儘管他手裡拿著一大摞由挨整者交上來的檢查書，但他心裏並不實，總擔心日後這些人會翻供，還擔心日後其他人會為這些人翻案。也正因此，毛澤東一向對"翻案"的事十分敏感，疑神疑鬼，常常為此勃然大怒，興師動眾地去反擊所謂"翻案風",並再迫使那些"翻案者"做出檢查，以記錄在案。
四十年代，毛澤東發動"延安整風"運動，整了許許多多人，既整了許多像王明、博古這類來自莫斯科的教條主義者，也整了許多像周恩來、陳毅這類元老。毛澤東將這些人整得灰頭土臉，無人敢親近，用陳毅的話說，"鬼都不上門" ，最後不得不做出"深刻檢查"：向毛澤東承認自己曾有錯，有大錯，大錯在反對過毛、嘲諷過毛，至少是冷落過毛；並向毛澤東表示自己將洗心革面，將恭恭敬敬地俯首於毛，老老實實地聽命於毛。
不過，毛澤東心裏很清楚此番整風整得過火過重，整得許多做檢查者積怨甚多，口服而心不服。他的這種戒意是十分持久且十分敏感的，以至歷經二十餘年也能一觸即發。
1967年2月16日，陳毅等人在中南海懷仁堂與中央文革小組成員發生了激烈衝突。陳毅在衝突中並在氣頭上，提起了"延安整風"的舊事，流露出心底深藏的積怨。
陳毅抱怨毛澤東在此整風運動中重用一些"最起勁"地擁護自己的人，如劉少奇、鄧小平、彭真、薄一波、劉瀾濤、安子文等人；可這些人到頭來又成了反對毛澤東的人，並因此而成為"文革"一開始就被打倒的人。陳毅還抱怨自己和總理都在此整風運動中挨了整。
顯然，陳毅的這一抱怨，既有對"延安整風"運動的憎惡之情，也有對這場運動主持者的譏諷之意。
據當事人王力回憶，懷仁堂會議結束後，他與張春橋、姚文元迅速整理出一份會議紀要，當晚赴毛澤東處匯報。"我注意到匯報前面其他情況時，主席光笑，當講到陳老總髮言的時候，主席變了臉，不再笑了。主席開始是當笑話聽的，聽到這裡，板起面孔，從此以後再也沒有笑。主席以後講的問題，話都比較厲害。"
2月18日，毛澤東召集周恩來等人開會，怒斥陳毅等人對中央文革小組的發難，並回應陳毅個人對"延安整風"的抱怨，"你陳毅要翻延安整風的案，全黨不答應！"於是，中央政治局奉命整肅陳毅等人，並迫使他們低頭認錯，再做檢查。
五十年代，毛澤東發動"反右傾運動"，也整了許許多多的人，先是在廬山上整出了一個以彭德懷為首領的"軍事俱樂部"，繼又在廬山下整出了數百萬遍及全國各行各業的"右傾機會主義分子"，整得這些人都做了"深刻"檢查，痛說自己是極其錯誤的而毛主席是極其正確的。
可是，"大躍進"最終導致巨大災難的鐵定事實，證明了挨整者是正確的而整人者是錯誤的，是有罪的；證明了此時的真理與此時的權力是分離的，準確地說是權力踐踏了真理。
於是，毛澤東不得不做出某種讓步，某種很有限度的讓步：一方面表示，"反右傾"反得有些過火，把許多"好人、講老實話的人整成了‘右傾機會主義分子'，甚至整成了‘反革命分子'"，因此，"凡是冤枉的人都要平反"；另一方面又堅持認為，整彭德懷整得完全正確。劉少奇在"七千人大會"上宣布："所有人都可以平反，唯彭德懷同志不能平反。"毛澤東則在一旁插話："只要不是裡通外國。"
