新任閣揆吳敦義也在記者會上表示，這是一個艱鉅的時刻與任務，他會全力以赴。他也認同總統所說的新的內閣是一個行動內閣，期盼在未來，全面提升執行力，克服天災留下的困難以及環境的嚴厲考驗。
澄清劉下 並無外傳陰謀
88月災過後一個月，前院長劉兆玄率內閣總辭，馬英九在兩日內宣布正副新任閣揆吳敦義和朱立倫，並迅速重組內閣，換血幅度大，外界批評是否對劉不禮貌，甚至有政治陰謀。
馬英九特別於記者會澄清疑慮。他表示，他和劉兆玄之間一直有很好的溝通，劉在8月中請辭，他認為不是好時機，應首先完成災區重建工作，兩人對九月初討論內閣改組有共識。馬英九強調，對於劉的請辭，他感到相當不舍，對他一肩扛起政治責任的胸懷，深感敬佩。
至於新任閣揆定案的過程，馬英九認為，並非如外界所說的不愉快或不禮貌，9月3日即告知劉未來閣揆的人選，4日接見吳敦義，5日接見朱立倫，7日劉兆玄親自召開記者會宣布辭職，整個內閣於9日晚間定案。
馬英九肯定劉兆玄在內閣重組中無私地顧全大局。他表示，當初組閣時，部分閣員就是因著劉院長的面子接任，這次劉院長請辭，閣員們說要同進退，劉院長還一一打電話說要顧全大局，幫助新任吳院長在困難的時刻，渡過難關。
肯定吳上 政治經歷豐厚
馬英九同時說明，選擇吳敦義和朱立倫擔任閣揆的原因。他強調，吳敦義是他的"前輩"，是全國政治人物中，少見的同時具有北中南的縣市首長及立法委員政治資歷，對政治問題有精準的掌握，由吳組閣將對行政立法的運作有一番新氣象。
至於，朱立倫是他認為新一代中，真正能發揮執行力與創意的政治人物，擔任過立委及八年桃園縣長，可以到中央來進一步歷練，尤其，他具有財政背景，在立法院期間人緣很好，跟很多立委相處融洽，是輔佐吳敦義的人才。
新內閣面對五大挑戰
馬英九主動提及，這次內閣改組幅度很大，但並未如外界所說的是"選舉內閣"，而是定位在"行動內閣"，改組的幅度包含行政院三長、五部、六會，共十四位正副首長異動。他希望重組的行動內閣著重執行力、競爭力與軟實力，在吳揆的帶領下，誠誠懇懇踏實做事，把人民放在心中，人民就會把政府放在心中。
馬英九認為，新任內閣主要面對的挑戰，包含災區重建、加強災防體系、治山防洪工作、拼經濟、H1N1防疫工作，同時要在18日立法院開議時，面對相關法案及總預算的審查。
在眾多挑戰中，馬英九特別強調災防體系的建立，他認為這也是原研考會主委江宜樺願意轉任內政部長，留下來繼續打拼的主要原因。
至於媒體關注兩岸在ECFA和MOU的簽訂時程，吳敦義表示，兩岸關係不會因為求快而快，每一步都會尋求穩健。未來兩岸協議的簽署會符合國家需要、民意支持、國會監督三個原則下進行。
