況
臺灣農委會6日晚間發布芭瑪颱風預估農業產物損失，截至下午4時，總計新台幣2,825萬元，農作物被害面積151公頃，損害程度50%，換算無收穫面積75公頃，受損作物以青蔥浸水折損較為嚴重。
宜蘭三星鄉公所說，三星鄉下湖地區凌晨因山區大雨造成土石流，當地有 3戶民宅遭掩埋，只剩下屋頂在泥堆上，由於這幾戶居民昨天深夜已先撤離，所幸沒人傷亡，附近產業道路也遭土石流掩埋，長度約500公尺。
臺灣教育部今統計，受芭瑪颱風影響，中小學災損金額初步統計為513萬，其中403萬發生在宜蘭縣。
臺灣中央災害應變中心今天表示，統計到6日晚間8時為止，芭瑪颱風共造成全臺1人死亡、淹水32處，撤離居民7863人。在撤離居民方面，臺北縣撤離71 人、宜蘭縣548人、南投縣120人、嘉義縣440人、高雄縣1965人、屏東縣3097人、花蓮縣691人、臺東縣931人，合計撤離7863人；開設 70處收容所，收容3136人。
在交通設施損害部分，停水140戶、電力中斷3968戶、停市話794戶、行動電話基地臺損毀14臺。
農林漁牧損失初估新台幣5994萬餘元，以宜蘭縣最多，佔5914萬餘元。