毛澤東所做出的這一有限度的讓步迅即獲得強烈反彈: 在下面的"右傾機會主義分子"一下子被甄別平反了數百萬人，從而凸顯了整個"反右傾"運動的荒誕。在上面的"右傾機會主義首領"彭德懷再度上書，洋洋八萬言以作抗辯：一是你們強加於我的"右傾機會主義"罪名，已被"大躍進" 慘遭失敗的事實所否定；二是你們強加於我的"裡通外國"等罪名，沒有根據，純屬捏造。
面對這一局面，毛澤東坐不住了，起而批判所謂"翻案風"：
其一，指責甄別平反工作搞過了頭，把許多不該平反的人給平反了，"近來平反之風，不對。真正錯了再平反。搞對了不能平反，真錯了的平反，全錯全平，部分錯了部分平反，沒有錯的不平反，不能一律都平反。"
其二，指責彭德懷搞翻案，並為此而加大對彭德懷的整治力度：一是加重反黨罪名，將"廬山會議"上還沒有完全定下來的有關彭德懷的兩大罪名──"裡通外國" 罪名和組織"秘密反黨小集團"罪名──正式公諸黨內；二是剝奪政治待遇，不准彭德懷出席中央會議和登上天安門，不向彭德懷發送中央文件，不讓彭德懷自由外出活動；三是成立專門機構，全面審查彭德懷的歷史，以蒐集乃至炮製各種能證明彭德懷一向反黨、反毛主席的罪證。
此後，毛澤東就一直對彭德懷案保持高度戒心，一直將此案視作政治禁忌，不容任何人對它有任何質疑。他的這種戒心，有時戒到了疑神疑鬼的地步，如疑心新編歷史劇《海瑞罷官》是存心要給彭德懷翻案："要害問題是罷官，嘉靖皇帝罷了海瑞的官，1959年我們罷了彭德懷的官。彭德懷也是‘海瑞'"。 他也正是借批判此劇而揭開了"文化大革命"的序幕。
六十年代，毛澤東又發動"文化大革命"，整了更多的人。絕大多數中共高幹都受到程度不一的衝擊，或被貼大字報，被指責為"走資派"，遭口誅筆伐；或被拉出批鬥，被戴高帽子、挂黑牌子、遊街、罰跪，既遭口誅筆伐，又遭拳打腳踢在這些受衝擊的中共高幹中，有一部分人在經歷了一輪輪批判並做出了一遍遍檢查後，終於獲得"解放"，重新當官。
對於這些重新復出的老幹部，毛澤東是心存矛盾的：既很想用這些富有政府管理經驗的人來幫他治理這個亂糟糟的國家，以結束"天下大亂"的局面；又很顧忌這些吃夠文化大革命苦頭的人心存怨恨，而有可能在官復原職後否定"文化大革命"。他的這一矛盾心態，突出地表現在他對鄧小平的重新起用以及再次廢黜上。
1971年9月，林彪出逃身亡。1972年5月，周恩來被查出患有"膀胱移行上皮細胞癌"。鑒於中樞空虛，毛澤東有意重新起用已被打倒多年並已做過多次檢查的鄧小平。
不過，毛澤東深知鄧小平不僅是能擔當大任的人，而且是一個很識時務而能伸能屈的人，一個須低頭時就低頭、能出手時就出手的人，一個頗得他老毛真傳的人。因此， 他又擔心鄧小平既能在台下認錯，也能在台上翻案，翻他本人被打倒的案，翻整個"文化大革命"的案。
鄧小平深知毛澤東此時既想扶他上臺，又擔心他一旦上臺就會翻案。於是，他寫信向毛申明：自己此前挨整乃至被打倒是咎由自取的，一點兒也不冤枉；因為，自己的的確確犯了嚴重錯誤，犯了追隨劉少奇對抗毛主席這一不可饒恕的嚴重錯誤，因此，自己若是能重新上臺，就只能努力工作以將功補過，而不會搞翻案活動。
