劉兆玄6月6日接受金門籍立法委員陳福海質詢時說擴大小三通，但之後又說需要等到6月19日行政院會通過，對此外界擔憂是由於陸委會的干擾。不過無黨籍立法委員陳福海今天表示，他已經跟陸委會主委賴幸媛談過，陸委會的態度的確是朝著開放三通的方向前進。
他說："賴主委對金門有一些想法，會慢慢地務實地去推動，現在新政府上來以後，朝向的是一個比較積極開放，但有效管理，也就是朝比較自由化的方向去走。"
而劉內閣在三通議題上的反覆，也被批評是施政變變變，是否也反映出之前在野黨擔心的，在兩岸政策上有總統府、陸委會、海基會、國共兩黨平臺等多頭馬車，行政院無法協調的疑慮 。對此銘傳大學新聞系主任許志嘉認為，應該只是新內閣剛上路，還需要一段磨合期。
他說："我覺得比較大的倒不是政策的協調，或是多頭馬車的關係，我的感覺是院本部，包括跟新聞局在發言當中的協調並不是那麼完全掌握一致。第二，我想院裡面再這個部分看不出來是陸委會或哪個部會並不同意，因為它必須經過行政院會討論。而臺灣內閣的運作，劉院長呢，閣員是他找來的，所以如果劉院長自己承諾兩週之內就可以擴大小三通的話，我想在行政院院會討論，應該不會有太大的阻力。"
而對於民進黨黨主席蔡英文說，現在擴大開放小三通，配套設施是否還沒準備好，是太快了點。對此立法委員陳福海說，他已經打電話到民進黨部去瞭解，表達抗議。
他說："我特別也打電話給民進黨縣黨部的主委，我說這8年的民進黨執政，兩岸關係緊張的時候，民進黨還是做這一個小三通的政策，這7年民進黨的政策完全沒有落實小三通的精神，而且在很多基礎建設，譬如說港口建設、機場建設、或者說地方產業發展，民進黨是漠視了金門。今天，民進黨主席蔡英文講這個話，我覺得很不公道，是不是回問這6、7年，或民進黨執政這8年，對金門，它做了什麼？怎麼可以講這種話，說小三通太快了。"
對此許志嘉教授認為民進黨政府過去原本就沒有要開放三通的意思，所以許多準備工作沒有做，也是可理解的。不過是否兩週之內完全開放小三通真的太快了，許教授認為蔡英文的意見有參考的必要。
他說："蔡英文主席提的應該是整個的配套措施，也就是整個的運作都OK，都可以了，包括飛航行程的規劃，或是相關的配套措施，是否都已經規劃完畢？12天後一開放，是不是馬上就可以開放？如果不能，是不是必須按照步驟來開放？怎麼樣逐步的來落實，在野黨的建議，當然站在監督批評的角色，陸委會本身，或是行政院本身，應該正視。"
對於擴大小三通，立法委員陳福海認為這是在兩岸進行更一步直航之後，馬上提振金門經濟的辦法。
他說："週末包機會讓小三通的產業流失百分之三十的運量，每年有15萬。15萬的缺口，要怎樣補強？所以我說這是短期的救命仙丹。"
不過擴大小三通除了在經濟上的效應之外，其實更有政治上的意義，可當作兩岸關係進一步發展的試金石。許志嘉教授分析說："小三通的擴大，可以作為現階段兩岸交流，特別是實踐未來大三通規劃中，很重要的一步。而這一步就是，讓兩岸的大三通，能夠先做一個先行的示範基地，或示範的實驗，先試驗這樣的情況，會不會產生什麼問題。"
