在臺灣，總統馬英九對南美洲一家媒體放出風向球，表示兩岸是一種特別的關係，但不是國與國的關係。這番言論在臺灣引發的批評聲浪越來越大。
總統府發言人王郁琦星期四召開記者會再度滅火。王郁琦強調，馬英九總統是根據中華民國憲法增修條文第十一條規定，「自由地區與大陸地區間人民權利義務關係及其他事務之處理，得以法律為特別之規定。」。中華民國憲法的規定，臺灣與大陸的關係是臺灣地區與大陸地區的關係，中華民國是主權獨立國家，臺灣和大陸雖然無法做到相互承認，至少可以做到相互不否認。
王郁琦表示，兩岸關係的開展必須擱置有高度爭議的部分，從大家有共識部分開始談起，所以馬英九兩岸直航、大陸觀光客來臺、擴大小三通等政見，都已經在今年七月實現，政見沒有跳票的原因就在於擱置爭議。
對於媒體質疑，以地區與地區關係定義兩岸關係，是否會矮化臺灣的主權？王郁琦回應說，中華民國是主權獨立國家，這是不容否認的，政府把臺灣地區與大陸地區的關係定位為對等關係，所以不會有矮化的問題。
對於媒體詢問馬英九發表這樣定位兩岸關係，是否已經和北京作過溝通？王郁琦說，馬英九這個觀點是和智庫專家討論出來的結果，這樣的結果相信有助於改善兩岸關係。不過他補充說，這樣的觀點是否獲得對岸善意反應，值得繼續觀察。
前副總統呂秀蓮痛斥馬英九已自貶為一國兩區的區長，還呼籲臺灣人民改稱他為馬先生，不要稱他為馬總統。
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