鄧小平還深知毛澤東深知他鄧小平是一個能起能落能又起的人，是一個還有可能變來變去的人；於是，他又在信中向毛澤東申明：自己不僅現在不搞翻案活動，而且永遠不搞翻案活動。 毛澤東在得到鄧小平所做出的這個"永不翻案"的重諾後，便把他從流放地江西召回北京委以重任。
鄧小平所做出的這一"絕對"的承諾，並未贏得毛澤東所給與的那一"絕對"的信任。毛澤東對鄧小平仍心存疑慮，並採取了一些防範性措施。例如，在鄧小平獲准復出時，毛澤東便把鄧小平寫給他個人的那封信，作為中央文件廣為傳達。他這樣做是要讓天下人都能知道，鄧小平是在既辱自己又發大誓的情況下出來工作的，進而讓天下人最終都能看到，鄧小平究竟是一個信守承諾的人，還是一個出爾反爾的人，並藉此而讓他有所忌憚，不敢輕易搞翻案活動。
又如，在鄧小平復出一段時間並露出一些對"文革"不滿的跡象後，也是在毛澤東將要離開人世前，毛澤東有意讓鄧小平主持做出一個決議，對"文化大革命"做以總評:"三七開，七分成績，三分錯誤"。顯然，他這是對鄧小平不放心，要鄧小平再做一個最終表態，一個最終誓言不翻"文化大革命"案的表態。
然而，這一次鄧小平沒有低頭就範，沒有在毛澤東希望他做出的最後誓詞上具結畫押。鄧小平推說自己在九年（1966─1975）"文化大革命"中，有六年（1966─1972）被打倒，脫離了這場運動，成了一個"桃花源中人，不知有漢，何論魏晉"，因此，不適宜由自己來主持做這個決議。鄧小平此時已經知道毛澤東活不了多久了，準確地說活不過來年了,因而在考慮自己進退時，就要從長計議了。
據毛澤東保健醫生李志綏記述，1974年7月，經國內幾位頂級神經內科專家會診，毛澤東被確診患上了運動神經元症（motor neuron disease ），或稱肌肉萎縮症（amyotrophic lateral sclerosis），預計只能活上兩年，即只能活到1976年。這一診斷結論隨即被匯報到中共高層。周恩來在聽了匯報後說："這就是絕症了。"
顯然，作為中共高層人士且又作為周恩來重要盟友的鄧小平，不可能不知道毛澤東的這一病情。因此，他這時若要決定做出某一重大舉措，就不僅要考慮這一舉措在毛澤東活著時會有什麼意義，而且要考慮這一舉措在毛澤東去世後又會有什麼意義。
兩相比較，他自是要看重後一層考慮。因為，他知道自己若不出意外，就會比毛澤東活得長久些，並會在毛澤東去世後大有作為；他還知道除了毛澤東以外，在這黨內就再也沒有什麼人能夠壓得住自己了。因此，他不會不明白自己此時所作所為，就不能只是對行將就木的毛澤東負責，還應對毛澤東死後的自己負責。
於是，他就抱著這樣的態度：老人家，您愛怎麼著就怎麼著吧；我此次不會再替您老去趟那一灘政治污水，不會再替您老去背那只"文革"黑鍋 。
鑒於鄧小平拒絕再次低頭就範，毛澤東對於他的態度便由猜忌上升為惱怒：你不再次向我低頭，我就再次將你打倒。於是發起了一場聲勢浩大的"反擊右傾翻案風運動"，深揭狠批這個"死不悔改的走資派"。 1976年4月7日，毛澤東責成中共中央政治局做出決議："撤銷鄧小平黨內外一切職務"，"保留黨籍，以觀後效"。
鄧小平隨即於4月8日上書毛澤東，對上述決定表示"完全擁護"，對主席能允許他繼續留在黨內，"表示衷心的感謝"。毛澤東死後不到兩年，鄧小平就再次東山再起。
